More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0541 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 613 aa  1262    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  43.85 
 
 		 589 aa  483  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 610 aa  437  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 585 aa  411  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  34.75 
 
 		 592 aa  341  2e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  33.69 
 
 		 585 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  30.95 
 
 		 694 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  25.82 
 
 		 593 aa  192  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 587 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 595 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 577 aa  182  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  28.57 
 
 		 649 aa  172  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 575 aa  172  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 575 aa  171  4e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 575 aa  171  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  29.54 
 
 		 596 aa  167  5e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  26.54 
 
 		 642 aa  167  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  29.73 
 
 		 581 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 581 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 581 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 581 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  26.35 
 
 		 622 aa  162  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  26.04 
 
 		 576 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 794 aa  132  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 354 aa  130  8.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 364 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.58 
 
 		 482 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 796 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 487 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 559 aa  127  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 301 aa  127  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  33.08 
 
 		 411 aa  127  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  42.58 
 
 		 417 aa  126  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 312 aa  126  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 411 aa  126  1e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 496 aa  126  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 381 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 612 aa  125  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  40.56 
 
 		 381 aa  125  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 324 aa  124  4e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 1774 aa  124  4e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  40.57 
 
 		 323 aa  124  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  40.35 
 
 		 574 aa  124  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 578 aa  124  7e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 417 aa  124  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  32.07 
 
 		 411 aa  124  7e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  31.63 
 
 		 604 aa  124  7e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  40.11 
 
 		 796 aa  123  8e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.31 
 
 		 794 aa  123  9e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 796 aa  123  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.57 
 
 		 772 aa  123  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 800 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 574 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 532 aa  123  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  33.48 
 
 		 498 aa  123  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 586 aa  123  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 555 aa  123  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 641 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2580  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 1774 aa  122  1.9999999999999998e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  35.25 
 
 		 626 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 796 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 391 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 307 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 391 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.23 
 
 		 312 aa  121  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001391  GGDEF domain protein  39.53 
 
 		 327 aa  121  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00410317  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 237 aa  121  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1539  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.93 
 
 		 681 aa  121  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0594257 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 397 aa  122  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.35 
 
 		 312 aa  122  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1244  GGDEF domain-containing protein  29.88 
 
 		 578 aa  122  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.118436  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  32.89 
 
 		 621 aa  121  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 578 aa  121  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 582 aa  121  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  33.09 
 
 		 659 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 318 aa  121  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 329 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 578 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 625 aa  120  7e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.82 
 
 		 668 aa  120  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  36.7 
 
 		 493 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.82 
 
 		 668 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 635 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.55 
 
 		 457 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 401 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 591 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.94 
 
 		 313 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.88 
 
 		 313 aa  118  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.88 
 
 		 313 aa  118  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 345 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.95 
 
 		 326 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  36.88 
 
 		 273 aa  118  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  36.88 
 
 		 565 aa  117  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  39.18 
 
 		 548 aa  118  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  38.86 
 
 		 457 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.94 
 
 		 324 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2222  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 312 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0027044  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2298  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 312 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.44184  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.52 
 
 		 769 aa  117  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  40 
 
 		 234 aa  117  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>