More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003400 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003400  GGDEF family protein  100 
 
 		 657 aa  1338    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00535181  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02383  response regulator  65.51 
 
 		 655 aa  852    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0979  GGDEF family protein  31.48 
 
 		 667 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2348  putative membrane associated GGDEF protein  31.03 
 
 		 260 aa  132  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  27.04 
 
 		 600 aa  115  4.0000000000000004e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  27.81 
 
 		 684 aa  112  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000368  hypothetical protein  25.61 
 
 		 673 aa  111  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.508555  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  27.35 
 
 		 609 aa  111  5e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  26.37 
 
 		 622 aa  109  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 320 aa  109  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5582  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 241 aa  106  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.503288  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  27.25 
 
 		 596 aa  105  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  27.52 
 
 		 625 aa  105  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02711  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.7 
 
 		 605 aa  105  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.407326  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 381 aa  103  7e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3037  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 246 aa  101  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.470053 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 628 aa  101  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2926  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 250 aa  102  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  26.67 
 
 		 585 aa  101  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.83 
 
 		 1079 aa  101  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  25.83 
 
 		 575 aa  101  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2310  diguanylate cyclase  23.45 
 
 		 718 aa  100  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0981  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 235 aa  100  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.743524  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 324 aa  99.8  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 349 aa  99.8  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 427 aa  99.8  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 360 aa  99.4  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 610 aa  99.8  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 366 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 580 aa  98.6  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 389 aa  99  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2937  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 241 aa  98.2  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  36.99 
 
 		 721 aa  97.8  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.69 
 
 		 728 aa  97.4  7e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 632 aa  97.4  8e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  35.06 
 
 		 568 aa  97.4  8e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3128  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 241 aa  97.1  9e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 512 aa  97.1  9e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002974  GGDEF family protein  28.23 
 
 		 491 aa  96.7  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337461  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 		 557 aa  96.7  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 477 aa  97.1  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 547 aa  96.3  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 408 aa  95.9  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 357 aa  95.9  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  32.43 
 
 		 297 aa  95.9  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.35 
 
 		 732 aa  96.3  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 375 aa  96.3  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3603  GGDEF domain-containing protein  30.36 
 
 		 641 aa  95.9  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  25.77 
 
 		 575 aa  95.9  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  25.62 
 
 		 575 aa  95.9  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 379 aa  95.9  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 345 aa  95.9  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  30 
 
 		 593 aa  95.1  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  25.25 
 
 		 577 aa  95.5  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1435  diguanylate cyclase  40 
 
 		 247 aa  95.5  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.674254  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 329 aa  95.5  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 917 aa  95.5  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0380  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 563 aa  95.5  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 467 aa  95.5  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 578 aa  94.7  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 402 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 495 aa  95.1  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  30.58 
 
 		 485 aa  95.1  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 381 aa  95.1  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 469 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  31.27 
 
 		 595 aa  95.1  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 361 aa  94.7  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 492 aa  94.7  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  27.43 
 
 		 694 aa  94.7  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.67 
 
 		 557 aa  94.7  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 645 aa  94.4  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 487 aa  94.4  6e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  31.98 
 
 		 381 aa  94  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  35.76 
 
 		 334 aa  94  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  33.95 
 
 		 628 aa  94  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 381 aa  94  7e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2347  hypothetical protein  23.96 
 
 		 382 aa  94  7e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3329  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 235 aa  94  8e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 231 aa  94  9e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.76 
 
 		 800 aa  94  9e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  29.41 
 
 		 585 aa  93.6  9e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 267 aa  93.6  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 545 aa  93.2  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02934  hypothetical protein  29.91 
 
 		 486 aa  93.6  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 386 aa  93.6  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00420  GGDEF domain protein  33.54 
 
 		 464 aa  93.6  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2262  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 237 aa  93.2  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0475991  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.52 
 
 		 681 aa  93.6  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 581 aa  93.2  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0636  diguanylate cyclase  30.95 
 
 		 341 aa  92.8  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  34.29 
 
 		 451 aa  92.4  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  27.98 
 
 		 642 aa  92.8  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 581 aa  92.8  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  32.02 
 
 		 628 aa  92.8  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 298 aa  92.4  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 581 aa  93.2  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 1004 aa  92.4  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 469 aa  92.8  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2296  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.75 
 
 		 784 aa  92.4  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 460 aa  92  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>