More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2348 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2348  putative membrane associated GGDEF protein  100 
 
 		 260 aa  535  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02383  response regulator  32.95 
 
 		 655 aa  139  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003400  GGDEF family protein  33.21 
 
 		 657 aa  135  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00535181  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  31.45 
 
 		 625 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 586 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  32.8 
 
 		 684 aa  105  9e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2926  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.22 
 
 		 469 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 635 aa  103  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3329  diguanylate cyclase  37.01 
 
 		 235 aa  103  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  32.76 
 
 		 393 aa  101  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0981  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 235 aa  101  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.743524  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  36.31 
 
 		 525 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  37.22 
 
 		 525 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  34.66 
 
 		 297 aa  99.8  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 366 aa  98.2  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1435  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 247 aa  97.4  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.674254  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 580 aa  96.7  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 377 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  29.79 
 
 		 480 aa  95.5  7e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 464 aa  95.1  9e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 320 aa  94.7  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 628 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 422 aa  94.7  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  30 
 
 		 499 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  30.48 
 
 		 388 aa  94.7  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 501 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5582  diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 241 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.503288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1174  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 274 aa  94  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.52 
 
 		 1504 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.52 
 
 		 1504 aa  94  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  33.5 
 
 		 977 aa  94  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.62 
 
 		 916 aa  94.4  2e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.52 
 
 		 1505 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  33.52 
 
 		 1515 aa  93.6  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 363 aa  93.6  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.62 
 
 		 668 aa  93.2  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2937  diguanylate cyclase  37.18 
 
 		 241 aa  93.6  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  29.07 
 
 		 592 aa  93.6  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  32.52 
 
 		 533 aa  93.2  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  29.15 
 
 		 604 aa  93.2  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  29.17 
 
 		 621 aa  92.8  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3128  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 241 aa  93.2  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.62 
 
 		 668 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40570  putative two-component response regulator  31.05 
 
 		 401 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3037  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 246 aa  92.8  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.470053 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 355 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1022  GGDEF domain-containing protein  33.67 
 
 		 264 aa  92.8  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.219718  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  29.86 
 
 		 646 aa  92.8  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 350 aa  92.4  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1687  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 564 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0356503  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1230  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 558 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000119791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 452 aa  92  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 650 aa  92.4  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 714 aa  92  8e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 381 aa  92  8e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  28.49 
 
 		 366 aa  92  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 342 aa  92  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  32.77 
 
 		 729 aa  92  8e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1693  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 564 aa  92  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000442745  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  33.67 
 
 		 264 aa  92  9e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2732  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  31.28 
 
 		 564 aa  92  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000132125  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0356  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 608 aa  92  9e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  30.83 
 
 		 649 aa  92  9e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  32.93 
 
 		 424 aa  92  9e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  28.92 
 
 		 354 aa  91.7  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  29.32 
 
 		 506 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  29.28 
 
 		 360 aa  91.3  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  35.12 
 
 		 346 aa  91.3  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.13 
 
 		 578 aa  91.3  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 385 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 451 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.4 
 
 		 1508 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 385 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2174  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  33.73 
 
 		 320 aa  90.9  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 434 aa  90.5  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.4 
 
 		 1508 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  27.61 
 
 		 585 aa  90.5  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.4 
 
 		 1508 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 569 aa  90.5  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 411 aa  90.5  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.4 
 
 		 1508 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  30.59 
 
 		 355 aa  90.5  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  33.53 
 
 		 322 aa  90.5  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 526 aa  90.1  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  29.27 
 
 		 593 aa  90.1  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  28.8 
 
 		 474 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 340 aa  90.5  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  30.31 
 
 		 628 aa  90.5  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 385 aa  90.5  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 340 aa  90.1  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2187  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 558 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000194525  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.93 
 
 		 1079 aa  90.1  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 296 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 636 aa  90.5  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02711  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.28 
 
 		 605 aa  90.1  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.407326  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 296 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>