More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02383 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003400  GGDEF family protein  65.51 
 
 		 657 aa  837    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00535181  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02383  response regulator  100 
 
 		 655 aa  1333    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0979  GGDEF family protein  30.16 
 
 		 667 aa  308  2.0000000000000002e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2348  putative membrane associated GGDEF protein  30.86 
 
 		 260 aa  135  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  26.44 
 
 		 596 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 320 aa  110  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  27.85 
 
 		 593 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 324 aa  107  6e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  25.05 
 
 		 600 aa  107  7e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  28.33 
 
 		 585 aa  105  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  27.89 
 
 		 684 aa  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 469 aa  102  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 322 aa  101  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  25.83 
 
 		 625 aa  101  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2310  diguanylate cyclase  23.3 
 
 		 718 aa  101  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3037  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 246 aa  100  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.470053 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  26.84 
 
 		 581 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2926  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 250 aa  99.8  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 375 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0981  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 235 aa  99.4  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.743524  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 408 aa  99.8  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  27.23 
 
 		 587 aa  99.4  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 569 aa  99  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 366 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 575 aa  99.4  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 354 aa  99.4  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1435  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 247 aa  99.4  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.674254  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 368 aa  99.4  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  34.15 
 
 		 402 aa  99  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 386 aa  98.6  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 632 aa  99  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 540 aa  98.6  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 377 aa  99  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  33.95 
 
 		 365 aa  99  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  31.91 
 
 		 613 aa  98.2  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0381  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 251 aa  98.2  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.874327  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 575 aa  98.2  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 304 aa  97.8  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 623 aa  97.8  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 646 aa  97.8  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  27.48 
 
 		 592 aa  97.8  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3603  GGDEF domain-containing protein  29.47 
 
 		 641 aa  97.4  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 575 aa  97.4  7e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 523 aa  97.4  7e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  34.86 
 
 		 320 aa  97.4  7e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 469 aa  97.4  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0579  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 368 aa  97.1  9e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2937  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 241 aa  97.1  9e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  27.39 
 
 		 577 aa  97.1  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02711  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 605 aa  96.7  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.407326  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  34.5 
 
 		 297 aa  96.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 		 557 aa  97.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  25.76 
 
 		 610 aa  96.7  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 492 aa  96.3  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  37.14 
 
 		 381 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 381 aa  95.9  2e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 547 aa  95.9  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05141  hypothetical protein  33.92 
 
 		 688 aa  96.3  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 360 aa  96.3  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 411 aa  96.3  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00967  Putative signal protein with GGDEF domain  38.15 
 
 		 990 aa  95.9  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579558  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 581 aa  96.3  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  28.67 
 
 		 585 aa  95.5  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 581 aa  96.3  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5582  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 241 aa  96.3  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.503288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06199  Putative signal protein with GGDEF domain  38.15 
 
 		 990 aa  95.9  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.368142  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 314 aa  96.3  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 628 aa  96.3  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  31.16 
 
 		 589 aa  95.5  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 581 aa  95.5  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 491 aa  95.5  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001266  GGDEF family protein  35.84 
 
 		 678 aa  95.5  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 452 aa  94.7  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  26.18 
 
 		 411 aa  95.1  4e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 917 aa  95.1  4e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 381 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  31.64 
 
 		 302 aa  94.7  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001599  GGDEF domain protein  25.47 
 
 		 637 aa  94.7  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.707658  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 471 aa  95.1  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 452 aa  94.4  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 476 aa  94.4  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 476 aa  94.4  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  33.16 
 
 		 452 aa  94.4  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.39 
 
 		 438 aa  94.7  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 298 aa  94.7  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 460 aa  94.4  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  34.09 
 
 		 533 aa  94.4  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1873  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 509 aa  94.4  6e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.41222  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 452 aa  94.4  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  38.06 
 
 		 427 aa  94  8e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 386 aa  94  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1004  GGDEF domain protein  34.78 
 
 		 413 aa  94  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.368177  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 496 aa  93.2  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 595 aa  93.2  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 389 aa  93.2  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  32.18 
 
 		 411 aa  93.2  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 539 aa  93.6  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 464 aa  93.6  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  25.72 
 
 		 626 aa  93.2  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 559 aa  93.2  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>