More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2744 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2744  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 686 aa  1404    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.339912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2695  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 		 711 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.316002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3345  TonB-dependent receptor  30.54 
 
 		 705 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3472  TonB-dependent receptor  30.39 
 
 		 705 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280502  normal  0.0143409 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3671  TonB-dependent receptor  30.25 
 
 		 705 aa  242  2e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10200  putative TonB-dependent receptor protein  30.25 
 
 		 694 aa  233  9e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.965249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1801  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 694 aa  232  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0471088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2312  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 719 aa  231  3e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00576546  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 		 720 aa  223  8e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2495  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 712 aa  219  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.237347 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4087  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 694 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3147  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 711 aa  215  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.116125  hitchhiker  0.00000946048 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 694 aa  213  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7293  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 835 aa  213  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.607537  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3007  TonB-dependent siderophore receptor  29.81 
 
 		 692 aa  209  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0304198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 747 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 690 aa  190  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 690 aa  188  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0621  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 686 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119281  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0343  TonB-dependent receptor plug  27.02 
 
 		 686 aa  182  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.926534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3727  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 685 aa  172  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.36729 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2167  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 685 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00521843  hitchhiker  0.00163603 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0977  TonB-dependent siderophore receptor  26.92 
 
 		 707 aa  169  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.138127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3484  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 685 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 729 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 687 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0330  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 685 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 794 aa  162  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 757 aa  162  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4516  ferric vibriobactin receptor  28.43 
 
 		 685 aa  161  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 726 aa  160  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 		 728 aa  159  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3923  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 685 aa  159  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 748 aa  159  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3798  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 685 aa  159  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 733 aa  157  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 723 aa  156  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  27.31 
 
 		 729 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 758 aa  153  8e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 743 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  27.35 
 
 		 695 aa  151  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 853 aa  151  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 713 aa  150  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 744 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 728 aa  150  8e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 		 704 aa  150  8e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 743 aa  150  9e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 851 aa  149  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 759 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 758 aa  148  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 700 aa  148  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  26.9 
 
 		 767 aa  148  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 732 aa  147  5e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 713 aa  147  5e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1807  putative siderophore receptor protein  26.61 
 
 		 691 aa  146  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0597664 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 761 aa  146  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 710 aa  146  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 803 aa  145  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 750 aa  144  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 729 aa  144  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000750921  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 695 aa  144  7e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 778 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 778 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  26.76 
 
 		 748 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 726 aa  142  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 712 aa  141  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 758 aa  141  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 766 aa  141  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 758 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2484  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 744 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000223864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  25.49 
 
 		 755 aa  140  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 773 aa  139  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  23.79 
 
 		 785 aa  140  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3715  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 731 aa  140  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 730 aa  139  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1803  ferric vibriobactin receptor  23.49 
 
 		 687 aa  139  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 722 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 736 aa  137  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2605  TonB-dependent siderophore receptor, putative  26.04 
 
 		 685 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 741 aa  137  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 773 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0680  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 753 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915685  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 734 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 790 aa  135  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 758 aa  135  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3403  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 731 aa  135  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.181941  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 771 aa  135  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 758 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0393  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 670 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.431607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 771 aa  134  6.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 802 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 680 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 733 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4276  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 798 aa  132  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  27.1 
 
 		 761 aa  132  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 720 aa  132  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 702 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2458  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 758 aa  131  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 790 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 		 764 aa  130  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>