More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0621 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4516  ferric vibriobactin receptor  67.06 
 
 		 685 aa  963    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2167  TonB-dependent receptor  67.64 
 
 		 685 aa  958    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00521843  hitchhiker  0.00163603 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0621  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 686 aa  1399    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119281  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0330  TonB-dependent receptor  66.62 
 
 		 685 aa  955    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3484  TonB-dependent receptor  67.78 
 
 		 685 aa  962    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3727  TonB-dependent receptor  68.08 
 
 		 685 aa  988    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.36729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3798  TonB-dependent receptor  68.37 
 
 		 685 aa  977    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3923  TonB-dependent receptor  68.37 
 
 		 685 aa  975    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0343  TonB-dependent receptor plug  32.67 
 
 		 686 aa  295  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.926534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1803  ferric vibriobactin receptor  30.11 
 
 		 687 aa  282  1e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0977  TonB-dependent siderophore receptor  31.65 
 
 		 707 aa  272  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.138127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2312  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 		 719 aa  242  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00576546  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2695  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 711 aa  233  1e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.316002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10200  putative TonB-dependent receptor protein  28.22 
 
 		 694 aa  233  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.965249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1801  TonB-dependent receptor  29.42 
 
 		 694 aa  232  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0471088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3671  TonB-dependent receptor  30.09 
 
 		 705 aa  229  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3007  TonB-dependent siderophore receptor  28.93 
 
 		 692 aa  226  7e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0304198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3472  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 705 aa  226  9e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280502  normal  0.0143409 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3345  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 705 aa  226  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2495  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 712 aa  221  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.237347 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4087  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 		 694 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  28.51 
 
 		 694 aa  209  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3147  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 711 aa  202  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.116125  hitchhiker  0.00000946048 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2744  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 686 aa  180  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.339912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7293  TonB-dependent receptor  23.1 
 
 		 835 aa  155  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.607537  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 695 aa  143  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 713 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 		 764 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  22.94 
 
 		 737 aa  127  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  23.48 
 
 		 726 aa  125  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 853 aa  120  7.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 851 aa  119  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  21.7 
 
 		 728 aa  119  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 779 aa  117  8.999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  23.2 
 
 		 758 aa  117  8.999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0007  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 641 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 690 aa  116  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  23.87 
 
 		 739 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  24.46 
 
 		 767 aa  116  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  23.95 
 
 		 718 aa  114  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  23.53 
 
 		 690 aa  114  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 729 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  23.56 
 
 		 703 aa  113  9e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  23.03 
 
 		 748 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 730 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  23.94 
 
 		 729 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  23.91 
 
 		 695 aa  111  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 732 aa  109  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  22.32 
 
 		 700 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  23.56 
 
 		 730 aa  108  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  22.46 
 
 		 765 aa  108  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 758 aa  106  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 		 803 aa  105  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  22.31 
 
 		 702 aa  105  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  22.52 
 
 		 780 aa  105  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00767  TonB-dependent receptor  22.75 
 
 		 772 aa  104  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 794 aa  104  7e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 713 aa  104  7e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2064  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 697 aa  103  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.969634  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4276  TonB-dependent receptor  22.51 
 
 		 798 aa  102  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  22.57 
 
 		 736 aa  102  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1859  TonB-dependent receptor, plug  33.33 
 
 		 776 aa  102  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 736 aa  101  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  22.63 
 
 		 749 aa  101  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  23.06 
 
 		 715 aa  100  7e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  23.47 
 
 		 666 aa  99.8  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2321  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 744 aa  100  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.130994  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  22.34 
 
 		 747 aa  100  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0393  TonB-dependent receptor  22.72 
 
 		 670 aa  99.4  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.431607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 743 aa  97.8  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 759 aa  97.8  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4253  TonB-dependent receptor  22.65 
 
 		 713 aa  97.8  7e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.90601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 761 aa  97.4  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  22.56 
 
 		 755 aa  97.4  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  23.5 
 
 		 786 aa  96.7  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 743 aa  96.7  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 726 aa  96.7  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1344  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 687 aa  96.3  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341297  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0190  TonB-dependent receptor  22.76 
 
 		 710 aa  95.5  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  23.01 
 
 		 722 aa  95.5  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0657  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 666 aa  95.5  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 		 758 aa  94.7  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  21.24 
 
 		 775 aa  94.4  7e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 720 aa  94  8e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 758 aa  94  8e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 728 aa  93.6  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 		 783 aa  93.2  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1633  TonB-dependent receptor, plug  27.7 
 
 		 906 aa  93.6  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.257863  normal  0.346647 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  21.72 
 
 		 773 aa  92.8  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 758 aa  92.4  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2440  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 688 aa  91.3  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0489256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  22.99 
 
 		 784 aa  91.3  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0231  TonB-dependent siderophore receptor  23.74 
 
 		 771 aa  90.9  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 771 aa  90.5  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 710 aa  90.1  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 712 aa  89.4  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  23.78 
 
 		 758 aa  89.4  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  21.28 
 
 		 771 aa  89.7  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 777 aa  88.2  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3405  outer membrane protein  23.07 
 
 		 714 aa  87.8  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.411389  normal  0.175669 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>