More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3527 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009668  Oant_4087  TonB-dependent receptor  55.89 
 
 		 694 aa  802    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 694 aa  1417    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2695  TonB-dependent receptor  54.2 
 
 		 711 aa  770    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.316002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1801  TonB-dependent receptor  53.32 
 
 		 694 aa  733    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0471088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3147  TonB-dependent receptor  53.03 
 
 		 711 aa  744    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.116125  hitchhiker  0.00000946048 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10200  putative TonB-dependent receptor protein  53.18 
 
 		 694 aa  756    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.965249 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2312  TonB-dependent receptor  47.21 
 
 		 719 aa  621  1e-176  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00576546  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3007  TonB-dependent siderophore receptor  48.27 
 
 		 692 aa  618  1e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0304198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3671  TonB-dependent receptor  39.09 
 
 		 705 aa  505  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3345  TonB-dependent receptor  38.8 
 
 		 705 aa  502  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3472  TonB-dependent receptor  38.8 
 
 		 705 aa  501  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280502  normal  0.0143409 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0977  TonB-dependent siderophore receptor  33.13 
 
 		 707 aa  318  3e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.138127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1803  ferric vibriobactin receptor  28.28 
 
 		 687 aa  241  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2495  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 712 aa  236  9e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.237347 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0343  TonB-dependent receptor plug  29.19 
 
 		 686 aa  233  9e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.926534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3727  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 685 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.36729 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0621  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 		 686 aa  213  7.999999999999999e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119281  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2744  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 		 686 aa  212  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.339912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2167  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 685 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00521843  hitchhiker  0.00163603 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3484  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 685 aa  211  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0330  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 		 685 aa  209  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3798  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 685 aa  204  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3923  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 685 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4516  ferric vibriobactin receptor  27.76 
 
 		 685 aa  194  6e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7293  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 835 aa  177  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.607537  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1807  putative siderophore receptor protein  31.01 
 
 		 691 aa  146  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0597664 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 747 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 713 aa  144  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 710 aa  141  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 720 aa  139  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 712 aa  137  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0657  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 666 aa  137  8e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2064  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 697 aa  137  8e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.969634  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 726 aa  137  9e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 704 aa  135  3e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 730 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 		 764 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 720 aa  132  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 695 aa  132  3e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  23.85 
 
 		 753 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 853 aa  127  8.000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2250  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 851 aa  126  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 		 737 aa  125  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 851 aa  125  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 757 aa  125  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 748 aa  124  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 733 aa  124  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  24.96 
 
 		 775 aa  122  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 773 aa  122  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 732 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 771 aa  120  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  24 
 
 		 690 aa  119  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  24.9 
 
 		 729 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 713 aa  118  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 773 aa  117  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2605  TonB-dependent siderophore receptor, putative  25.72 
 
 		 685 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  23.07 
 
 		 873 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 700 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2458  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 758 aa  115  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  23.42 
 
 		 776 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 761 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4474  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 855 aa  112  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.18025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 728 aa  112  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 736 aa  112  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 784 aa  111  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 743 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 680 aa  111  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 690 aa  111  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 736 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2337  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 741 aa  109  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  24.59 
 
 		 695 aa  109  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 744 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 743 aa  107  7e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0190  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 710 aa  106  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1427  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 713 aa  106  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0393  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 670 aa  105  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.431607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 794 aa  104  5e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1722  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 767 aa  104  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 780 aa  103  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 732 aa  103  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  24.6 
 
 		 715 aa  103  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1343  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 755 aa  103  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3046  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 		 722 aa  102  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.770987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 730 aa  101  4e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0429  TonB-dependent receptor  22.97 
 
 		 738 aa  101  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  22.95 
 
 		 729 aa  101  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 761 aa  101  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  23.88 
 
 		 759 aa  101  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 790 aa  100  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 730 aa  99.4  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 790 aa  99.4  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  23.94 
 
 		 808 aa  99  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 732 aa  98.6  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 743 aa  98.2  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1539  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 735 aa  97.8  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000217846  hitchhiker  0.00247373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4696  TonB-dependent receptor  23.53 
 
 		 763 aa  97.1  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.383832  normal  0.747647 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 802 aa  96.7  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 		 758 aa  95.9  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  29.5 
 
 		 794 aa  96.3  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 749 aa  95.9  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>