More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1801 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3147  TonB-dependent receptor  65.13 
 
 		 711 aa  949    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.116125  hitchhiker  0.00000946048 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2312  TonB-dependent receptor  54.59 
 
 		 719 aa  749    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00576546  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2695  TonB-dependent receptor  63.7 
 
 		 711 aa  915    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.316002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4087  TonB-dependent receptor  64.32 
 
 		 694 aa  943    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1801  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 694 aa  1427    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0471088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  54.48 
 
 		 694 aa  739    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3007  TonB-dependent siderophore receptor  50.08 
 
 		 692 aa  665    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0304198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10200  putative TonB-dependent receptor protein  71.04 
 
 		 694 aa  1040    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.965249 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3671  TonB-dependent receptor  38.83 
 
 		 705 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3345  TonB-dependent receptor  38.64 
 
 		 705 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3472  TonB-dependent receptor  38.64 
 
 		 705 aa  501  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280502  normal  0.0143409 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0977  TonB-dependent siderophore receptor  33.89 
 
 		 707 aa  313  1e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.138127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2495  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 712 aa  267  5.999999999999999e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.237347 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0343  TonB-dependent receptor plug  29.18 
 
 		 686 aa  266  7e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.926534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1803  ferric vibriobactin receptor  28.79 
 
 		 687 aa  266  7e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3727  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 		 685 aa  243  7e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.36729 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0621  TonB-dependent receptor  29.42 
 
 		 686 aa  241  4e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119281  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0330  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 		 685 aa  236  9e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3798  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 		 685 aa  235  3e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2744  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 686 aa  234  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.339912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3484  TonB-dependent receptor  29.2 
 
 		 685 aa  233  8.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4516  ferric vibriobactin receptor  29.96 
 
 		 685 aa  232  1e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3923  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 685 aa  230  8e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2167  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 685 aa  229  9e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00521843  hitchhiker  0.00163603 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7293  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 835 aa  186  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.607537  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 695 aa  158  4e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 736 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2064  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 697 aa  153  8.999999999999999e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.969634  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 		 712 aa  150  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 713 aa  150  7e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  26.06 
 
 		 729 aa  148  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2337  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 741 aa  147  8.000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1807  putative siderophore receptor protein  27.61 
 
 		 691 aa  144  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0597664 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 704 aa  142  3e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 732 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 747 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 730 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  27.45 
 
 		 695 aa  136  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 720 aa  136  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  26 
 
 		 715 aa  134  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 729 aa  131  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000750921  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 		 713 aa  130  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 851 aa  128  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 853 aa  127  5e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  23.5 
 
 		 794 aa  128  5e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 743 aa  127  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2715  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 733 aa  126  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2605  TonB-dependent siderophore receptor, putative  26.92 
 
 		 685 aa  126  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 680 aa  126  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 748 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 690 aa  124  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 744 aa  124  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 743 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 726 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2484  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 744 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000223864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 700 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 733 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  24.45 
 
 		 710 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 757 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 773 aa  122  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  24.42 
 
 		 690 aa  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 728 aa  118  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0657  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 666 aa  118  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0007  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 		 641 aa  117  5e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1427  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 		 713 aa  117  6e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 720 aa  116  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 771 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 773 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 758 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 764 aa  111  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 751 aa  110  8.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  22.75 
 
 		 737 aa  109  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2440  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 688 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0489256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 758 aa  109  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 		 763 aa  108  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0190  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 710 aa  107  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 758 aa  107  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 733 aa  107  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 730 aa  107  8e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0393  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 670 aa  106  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.431607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 775 aa  106  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1344  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 687 aa  105  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341297  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  22.02 
 
 		 753 aa  104  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  22.61 
 
 		 758 aa  104  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0838  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 671 aa  103  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1458  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 694 aa  103  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.552636  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 736 aa  103  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 759 aa  103  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 761 aa  103  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 784 aa  102  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4145  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 737 aa  101  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072691  normal  0.786094 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 758 aa  100  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 702 aa  100  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2093  yersiniabactin/pesticin receptor FyuA  25.72 
 
 		 673 aa  99  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 779 aa  99.4  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  24.88 
 
 		 759 aa  99.4  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  23.41 
 
 		 718 aa  99.4  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 687 aa  98.6  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  23.81 
 
 		 755 aa  98.6  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2458  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 758 aa  97.8  5e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>