More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3007 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2312  TonB-dependent receptor  53.58 
 
 
719 aa  732    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00576546  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2695  TonB-dependent receptor  47.17 
 
 
711 aa  653    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.316002  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4087  TonB-dependent receptor  50.43 
 
 
694 aa  711    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3007  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 
692 aa  1405    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0304198  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3147  TonB-dependent receptor  49.13 
 
 
711 aa  674    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.116125  hitchhiker  0.00000946048 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10200  putative TonB-dependent receptor protein  49.14 
 
 
694 aa  675    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.965249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1801  TonB-dependent receptor  49.27 
 
 
694 aa  658    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0471088  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  48.27 
 
 
694 aa  619  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3671  TonB-dependent receptor  40.83 
 
 
705 aa  526  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3472  TonB-dependent receptor  40.98 
 
 
705 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280502  normal  0.0143409 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3345  TonB-dependent receptor  40.83 
 
 
705 aa  525  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0977  TonB-dependent siderophore receptor  33.52 
 
 
707 aa  337  5.999999999999999e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.138127  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2495  TonB-dependent receptor  29.7 
 
 
712 aa  286  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.237347 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1803  ferric vibriobactin receptor  29.76 
 
 
687 aa  283  8.000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3484  TonB-dependent receptor  30.74 
 
 
685 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2167  TonB-dependent receptor  30.84 
 
 
685 aa  240  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00521843  hitchhiker  0.00163603 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3727  TonB-dependent receptor  29.56 
 
 
685 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.36729 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0330  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 
685 aa  229  1e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0621  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 
686 aa  229  2e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119281  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0343  TonB-dependent receptor plug  29.54 
 
 
686 aa  228  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.926534  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3798  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 
685 aa  224  4e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3923  TonB-dependent receptor  29.35 
 
 
685 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4516  ferric vibriobactin receptor  28.89 
 
 
685 aa  220  7e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2744  TonB-dependent receptor  30.03 
 
 
686 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.339912  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 
713 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7293  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 
835 aa  180  7e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.607537  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 
747 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 
695 aa  153  8.999999999999999e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 
713 aa  152  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 
700 aa  151  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 
743 aa  150  9e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 
744 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 
712 aa  145  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 
853 aa  143  9e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 
743 aa  143  9e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 
851 aa  143  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 
730 aa  141  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 
732 aa  140  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  26.16 
 
 
715 aa  140  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0657  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 
666 aa  140  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 
736 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 
729 aa  140  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000750921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 
733 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 
757 aa  140  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 
748 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2715  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 
733 aa  135  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 
717 aa  135  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 
704 aa  134  5e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 
726 aa  134  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2484  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 
744 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000223864  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 
680 aa  131  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 
761 aa  130  8.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0808  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 
733 aa  129  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  25.1 
 
 
729 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1807  putative siderophore receptor protein  26.09 
 
 
691 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0597664 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2605  TonB-dependent siderophore receptor, putative  25.41 
 
 
685 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 
710 aa  126  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 
703 aa  126  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 
720 aa  125  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0007  TonB-dependent receptor  23.25 
 
 
641 aa  124  5e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 
761 aa  123  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 
779 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 
690 aa  122  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1436  TonB-dependent siderophore receptor  26.59 
 
 
669 aa  122  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 
802 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 
784 aa  120  7.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 
730 aa  120  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0393  TonB-dependent receptor  22.43 
 
 
670 aa  120  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.431607  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 
690 aa  118  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 
792 aa  118  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  22.94 
 
 
771 aa  117  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2064  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 
697 aa  117  7.999999999999999e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.969634  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 
761 aa  116  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 
702 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1427  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 
713 aa  116  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656357  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1941  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 
676 aa  115  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.891675  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  26.04 
 
 
748 aa  115  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2093  yersiniabactin/pesticin receptor FyuA  26.77 
 
 
673 aa  115  4.0000000000000004e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 
751 aa  114  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  23.95 
 
 
794 aa  114  7.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0838  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 
671 aa  114  8.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3715  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 
731 aa  113  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 
775 aa  112  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 
761 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1688  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 
774 aa  111  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 
732 aa  112  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1344  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 
687 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341297  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 
734 aa  111  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 
737 aa  110  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3870  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 
726 aa  108  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.472213  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4253  TonB-dependent receptor  23.56 
 
 
713 aa  108  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.90601  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 
728 aa  107  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3403  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 
731 aa  107  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.181941  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2337  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 
741 aa  107  8e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4085  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 
685 aa  107  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.141893  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  22.99 
 
 
730 aa  107  9e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2440  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 
688 aa  107  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0489256  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4145  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 
737 aa  106  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072691  normal  0.786094 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 
687 aa  106  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1458  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 
694 aa  105  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.552636  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>