More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3571 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  100 
 
 		 610 aa  1255    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  53.75 
 
 		 585 aa  590  1e-167  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  44.36 
 
 		 589 aa  469  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  41.09 
 
 		 592 aa  455  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  42.48 
 
 		 585 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  40.85 
 
 		 613 aa  429  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  33.68 
 
 		 694 aa  295  1e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 587 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  27.74 
 
 		 596 aa  208  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  29.27 
 
 		 622 aa  204  4e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  28.34 
 
 		 581 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 575 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 575 aa  200  5e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 577 aa  200  7.999999999999999e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 575 aa  200  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  25.89 
 
 		 593 aa  195  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  27.02 
 
 		 595 aa  194  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  28.24 
 
 		 642 aa  194  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  28.47 
 
 		 581 aa  193  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  28.29 
 
 		 581 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  28.68 
 
 		 649 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  28.62 
 
 		 581 aa  191  4e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1244  GGDEF domain-containing protein  25.82 
 
 		 578 aa  169  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.118436  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 576 aa  154  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 417 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 417 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 324 aa  132  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.05 
 
 		 722 aa  131  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 377 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 559 aa  130  7.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.27 
 
 		 710 aa  130  7.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 485 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 532 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 578 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 354 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 1774 aa  127  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.65 
 
 		 928 aa  128  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 659 aa  127  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.42 
 
 		 485 aa  127  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 495 aa  127  5e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2580  GGDEF domain-containing protein  38.95 
 
 		 1774 aa  127  7e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 580 aa  127  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 485 aa  127  7e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 578 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 464 aa  126  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  43.67 
 
 		 381 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.63 
 
 		 438 aa  126  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 578 aa  126  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 381 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  40.88 
 
 		 323 aa  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 628 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 486 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 486 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 486 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.59 
 
 		 1072 aa  125  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 486 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 307 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  36.72 
 
 		 498 aa  124  7e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 485 aa  124  7e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  38.1 
 
 		 335 aa  123  8e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  41.04 
 
 		 548 aa  123  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 628 aa  123  8e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 485 aa  123  9e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 768 aa  123  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  38.01 
 
 		 574 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  38.1 
 
 		 332 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 247 aa  123  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.2 
 
 		 669 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 342 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 542 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 342 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.18 
 
 		 550 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0538  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 381 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 586 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 321 aa  121  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 492 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 328 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  34.45 
 
 		 323 aa  120  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 432 aa  120  6e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  35.07 
 
 		 320 aa  120  6e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 490 aa  120  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  34.27 
 
 		 323 aa  120  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 517 aa  120  6e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 328 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 408 aa  120  7.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 621 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 512 aa  120  9e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  30.18 
 
 		 621 aa  120  9e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 411 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 570 aa  120  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1419  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 581 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.337287  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 547 aa  120  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  30.34 
 
 		 794 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 380 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  39.11 
 
 		 525 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 329 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.92 
 
 		 463 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 360 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 653 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>