More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1967 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  100 
 
 
558 aa  1169    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  58.24 
 
 
565 aa  681    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.37 
 
 
567 aa  658    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.86 
 
 
566 aa  730    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.12 
 
 
566 aa  620  1e-176  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.78 
 
 
565 aa  618  1e-176  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.31 
 
 
572 aa  600  1e-170  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.53 
 
 
570 aa  598  1e-169  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.69 
 
 
579 aa  597  1e-169  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.21 
 
 
573 aa  595  1e-169  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.34 
 
 
572 aa  590  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.11 
 
 
574 aa  587  1e-166  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.87 
 
 
573 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.06 
 
 
570 aa  583  1.0000000000000001e-165  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.09 
 
 
561 aa  578  1e-164  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.27 
 
 
561 aa  581  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.27 
 
 
570 aa  572  1.0000000000000001e-162  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.8 
 
 
569 aa  568  1e-161  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.91 
 
 
582 aa  562  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  48.84 
 
 
561 aa  560  1e-158  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.06 
 
 
570 aa  561  1e-158  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.1 
 
 
569 aa  558  1e-158  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  50 
 
 
570 aa  549  1e-155  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.41 
 
 
570 aa  546  1e-154  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  48.76 
 
 
573 aa  539  9.999999999999999e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.59 
 
 
562 aa  519  1e-146  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  46.81 
 
 
574 aa  512  1e-144  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.02 
 
 
563 aa  490  1e-137  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.72 
 
 
560 aa  487  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.79 
 
 
559 aa  487  1e-136  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.12 
 
 
563 aa  469  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  33.04 
 
 
549 aa  258  3e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.93 
 
 
579 aa  253  5.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.07 
 
 
578 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  31.89 
 
 
547 aa  246  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.13 
 
 
579 aa  245  1.9999999999999999e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  31.13 
 
 
546 aa  241  2.9999999999999997e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  31.72 
 
 
547 aa  240  5e-62  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.56 
 
 
551 aa  236  9e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  29.9 
 
 
550 aa  234  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.65 
 
 
546 aa  229  8e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.76 
 
 
565 aa  229  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.75 
 
 
581 aa  228  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  29.51 
 
 
547 aa  228  2e-58  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.47 
 
 
546 aa  226  9e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  29.58 
 
 
551 aa  223  4.9999999999999996e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.86 
 
 
546 aa  222  9.999999999999999e-57  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.1 
 
 
584 aa  220  6e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.29 
 
 
578 aa  201  3e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.72 
 
 
527 aa  193  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  28.8 
 
 
528 aa  188  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.32 
 
 
522 aa  182  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.56 
 
 
522 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.43 
 
 
527 aa  177  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.03 
 
 
528 aa  176  9e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.21 
 
 
553 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.75 
 
 
528 aa  171  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.9 
 
 
526 aa  171  3e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.09 
 
 
522 aa  171  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  27.89 
 
 
522 aa  170  6e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.56 
 
 
522 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.56 
 
 
522 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27 
 
 
523 aa  169  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.31 
 
 
522 aa  167  5e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.1 
 
 
522 aa  166  8e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.48 
 
 
548 aa  166  8e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.87 
 
 
523 aa  163  7e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.86 
 
 
518 aa  163  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.75 
 
 
553 aa  160  4e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.5 
 
 
589 aa  160  8e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.24 
 
 
544 aa  158  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.53 
 
 
563 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27 
 
 
549 aa  155  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  26.63 
 
 
573 aa  154  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.68 
 
 
526 aa  151  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.75 
 
 
545 aa  150  7e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.82 
 
 
548 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 
538 aa  147  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.09 
 
 
536 aa  144  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27 
 
 
556 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  24.96 
 
 
549 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 
540 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  27.59 
 
 
563 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  27.59 
 
 
563 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  27.59 
 
 
563 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.65 
 
 
556 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  26.18 
 
 
573 aa  137  5e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  25.62 
 
 
551 aa  137  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.65 
 
 
534 aa  137  6.0000000000000005e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  27 
 
 
547 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.65 
 
 
547 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.99 
 
 
556 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.21 
 
 
550 aa  136  8e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.03 
 
 
518 aa  136  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  26.02 
 
 
573 aa  135  9.999999999999999e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  24.87 
 
 
539 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.87 
 
 
531 aa  135  3e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.21 
 
 
526 aa  135  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.43 
 
 
547 aa  134  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.93 
 
 
545 aa  134  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>