More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1894 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
562 aa  1161    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.8 
 
 
572 aa  626  1e-178  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.9 
 
 
573 aa  616  1e-175  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.42 
 
 
559 aa  593  1e-168  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.86 
 
 
560 aa  588  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.81 
 
 
563 aa  565  1e-160  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  50.18 
 
 
565 aa  558  1e-158  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.98 
 
 
566 aa  557  1e-157  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.82 
 
 
567 aa  557  1e-157  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.47 
 
 
572 aa  548  1e-155  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  50.44 
 
 
574 aa  549  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.11 
 
 
566 aa  548  1e-154  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.67 
 
 
561 aa  519  1e-146  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  46.59 
 
 
558 aa  519  1e-146  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.17 
 
 
565 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.65 
 
 
563 aa  516  1.0000000000000001e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.94 
 
 
574 aa  507  9.999999999999999e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.44 
 
 
570 aa  506  9.999999999999999e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.84 
 
 
570 aa  501  1e-140  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.56 
 
 
582 aa  493  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.1 
 
 
579 aa  492  9.999999999999999e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  45.13 
 
 
561 aa  494  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.34 
 
 
570 aa  495  9.999999999999999e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.13 
 
 
569 aa  491  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  45.45 
 
 
570 aa  490  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.6 
 
 
561 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  45.53 
 
 
573 aa  486  1e-136  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.97 
 
 
570 aa  484  1e-135  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.84 
 
 
570 aa  467  9.999999999999999e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.6 
 
 
573 aa  449  1e-125  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.82 
 
 
569 aa  445  1e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.48 
 
 
565 aa  283  7.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.07 
 
 
578 aa  281  2e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.46 
 
 
579 aa  276  1.0000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.64 
 
 
579 aa  263  6e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  31.82 
 
 
550 aa  259  8e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.2 
 
 
584 aa  249  8e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.82 
 
 
581 aa  247  4e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.95 
 
 
546 aa  241  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.6 
 
 
546 aa  240  5.999999999999999e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.05 
 
 
546 aa  239  9e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.9 
 
 
546 aa  239  1e-61  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.34 
 
 
549 aa  236  7e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.74 
 
 
578 aa  228  2e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  32.12 
 
 
547 aa  225  1e-57  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  31.94 
 
 
551 aa  223  4.9999999999999996e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.31 
 
 
551 aa  222  1.9999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.13 
 
 
547 aa  218  2e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.64 
 
 
547 aa  216  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.42 
 
 
527 aa  200  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.94 
 
 
526 aa  196  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  28.04 
 
 
528 aa  192  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.83 
 
 
522 aa  187  6e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.79 
 
 
522 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.65 
 
 
522 aa  182  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.65 
 
 
527 aa  181  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  30.36 
 
 
522 aa  177  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.86 
 
 
522 aa  172  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.85 
 
 
518 aa  171  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.61 
 
 
528 aa  169  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.3 
 
 
523 aa  169  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.12 
 
 
553 aa  169  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.39 
 
 
553 aa  169  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.78 
 
 
528 aa  169  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.36 
 
 
522 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.36 
 
 
522 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.95 
 
 
515 aa  160  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.33 
 
 
522 aa  160  8e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  27.53 
 
 
573 aa  159  9e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  29.57 
 
 
523 aa  156  9e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.32 
 
 
548 aa  155  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.04 
 
 
538 aa  154  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.43 
 
 
539 aa  143  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.43 
 
 
539 aa  143  8e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.43 
 
 
539 aa  143  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.68 
 
 
533 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.68 
 
 
533 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.58 
 
 
533 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.29 
 
 
539 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.11 
 
 
536 aa  140  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.06 
 
 
540 aa  140  7e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.35 
 
 
525 aa  139  8.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.42 
 
 
561 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  26.9 
 
 
551 aa  139  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  28.42 
 
 
549 aa  139  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.33 
 
 
563 aa  136  8e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.8 
 
 
531 aa  136  9.999999999999999e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.84 
 
 
549 aa  135  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.87 
 
 
511 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.97 
 
 
534 aa  134  3.9999999999999996e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.73 
 
 
545 aa  134  5e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.69 
 
 
572 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.91 
 
 
545 aa  133  9e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  25.75 
 
 
539 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  26.14 
 
 
537 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.01 
 
 
556 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  26.4 
 
 
537 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  26.4 
 
 
537 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  26.4 
 
 
537 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  25.99 
 
 
573 aa  132  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>