More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0422 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_0422  GMC oxidoreductase  100 
 
 		 568 aa  1128    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2692  GMC oxidoreductase  50.74 
 
 		 562 aa  478  1e-134  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1884  FAD dependent oxidoreductase  35.65 
 
 		 562 aa  280  6e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.597244 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4367  GMC oxidoreductase  33.63 
 
 		 554 aa  268  2e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.855621  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3593  hypothetical protein  34.74 
 
 		 570 aa  243  7e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.185956  normal  0.226258 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2167  GMC oxidoreductase  28.7 
 
 		 545 aa  211  3e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2728  putative oxidoreductase  28.22 
 
 		 567 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.368672 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0827  GMC oxidoreductase  29.58 
 
 		 579 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.705708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4268  FAD dependent oxidoreductase  30.57 
 
 		 528 aa  198  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.3626 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2390  GMC oxidoreductase  32.75 
 
 		 546 aa  194  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2465  FAD dependent oxidoreductase  30.37 
 
 		 581 aa  194  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.480647  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  30.86 
 
 		 571 aa  193  6e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1154  GMC oxidoreductase  31.84 
 
 		 547 aa  193  6e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3857  putative oxidoreductase  28.62 
 
 		 579 aa  183  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 		 876 aa  183  7e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3766  GMC oxidoreductase  27.57 
 
 		 582 aa  170  8e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.08 
 
 		 923 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.651694  normal  0.376335 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4205  GMC oxidoreductase  28.73 
 
 		 509 aa  163  7e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1858  FAD dependent oxidoreductase  28.38 
 
 		 513 aa  160  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.412322  normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0632  FAD dependent oxidoreductase  27.77 
 
 		 534 aa  157  4e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5013  hypothetical protein  28.67 
 
 		 524 aa  153  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0102781  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2585  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.26 
 
 		 554 aa  151  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129064  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1183  choline dehydrogenase-like flavoprotein  24.22 
 
 		 530 aa  150  8e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0204  FAD dependent oxidoreductase  27.04 
 
 		 535 aa  125  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.32401 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.24 
 
 		 518 aa  105  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.9 
 
 		 531 aa  102  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2912  GMC oxidoreductase  29.8 
 
 		 488 aa  91.3  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2378  GMC oxidoreductase  30.6 
 
 		 581 aa  88.2  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3133  GMC oxidoreductase  38.1 
 
 		 488 aa  88.2  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.275059 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2581  GMC oxidoreductase  37.41 
 
 		 488 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2722  GMC oxidoreductase  37.41 
 
 		 488 aa  84  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.06 
 
 		 527 aa  84  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.3 
 
 		 526 aa  81.6  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.42 
 
 		 547 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  33.54 
 
 		 563 aa  77  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  33.54 
 
 		 563 aa  77  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  33.54 
 
 		 563 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  35.26 
 
 		 547 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.3 
 
 		 547 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.93 
 
 		 573 aa  75.5  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.7 
 
 		 556 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.94 
 
 		 512 aa  73.9  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.75 
 
 		 533 aa  73.6  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  21.83 
 
 		 522 aa  73.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.57 
 
 		 556 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.34 
 
 		 520 aa  72.8  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  21.83 
 
 		 522 aa  73.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.75 
 
 		 533 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.75 
 
 		 533 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.49 
 
 		 547 aa  72.8  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  21.92 
 
 		 551 aa  72.8  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.14 
 
 		 553 aa  72  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.57 
 
 		 526 aa  72  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.57 
 
 		 548 aa  71.2  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.93 
 
 		 523 aa  71.2  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.21 
 
 		 533 aa  70.9  0.00000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1856  dehydrogenase, homolog  33.1 
 
 		 502 aa  70.9  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1534  FAD dependent oxidoreductase  33.1 
 
 		 510 aa  70.9  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419811  normal  0.0375492 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.55 
 
 		 512 aa  70.5  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.94 
 
 		 526 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178313  normal  0.0692225 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.2 
 
 		 522 aa  68.6  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  23.32 
 
 		 522 aa  68.9  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  32.41 
 
 		 534 aa  68.2  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2104  hypothetical protein  47.54 
 
 		 894 aa  67.8  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.788762  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.08 
 
 		 573 aa  67.4  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.93 
 
 		 524 aa  67  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  29.73 
 
 		 528 aa  66.2  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.37 
 
 		 534 aa  65.9  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  24.66 
 
 		 523 aa  66.2  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  20.37 
 
 		 506 aa  65.9  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.13 
 
 		 556 aa  65.5  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.82 
 
 		 545 aa  65.1  0.000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.05 
 
 		 548 aa  64.7  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.62 
 
 		 545 aa  64.7  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.31 
 
 		 544 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  33.81 
 
 		 489 aa  63.5  0.000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.54 
 
 		 570 aa  63.2  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.22 
 
 		 548 aa  63.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.77 
 
 		 533 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.88 
 
 		 525 aa  62.4  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1851  putative dehydrogenase  43.08 
 
 		 116 aa  62.4  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.77 
 
 		 534 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.77 
 
 		 534 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.44 
 
 		 522 aa  61.6  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.24 
 
 		 534 aa  60.8  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  26.39 
 
 		 521 aa  60.8  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3577  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.04 
 
 		 506 aa  60.8  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0954252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.79 
 
 		 538 aa  60.8  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.76 
 
 		 524 aa  60.5  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.611516 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.43 
 
 		 522 aa  59.7  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.33 
 
 		 527 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.67 
 
 		 545 aa  60.1  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0275  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.05 
 
 		 506 aa  60.1  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0236777 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.29 
 
 		 550 aa  59.7  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  50 
 
 		 539 aa  60.1  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.37 
 
 		 534 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  31.51 
 
 		 528 aa  59.3  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.76 
 
 		 581 aa  59.7  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  30.56 
 
 		 528 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.58 
 
 		 534 aa  59.3  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>