232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2912 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3133  GMC oxidoreductase  78.4 
 
 		 488 aa  808    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.275059 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2722  GMC oxidoreductase  77.57 
 
 		 488 aa  803    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2912  GMC oxidoreductase  100 
 
 		 488 aa  1011    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2581  GMC oxidoreductase  79 
 
 		 488 aa  807    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2378  GMC oxidoreductase  39.29 
 
 		 581 aa  327  3e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2465  FAD dependent oxidoreductase  30.49 
 
 		 581 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.480647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4268  FAD dependent oxidoreductase  30.58 
 
 		 528 aa  221  1.9999999999999999e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.3626 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3857  putative oxidoreductase  30.1 
 
 		 579 aa  219  7e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0827  GMC oxidoreductase  30.13 
 
 		 579 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.705708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1858  FAD dependent oxidoreductase  31.51 
 
 		 513 aa  209  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.412322  normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.15 
 
 		 518 aa  205  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1183  choline dehydrogenase-like flavoprotein  28.19 
 
 		 530 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2390  GMC oxidoreductase  29.67 
 
 		 546 aa  191  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1154  GMC oxidoreductase  30.02 
 
 		 547 aa  189  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4205  GMC oxidoreductase  32.53 
 
 		 509 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 		 876 aa  178  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3766  GMC oxidoreductase  27.69 
 
 		 582 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2585  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.56 
 
 		 554 aa  167  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129064  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5013  hypothetical protein  29.7 
 
 		 524 aa  163  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0102781  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0632  FAD dependent oxidoreductase  27.69 
 
 		 534 aa  159  8e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 		 923 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.651694  normal  0.376335 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.59 
 
 		 533 aa  137  4e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.89 
 
 		 545 aa  137  6.0000000000000005e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2728  putative oxidoreductase  33.86 
 
 		 567 aa  134  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.368672 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.13 
 
 		 531 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1884  FAD dependent oxidoreductase  34.22 
 
 		 562 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.597244 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0204  FAD dependent oxidoreductase  26.76 
 
 		 535 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.32401 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4367  GMC oxidoreductase  31.56 
 
 		 554 aa  114  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.855621  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3593  hypothetical protein  33.49 
 
 		 570 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.185956  normal  0.226258 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2167  GMC oxidoreductase  42.96 
 
 		 545 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.87 
 
 		 527 aa  107  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.66 
 
 		 545 aa  105  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.77 
 
 		 522 aa  101  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.23 
 
 		 523 aa  101  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.77 
 
 		 522 aa  101  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.88 
 
 		 522 aa  98.6  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.32 
 
 		 522 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.54 
 
 		 526 aa  97.1  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  36.24 
 
 		 571 aa  95.9  1e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.43 
 
 		 522 aa  95.5  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  24.49 
 
 		 523 aa  94.4  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  24.54 
 
 		 528 aa  94  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.15 
 
 		 539 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.77 
 
 		 539 aa  92.8  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.15 
 
 		 539 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.15 
 
 		 539 aa  92.8  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0422  GMC oxidoreductase  29.8 
 
 		 568 aa  91.3  4e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.36 
 
 		 528 aa  90.9  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.1 
 
 		 540 aa  90.5  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  25.83 
 
 		 522 aa  89.7  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.95 
 
 		 534 aa  89.4  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  22.86 
 
 		 539 aa  88.6  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.93 
 
 		 527 aa  89  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  24.08 
 
 		 522 aa  88.6  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  24.18 
 
 		 489 aa  88.2  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.41 
 
 		 522 aa  87.4  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.05 
 
 		 538 aa  87.4  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.18 
 
 		 536 aa  86.7  9e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  23.23 
 
 		 537 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.05 
 
 		 539 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.5 
 
 		 501 aa  84  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.05 
 
 		 539 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  25.77 
 
 		 539 aa  82.8  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  23.52 
 
 		 537 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  23.52 
 
 		 537 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  23.52 
 
 		 537 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  23.52 
 
 		 537 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  23.52 
 
 		 537 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  23.52 
 
 		 537 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  23.52 
 
 		 537 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.44 
 
 		 539 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.02 
 
 		 526 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  24.44 
 
 		 528 aa  80.1  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.17 
 
 		 556 aa  80.1  0.00000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.97 
 
 		 556 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.68 
 
 		 539 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.76 
 
 		 544 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2692  GMC oxidoreductase  34.51 
 
 		 562 aa  75.9  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.9 
 
 		 563 aa  73.9  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.06 
 
 		 534 aa  73.9  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.19 
 
 		 547 aa  73.6  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.06 
 
 		 534 aa  73.9  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  23.14 
 
 		 551 aa  73.6  0.000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.02 
 
 		 533 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.02 
 
 		 533 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.02 
 
 		 533 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  22.39 
 
 		 522 aa  73.2  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.5 
 
 		 534 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.94 
 
 		 518 aa  72.4  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.93 
 
 		 573 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.2 
 
 		 533 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.41 
 
 		 524 aa  71.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.98 
 
 		 526 aa  70.5  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178313  normal  0.0692225 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.67 
 
 		 553 aa  70.5  0.00000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.32 
 
 		 534 aa  70.1  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  22.91 
 
 		 521 aa  69.3  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.1 
 
 		 547 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.69 
 
 		 550 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  22.96 
 
 		 506 aa  68.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.79 
 
 		 556 aa  68.6  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>