183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3133 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3133  GMC oxidoreductase  100 
 
 		 488 aa  1012    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.275059 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2912  GMC oxidoreductase  78.4 
 
 		 488 aa  808    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2581  GMC oxidoreductase  97.51 
 
 		 488 aa  974    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2722  GMC oxidoreductase  92.62 
 
 		 488 aa  948    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2378  GMC oxidoreductase  40.46 
 
 		 581 aa  331  2e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3857  putative oxidoreductase  30.52 
 
 		 579 aa  212  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4268  FAD dependent oxidoreductase  30.58 
 
 		 528 aa  211  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.3626 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1858  FAD dependent oxidoreductase  32.98 
 
 		 513 aa  209  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.412322  normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2728  putative oxidoreductase  29.29 
 
 		 567 aa  204  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.368672 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0827  GMC oxidoreductase  30.13 
 
 		 579 aa  200  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.705708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4205  GMC oxidoreductase  29.66 
 
 		 509 aa  188  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.47 
 
 		 518 aa  186  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2390  GMC oxidoreductase  28.46 
 
 		 546 aa  177  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1154  GMC oxidoreductase  27.39 
 
 		 547 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2167  GMC oxidoreductase  26.75 
 
 		 545 aa  162  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.96 
 
 		 876 aa  160  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5013  hypothetical protein  27.68 
 
 		 524 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0102781  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2585  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.09 
 
 		 554 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129064  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0632  FAD dependent oxidoreductase  27.55 
 
 		 534 aa  144  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.6 
 
 		 923 aa  140  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.651694  normal  0.376335 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2465  FAD dependent oxidoreductase  34.25 
 
 		 581 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.480647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1183  choline dehydrogenase-like flavoprotein  34.66 
 
 		 530 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0204  FAD dependent oxidoreductase  24.08 
 
 		 535 aa  121  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.32401 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1884  FAD dependent oxidoreductase  29.62 
 
 		 562 aa  116  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.597244 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4367  GMC oxidoreductase  31.37 
 
 		 554 aa  113  9e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.855621  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3766  GMC oxidoreductase  40.79 
 
 		 582 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.79 
 
 		 545 aa  101  4e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.09 
 
 		 527 aa  99.8  9e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.12 
 
 		 531 aa  100  9e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3593  hypothetical protein  36.81 
 
 		 570 aa  98.2  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.185956  normal  0.226258 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.29 
 
 		 545 aa  97.1  6e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.33 
 
 		 522 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.78 
 
 		 523 aa  86.7  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.33 
 
 		 522 aa  86.3  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0422  GMC oxidoreductase  36.36 
 
 		 568 aa  85.1  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  22.68 
 
 		 523 aa  85.1  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.65 
 
 		 533 aa  84.7  0.000000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  33.33 
 
 		 571 aa  84.3  0.000000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.71 
 
 		 527 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.67 
 
 		 522 aa  83.2  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.67 
 
 		 522 aa  83.2  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.06 
 
 		 528 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.31 
 
 		 526 aa  80.5  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178313  normal  0.0692225 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  23.39 
 
 		 528 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.38 
 
 		 522 aa  79.7  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  22.8 
 
 		 522 aa  79.3  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.42 
 
 		 540 aa  78.6  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.52 
 
 		 522 aa  77.8  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.88 
 
 		 524 aa  77.4  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  23.38 
 
 		 522 aa  77.4  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  22.34 
 
 		 539 aa  75.5  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.24 
 
 		 501 aa  74.7  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.53 
 
 		 533 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.25 
 
 		 534 aa  74.7  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.63 
 
 		 547 aa  73.9  0.000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  23.45 
 
 		 528 aa  73.2  0.000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  22.65 
 
 		 537 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.85 
 
 		 533 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.53 
 
 		 533 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.53 
 
 		 533 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2692  GMC oxidoreductase  25.45 
 
 		 562 aa  72.4  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.86 
 
 		 512 aa  71.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  26.09 
 
 		 528 aa  70.1  0.00000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.67 
 
 		 512 aa  69.7  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.6 
 
 		 544 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.35 
 
 		 553 aa  68.2  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.16 
 
 		 534 aa  68.2  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.03 
 
 		 518 aa  68.6  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.34 
 
 		 556 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.13 
 
 		 563 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.59 
 
 		 534 aa  68.2  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.47 
 
 		 526 aa  67.4  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.98 
 
 		 526 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  23.54 
 
 		 489 aa  66.6  0.0000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.27 
 
 		 556 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  22.59 
 
 		 522 aa  64.3  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  23.54 
 
 		 549 aa  63.9  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.33 
 
 		 525 aa  63.5  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.08 
 
 		 518 aa  63.5  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  23.93 
 
 		 494 aa  62.8  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  22.88 
 
 		 526 aa  62.8  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0875  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.98 
 
 		 494 aa  63.2  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0584365  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.63 
 
 		 545 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.98 
 
 		 539 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.41 
 
 		 547 aa  62  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  49.18 
 
 		 539 aa  62.4  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.91 
 
 		 548 aa  61.6  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  20.08 
 
 		 558 aa  60.8  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  22.92 
 
 		 537 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.48 
 
 		 614 aa  59.7  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  22.92 
 
 		 537 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  22.92 
 
 		 537 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  28.68 
 
 		 563 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  22.92 
 
 		 537 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.91 
 
 		 520 aa  59.7  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.66 
 
 		 573 aa  60.1  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4426  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.44 
 
 		 579 aa  60.1  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  30.15 
 
 		 563 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  22.92 
 
 		 537 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.52 
 
 		 556 aa  58.9  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>