More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1154 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1154  GMC oxidoreductase  100 
 
 		 547 aa  1100    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2167  GMC oxidoreductase  38.96 
 
 		 545 aa  345  1e-93  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3857  putative oxidoreductase  39.05 
 
 		 579 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2465  FAD dependent oxidoreductase  39.61 
 
 		 581 aa  329  9e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.480647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0827  GMC oxidoreductase  38.45 
 
 		 579 aa  326  7e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.705708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2728  putative oxidoreductase  37.32 
 
 		 567 aa  306  6e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.368672 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2390  GMC oxidoreductase  39.02 
 
 		 546 aa  280  5e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1884  FAD dependent oxidoreductase  36.04 
 
 		 562 aa  265  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.597244 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1858  FAD dependent oxidoreductase  36.21 
 
 		 513 aa  265  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.412322  normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4268  FAD dependent oxidoreductase  35.58 
 
 		 528 aa  252  1e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.3626 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.73 
 
 		 876 aa  250  5e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1183  choline dehydrogenase-like flavoprotein  28.6 
 
 		 530 aa  247  4e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4367  GMC oxidoreductase  33.33 
 
 		 554 aa  246  9e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.855621  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2378  GMC oxidoreductase  34.46 
 
 		 581 aa  241  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  33.69 
 
 		 571 aa  232  1e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3766  GMC oxidoreductase  32.42 
 
 		 582 aa  230  5e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2585  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.68 
 
 		 554 aa  206  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129064  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4205  GMC oxidoreductase  30.53 
 
 		 509 aa  196  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0422  GMC oxidoreductase  31.84 
 
 		 568 aa  194  3e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.73 
 
 		 923 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.651694  normal  0.376335 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2912  GMC oxidoreductase  30.02 
 
 		 488 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5013  hypothetical protein  31.23 
 
 		 524 aa  187  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0102781  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3593  hypothetical protein  30.48 
 
 		 570 aa  176  9e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.185956  normal  0.226258 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2692  GMC oxidoreductase  30.81 
 
 		 562 aa  172  1e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2722  GMC oxidoreductase  27.77 
 
 		 488 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2581  GMC oxidoreductase  28.01 
 
 		 488 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3133  GMC oxidoreductase  27.39 
 
 		 488 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.275059 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.93 
 
 		 533 aa  159  2e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0632  FAD dependent oxidoreductase  30.69 
 
 		 534 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0204  FAD dependent oxidoreductase  26.15 
 
 		 535 aa  137  7.000000000000001e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.32401 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.99 
 
 		 518 aa  131  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.37 
 
 		 531 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0275  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.26 
 
 		 506 aa  107  4e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0236777 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.51 
 
 		 533 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.84 
 
 		 544 aa  103  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  28.69 
 
 		 528 aa  102  2e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.28 
 
 		 501 aa  100  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  27.63 
 
 		 539 aa  99.4  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0875  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.42 
 
 		 494 aa  99  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0584365  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2343  FAD dependent oxidoreductase  27.48 
 
 		 662 aa  95.5  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.513301  normal  0.220367 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.31 
 
 		 534 aa  95.5  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.35 
 
 		 662 aa  94.7  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.48 
 
 		 662 aa  94.4  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.71 
 
 		 539 aa  94  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.17 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.35 
 
 		 581 aa  92.8  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.26 
 
 		 545 aa  92.4  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.38 
 
 		 662 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854186  normal  0.0386059 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.63 
 
 		 578 aa  90.5  6e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.34 
 
 		 545 aa  90.1  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.16 
 
 		 524 aa  89.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.611516 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  26.65 
 
 		 537 aa  88.6  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  26.65 
 
 		 537 aa  88.6  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  26.65 
 
 		 537 aa  88.6  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.27 
 
 		 516 aa  88.2  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0978  hypothetical protein  25.72 
 
 		 502 aa  85.9  0.000000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.667371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  24.65 
 
 		 506 aa  85.5  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  25.88 
 
 		 537 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  25.88 
 
 		 537 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  25.88 
 
 		 537 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  25.88 
 
 		 537 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  25.34 
 
 		 537 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.28 
 
 		 522 aa  84.3  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.76 
 
 		 534 aa  83.6  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.54 
 
 		 539 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  22.41 
 
 		 549 aa  83.2  0.00000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  27 
 
 		 522 aa  81.3  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.11 
 
 		 522 aa  80.9  0.00000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.83 
 
 		 579 aa  80.1  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.87 
 
 		 570 aa  80.1  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.35 
 
 		 572 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.41 
 
 		 528 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.71 
 
 		 520 aa  77  0.0000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  25.86 
 
 		 522 aa  77  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.85 
 
 		 534 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 		 522 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.45 
 
 		 534 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.45 
 
 		 534 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.14 
 
 		 548 aa  74.3  0.000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.75 
 
 		 556 aa  73.6  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  24.5 
 
 		 549 aa  73.6  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.37 
 
 		 548 aa  73.2  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.37 
 
 		 522 aa  72.8  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.97 
 
 		 534 aa  72.8  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.78 
 
 		 553 aa  72.4  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2104  hypothetical protein  52.24 
 
 		 894 aa  72  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.788762  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  35.97 
 
 		 489 aa  72.4  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.42 
 
 		 562 aa  72.4  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 		 556 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.37 
 
 		 573 aa  72  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.72 
 
 		 526 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178313  normal  0.0692225 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.65 
 
 		 526 aa  71.6  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  31.15 
 
 		 551 aa  71.2  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.58 
 
 		 582 aa  70.9  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.81 
 
 		 523 aa  70.5  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.34 
 
 		 563 aa  70.5  0.00000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.19 
 
 		 518 aa  70.5  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.51 
 
 		 547 aa  70.1  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.92 
 
 		 539 aa  70.1  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.71 
 
 		 522 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>