226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1183 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1183  choline dehydrogenase-like flavoprotein  100 
 
 		 530 aa  1103    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0827  GMC oxidoreductase  32.1 
 
 		 579 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.705708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3857  putative oxidoreductase  32.1 
 
 		 579 aa  269  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2465  FAD dependent oxidoreductase  31.47 
 
 		 581 aa  265  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.480647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1154  GMC oxidoreductase  28.6 
 
 		 547 aa  247  4e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2167  GMC oxidoreductase  30.71 
 
 		 545 aa  244  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1858  FAD dependent oxidoreductase  30.51 
 
 		 513 aa  231  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.412322  normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2378  GMC oxidoreductase  31.73 
 
 		 581 aa  228  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2728  putative oxidoreductase  27.64 
 
 		 567 aa  225  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.368672 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4268  FAD dependent oxidoreductase  28.7 
 
 		 528 aa  224  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.3626 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4367  GMC oxidoreductase  30.11 
 
 		 554 aa  220  6e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.855621  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1884  FAD dependent oxidoreductase  26.73 
 
 		 562 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.597244 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.64 
 
 		 518 aa  202  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2390  GMC oxidoreductase  26.26 
 
 		 546 aa  197  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2912  GMC oxidoreductase  28.19 
 
 		 488 aa  196  9e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4205  GMC oxidoreductase  25.91 
 
 		 509 aa  193  8e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.44 
 
 		 876 aa  190  5e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5013  hypothetical protein  26.59 
 
 		 524 aa  181  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0102781  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2585  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.64 
 
 		 554 aa  176  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129064  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2692  GMC oxidoreductase  26.76 
 
 		 562 aa  173  9e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3766  GMC oxidoreductase  24.36 
 
 		 582 aa  170  8e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.35 
 
 		 923 aa  167  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.651694  normal  0.376335 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3593  hypothetical protein  24.95 
 
 		 570 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.185956  normal  0.226258 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  25.31 
 
 		 571 aa  150  8e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0422  GMC oxidoreductase  24.08 
 
 		 568 aa  144  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2722  GMC oxidoreductase  33.2 
 
 		 488 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3133  GMC oxidoreductase  34.66 
 
 		 488 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.275059 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0632  FAD dependent oxidoreductase  24.95 
 
 		 534 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2581  GMC oxidoreductase  32.93 
 
 		 488 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  20.93 
 
 		 533 aa  113  7.000000000000001e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0204  FAD dependent oxidoreductase  21.52 
 
 		 535 aa  107  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.32401 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.65 
 
 		 531 aa  106  1e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.05 
 
 		 536 aa  97.8  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.16 
 
 		 540 aa  96.3  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.24 
 
 		 538 aa  96.7  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.88 
 
 		 539 aa  93.6  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  23.83 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.98 
 
 		 556 aa  92.4  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.81 
 
 		 545 aa  90.5  7e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.87 
 
 		 539 aa  89.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.87 
 
 		 539 aa  89.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.87 
 
 		 539 aa  89.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  22.45 
 
 		 551 aa  88.2  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  22.97 
 
 		 528 aa  87.8  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.7 
 
 		 539 aa  87.8  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.62 
 
 		 545 aa  87  8e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  22.57 
 
 		 537 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.15 
 
 		 534 aa  83.6  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.43 
 
 		 539 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.91 
 
 		 550 aa  82  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.53 
 
 		 539 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  20.73 
 
 		 533 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  20.73 
 
 		 533 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.63 
 
 		 518 aa  80.9  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  20.73 
 
 		 533 aa  80.5  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.27 
 
 		 550 aa  80.5  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  21.81 
 
 		 515 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  21.88 
 
 		 537 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  21.88 
 
 		 537 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.94 
 
 		 544 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  21.88 
 
 		 537 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  21.88 
 
 		 537 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  21.88 
 
 		 537 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  21.88 
 
 		 537 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  21.88 
 
 		 537 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.67 
 
 		 539 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.02 
 
 		 579 aa  79.3  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.23 
 
 		 533 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.37 
 
 		 534 aa  77.8  0.0000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.31 
 
 		 579 aa  76.6  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.53 
 
 		 545 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.33 
 
 		 578 aa  76.3  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  20.39 
 
 		 506 aa  76.3  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2343  FAD dependent oxidoreductase  23.04 
 
 		 662 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.513301  normal  0.220367 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4057  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.35 
 
 		 752 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.566614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.38 
 
 		 525 aa  76.6  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.04 
 
 		 547 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.49 
 
 		 527 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.56 
 
 		 526 aa  73.9  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.82 
 
 		 547 aa  73.9  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.04 
 
 		 662 aa  73.9  0.000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1661  dehydrogenase subunit, putative  22.34 
 
 		 752 aa  73.6  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.796434 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.23 
 
 		 581 aa  73.6  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.86 
 
 		 548 aa  73.6  0.000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.78 
 
 		 662 aa  73.6  0.000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.42 
 
 		 556 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  21.05 
 
 		 522 aa  73.2  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.5 
 
 		 556 aa  72  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  22.24 
 
 		 526 aa  72  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  24.21 
 
 		 547 aa  70.9  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.3 
 
 		 511 aa  70.5  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.67 
 
 		 614 aa  69.7  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  21.72 
 
 		 522 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  21.72 
 
 		 522 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  30.5 
 
 		 563 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.27 
 
 		 662 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854186  normal  0.0386059 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  30.5 
 
 		 563 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  30.5 
 
 		 563 aa  67.8  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.34 
 
 		 522 aa  67.4  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  20.07 
 
 		 552 aa  67.4  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>