288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3766 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3766  GMC oxidoreductase  100 
 
 		 582 aa  1190    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2585  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.23 
 
 		 554 aa  444  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129064  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.81 
 
 		 923 aa  424  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.651694  normal  0.376335 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.05 
 
 		 876 aa  383  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2728  putative oxidoreductase  32.47 
 
 		 567 aa  258  2e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.368672 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0827  GMC oxidoreductase  30.78 
 
 		 579 aa  238  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.705708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3857  putative oxidoreductase  31.97 
 
 		 579 aa  238  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2465  FAD dependent oxidoreductase  30.89 
 
 		 581 aa  233  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.480647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2167  GMC oxidoreductase  30.56 
 
 		 545 aa  230  4e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1154  GMC oxidoreductase  32.42 
 
 		 547 aa  230  6e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2390  GMC oxidoreductase  32 
 
 		 546 aa  213  7e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1884  FAD dependent oxidoreductase  29.59 
 
 		 562 aa  213  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.597244 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4367  GMC oxidoreductase  29.9 
 
 		 554 aa  208  3e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.855621  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3593  hypothetical protein  29.8 
 
 		 570 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.185956  normal  0.226258 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.2 
 
 		 518 aa  183  7e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4268  FAD dependent oxidoreductase  28.97 
 
 		 528 aa  179  9e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.3626 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4205  GMC oxidoreductase  25.42 
 
 		 509 aa  169  9e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1183  choline dehydrogenase-like flavoprotein  24.36 
 
 		 530 aa  170  9e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0422  GMC oxidoreductase  27.57 
 
 		 568 aa  167  4e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2912  GMC oxidoreductase  27.69 
 
 		 488 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0632  FAD dependent oxidoreductase  27.89 
 
 		 534 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5013  hypothetical protein  28.2 
 
 		 524 aa  162  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0102781  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2378  GMC oxidoreductase  27.92 
 
 		 581 aa  156  8e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2581  GMC oxidoreductase  26.72 
 
 		 488 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2692  GMC oxidoreductase  26.27 
 
 		 562 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1858  FAD dependent oxidoreductase  33.45 
 
 		 513 aa  126  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.412322  normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0204  FAD dependent oxidoreductase  24.39 
 
 		 535 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.32401 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2722  GMC oxidoreductase  39.23 
 
 		 488 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3133  GMC oxidoreductase  40.79 
 
 		 488 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.275059 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  30.98 
 
 		 571 aa  98.6  3e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.19 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  25.65 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.19 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.19 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.07 
 
 		 531 aa  91.3  5e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.72 
 
 		 539 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.13 
 
 		 526 aa  85.1  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178313  normal  0.0692225 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0978  hypothetical protein  25.09 
 
 		 502 aa  84.7  0.000000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.667371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.37 
 
 		 662 aa  83.6  0.000000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2343  FAD dependent oxidoreductase  25.12 
 
 		 662 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.513301  normal  0.220367 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.21 
 
 		 553 aa  81.6  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.63 
 
 		 550 aa  81.3  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.53 
 
 		 547 aa  81.3  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.81 
 
 		 662 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854186  normal  0.0386059 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.88 
 
 		 662 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.51 
 
 		 573 aa  80.5  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.25 
 
 		 573 aa  78.6  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 		 556 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.17 
 
 		 556 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  37.5 
 
 		 563 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  37.5 
 
 		 563 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  36.36 
 
 		 563 aa  77.4  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.87 
 
 		 545 aa  75.9  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.89 
 
 		 522 aa  74.7  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 		 534 aa  74.7  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.37 
 
 		 547 aa  74.7  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.9 
 
 		 526 aa  74.3  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  25.66 
 
 		 522 aa  74.3  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  30.19 
 
 		 547 aa  73.9  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  27.68 
 
 		 551 aa  73.9  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.01 
 
 		 534 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.01 
 
 		 534 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.58 
 
 		 520 aa  73.6  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.84 
 
 		 534 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.94 
 
 		 526 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.91 
 
 		 548 aa  72  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.04 
 
 		 533 aa  71.6  0.00000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.73 
 
 		 523 aa  71.2  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.54 
 
 		 522 aa  70.9  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.12 
 
 		 556 aa  70.1  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.57 
 
 		 548 aa  70.1  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.44 
 
 		 525 aa  69.3  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  21.14 
 
 		 534 aa  68.2  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  31.37 
 
 		 523 aa  68.6  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 		 545 aa  68.2  0.0000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 		 522 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  30.72 
 
 		 522 aa  67.4  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  20.63 
 
 		 551 aa  67.4  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.17 
 
 		 501 aa  67.4  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  36.91 
 
 		 528 aa  66.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.03 
 
 		 533 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.03 
 
 		 533 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.03 
 
 		 533 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.34 
 
 		 526 aa  65.9  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  24.68 
 
 		 539 aa  65.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0134  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase  31.47 
 
 		 480 aa  65.1  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.73 
 
 		 527 aa  65.5  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.82 
 
 		 540 aa  64.7  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  31.37 
 
 		 522 aa  64.7  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.97 
 
 		 534 aa  64.3  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  32.89 
 
 		 528 aa  64.3  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.95 
 
 		 536 aa  63.9  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.87 
 
 		 539 aa  63.9  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.2 
 
 		 539 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.33 
 
 		 533 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.87 
 
 		 539 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  29.08 
 
 		 494 aa  63.5  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.65 
 
 		 527 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0875  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.72 
 
 		 494 aa  63.2  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0584365  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.61 
 
 		 522 aa  63.2  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>