More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2390 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2390  GMC oxidoreductase  100 
 
 		 546 aa  1086    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1154  GMC oxidoreductase  39.49 
 
 		 547 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2167  GMC oxidoreductase  33.7 
 
 		 545 aa  281  2e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2728  putative oxidoreductase  35.28 
 
 		 567 aa  276  6e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.368672 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1884  FAD dependent oxidoreductase  36.52 
 
 		 562 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.597244 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3857  putative oxidoreductase  36.73 
 
 		 579 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1858  FAD dependent oxidoreductase  36.84 
 
 		 513 aa  272  1e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.412322  normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2465  FAD dependent oxidoreductase  34.81 
 
 		 581 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.480647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0827  GMC oxidoreductase  36.35 
 
 		 579 aa  269  8e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.705708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.86 
 
 		 518 aa  246  9e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.37 
 
 		 876 aa  238  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4367  GMC oxidoreductase  31.99 
 
 		 554 aa  238  3e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.855621  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2585  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.95 
 
 		 554 aa  235  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129064  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2378  GMC oxidoreductase  35.82 
 
 		 581 aa  223  8e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3766  GMC oxidoreductase  31.83 
 
 		 582 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3593  hypothetical protein  32.4 
 
 		 570 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.185956  normal  0.226258 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 		 923 aa  212  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.651694  normal  0.376335 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5013  hypothetical protein  30.13 
 
 		 524 aa  204  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0102781  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4268  FAD dependent oxidoreductase  32.04 
 
 		 528 aa  200  5e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.3626 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1183  choline dehydrogenase-like flavoprotein  26.53 
 
 		 530 aa  200  5e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4205  GMC oxidoreductase  29.95 
 
 		 509 aa  198  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0422  GMC oxidoreductase  33.22 
 
 		 568 aa  195  2e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2912  GMC oxidoreductase  30.1 
 
 		 488 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3133  GMC oxidoreductase  28.46 
 
 		 488 aa  177  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.275059 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0632  FAD dependent oxidoreductase  30.15 
 
 		 534 aa  177  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2722  GMC oxidoreductase  28.93 
 
 		 488 aa  176  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2581  GMC oxidoreductase  28.38 
 
 		 488 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2692  GMC oxidoreductase  31.32 
 
 		 562 aa  170  7e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  37.5 
 
 		 571 aa  127  7e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0204  FAD dependent oxidoreductase  27.27 
 
 		 535 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.32401 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.6 
 
 		 533 aa  106  1e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.73 
 
 		 527 aa  104  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.59 
 
 		 545 aa  103  7e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.37 
 
 		 534 aa  100  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.51 
 
 		 538 aa  99.8  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.3 
 
 		 539 aa  98.2  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.3 
 
 		 539 aa  98.2  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.3 
 
 		 539 aa  98.2  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.91 
 
 		 523 aa  97.8  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.32 
 
 		 512 aa  97.8  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 		 539 aa  95.5  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.85 
 
 		 556 aa  95.9  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.74 
 
 		 501 aa  95.5  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.44 
 
 		 528 aa  94.4  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.3 
 
 		 534 aa  91.3  4e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.83 
 
 		 512 aa  90.9  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.74 
 
 		 522 aa  89.7  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2343  FAD dependent oxidoreductase  29.63 
 
 		 662 aa  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.513301  normal  0.220367 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.26 
 
 		 522 aa  89.4  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.18 
 
 		 527 aa  89  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  26.44 
 
 		 539 aa  89  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.39 
 
 		 531 aa  89  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  23.3 
 
 		 534 aa  88.6  3e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.64 
 
 		 545 aa  88.6  3e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.34 
 
 		 662 aa  88.6  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.97 
 
 		 522 aa  88.2  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.97 
 
 		 522 aa  88.2  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  23.44 
 
 		 551 aa  88.2  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.56 
 
 		 539 aa  87.4  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.41 
 
 		 533 aa  87  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.41 
 
 		 533 aa  87.4  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.41 
 
 		 533 aa  87  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  25.56 
 
 		 539 aa  87  8e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 		 536 aa  87  8e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  24.41 
 
 		 573 aa  87  9e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.06 
 
 		 662 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  24.35 
 
 		 528 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 		 526 aa  85.1  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.79 
 
 		 540 aa  84.7  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  23.58 
 
 		 537 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.52 
 
 		 539 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  24.17 
 
 		 537 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.55 
 
 		 539 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  24.17 
 
 		 537 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  24.17 
 
 		 537 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  24.17 
 
 		 537 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  24.42 
 
 		 523 aa  81.6  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  24.17 
 
 		 537 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  24.17 
 
 		 537 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  24.17 
 
 		 537 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.21 
 
 		 539 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.53 
 
 		 662 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854186  normal  0.0386059 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  22.49 
 
 		 506 aa  79.3  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.91 
 
 		 525 aa  79.7  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.61 
 
 		 534 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.73 
 
 		 548 aa  77.8  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.21 
 
 		 556 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.67 
 
 		 573 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.98 
 
 		 534 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.17 
 
 		 556 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.98 
 
 		 534 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.05 
 
 		 579 aa  77.4  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  23.77 
 
 		 494 aa  77  0.0000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.14 
 
 		 522 aa  76.3  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.99 
 
 		 552 aa  75.9  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.79 
 
 		 698 aa  75.5  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.01 
 
 		 565 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.73 
 
 		 522 aa  75.5  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.67 
 
 		 526 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.63 
 
 		 518 aa  73.6  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>