279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2378 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2378  GMC oxidoreductase  100 
 
 		 581 aa  1167    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2722  GMC oxidoreductase  39.63 
 
 		 488 aa  343  5e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3133  GMC oxidoreductase  40.46 
 
 		 488 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.275059 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2581  GMC oxidoreductase  40.25 
 
 		 488 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2912  GMC oxidoreductase  39.29 
 
 		 488 aa  336  9e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1858  FAD dependent oxidoreductase  35.28 
 
 		 513 aa  259  9e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.412322  normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1154  GMC oxidoreductase  34.46 
 
 		 547 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2465  FAD dependent oxidoreductase  32.65 
 
 		 581 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.480647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3857  putative oxidoreductase  32.63 
 
 		 579 aa  237  5.0000000000000005e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1183  choline dehydrogenase-like flavoprotein  31.73 
 
 		 530 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0827  GMC oxidoreductase  32.24 
 
 		 579 aa  233  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.705708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2390  GMC oxidoreductase  35.19 
 
 		 546 aa  219  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1884  FAD dependent oxidoreductase  32.06 
 
 		 562 aa  213  9e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.597244 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2167  GMC oxidoreductase  30.39 
 
 		 545 aa  209  8e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33 
 
 		 518 aa  207  6e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.58 
 
 		 876 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4268  FAD dependent oxidoreductase  32.39 
 
 		 528 aa  205  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.3626 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2585  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.13 
 
 		 554 aa  175  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129064  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5013  hypothetical protein  28.54 
 
 		 524 aa  172  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0102781  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4205  GMC oxidoreductase  29.74 
 
 		 509 aa  171  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3766  GMC oxidoreductase  27.92 
 
 		 582 aa  161  4e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0632  FAD dependent oxidoreductase  29.77 
 
 		 534 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.29 
 
 		 923 aa  148  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.651694  normal  0.376335 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.73 
 
 		 533 aa  147  6e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2728  putative oxidoreductase  36.59 
 
 		 567 aa  144  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.368672 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.09 
 
 		 545 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29 
 
 		 531 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4367  GMC oxidoreductase  32.93 
 
 		 554 aa  128  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.855621  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.07 
 
 		 528 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3593  hypothetical protein  33.2 
 
 		 570 aa  110  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.185956  normal  0.226258 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  25.66 
 
 		 528 aa  108  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  26.02 
 
 		 489 aa  103  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.94 
 
 		 545 aa  103  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.72 
 
 		 522 aa  103  9e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.56 
 
 		 538 aa  103  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.79 
 
 		 522 aa  102  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.47 
 
 		 533 aa  102  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  29.39 
 
 		 571 aa  100  6e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.22 
 
 		 518 aa  99.8  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.07 
 
 		 525 aa  99.8  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.57 
 
 		 522 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 		 534 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.21 
 
 		 527 aa  98.6  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  26.7 
 
 		 549 aa  98.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  26.12 
 
 		 539 aa  98.2  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 		 534 aa  97.4  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 		 534 aa  97.4  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30 
 
 		 523 aa  97.1  9e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.8 
 
 		 518 aa  96.3  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.48 
 
 		 526 aa  96.7  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  28.53 
 
 		 523 aa  96.7  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  25.64 
 
 		 528 aa  95.5  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.91 
 
 		 536 aa  95.9  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 		 540 aa  95.9  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.72 
 
 		 556 aa  95.1  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.65 
 
 		 548 aa  95.1  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.27 
 
 		 556 aa  95.1  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  27.27 
 
 		 522 aa  95.1  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.91 
 
 		 527 aa  93.6  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0422  GMC oxidoreductase  30.6 
 
 		 568 aa  93.2  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.73 
 
 		 534 aa  92.4  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.21 
 
 		 524 aa  92.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  23.44 
 
 		 528 aa  92  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.4 
 
 		 534 aa  92  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.53 
 
 		 522 aa  92  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.53 
 
 		 522 aa  92  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.08 
 
 		 520 aa  90.9  5e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0204  FAD dependent oxidoreductase  24.21 
 
 		 535 aa  90.5  7e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.32401 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.18 
 
 		 524 aa  90.5  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.611516 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 		 545 aa  90.1  9e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2692  GMC oxidoreductase  31.73 
 
 		 562 aa  90.1  9e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  29.81 
 
 		 563 aa  89  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  29.75 
 
 		 563 aa  88.6  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.93 
 
 		 526 aa  88.6  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.84 
 
 		 522 aa  88.6  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  29.75 
 
 		 563 aa  88.6  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.97 
 
 		 547 aa  88.2  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.34 
 
 		 544 aa  87.8  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  24.14 
 
 		 506 aa  87.4  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.57 
 
 		 526 aa  87  9e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178313  normal  0.0692225 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.52 
 
 		 548 aa  85.5  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.56 
 
 		 539 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.48 
 
 		 573 aa  86.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.56 
 
 		 539 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.41 
 
 		 512 aa  85.9  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.56 
 
 		 539 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  25.18 
 
 		 537 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  25.18 
 
 		 537 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.06 
 
 		 539 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  25.18 
 
 		 537 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  25.18 
 
 		 537 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  25.14 
 
 		 521 aa  85.1  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.31 
 
 		 512 aa  84.7  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  25.18 
 
 		 537 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  30.62 
 
 		 539 aa  84.7  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  22.14 
 
 		 522 aa  84.7  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  25.18 
 
 		 537 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  25.18 
 
 		 537 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.43 
 
 		 698 aa  84  0.000000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.93 
 
 		 550 aa  83.6  0.000000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>