261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1858 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1858  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 513 aa  1053    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.412322  normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2465  FAD dependent oxidoreductase  38.12 
 
 		 581 aa  342  1e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.480647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.81 
 
 		 518 aa  333  4e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2167  GMC oxidoreductase  35.9 
 
 		 545 aa  324  2e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2390  GMC oxidoreductase  37.76 
 
 		 546 aa  293  5e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1154  GMC oxidoreductase  36.04 
 
 		 547 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2378  GMC oxidoreductase  36.29 
 
 		 581 aa  271  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4268  FAD dependent oxidoreductase  34.14 
 
 		 528 aa  268  2e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.3626 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3857  putative oxidoreductase  48.51 
 
 		 579 aa  264  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4367  GMC oxidoreductase  33.33 
 
 		 554 aa  263  8e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.855621  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0827  GMC oxidoreductase  48.88 
 
 		 579 aa  262  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.705708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1183  choline dehydrogenase-like flavoprotein  30.51 
 
 		 530 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 876 aa  248  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2585  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.93 
 
 		 554 aa  232  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129064  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  31.94 
 
 		 571 aa  232  2e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2728  putative oxidoreductase  43.61 
 
 		 567 aa  229  6e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.368672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2722  GMC oxidoreductase  33.47 
 
 		 488 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2912  GMC oxidoreductase  32.52 
 
 		 488 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3133  GMC oxidoreductase  33.67 
 
 		 488 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.275059 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2581  GMC oxidoreductase  33.33 
 
 		 488 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5013  hypothetical protein  28.71 
 
 		 524 aa  203  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0102781  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3593  hypothetical protein  29.78 
 
 		 570 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.185956  normal  0.226258 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4205  GMC oxidoreductase  29.59 
 
 		 509 aa  198  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1884  FAD dependent oxidoreductase  38.78 
 
 		 562 aa  193  6e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.597244 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0632  FAD dependent oxidoreductase  28.6 
 
 		 534 aa  177  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0422  GMC oxidoreductase  28.6 
 
 		 568 aa  173  5.999999999999999e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2692  GMC oxidoreductase  27.77 
 
 		 562 aa  147  6e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3766  GMC oxidoreductase  33.45 
 
 		 582 aa  146  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.75 
 
 		 533 aa  144  3e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.35 
 
 		 545 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.99 
 
 		 923 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.651694  normal  0.376335 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.5 
 
 		 540 aa  123  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.54 
 
 		 536 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.44 
 
 		 539 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.44 
 
 		 539 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.44 
 
 		 539 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  26.6 
 
 		 539 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.52 
 
 		 533 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.69 
 
 		 539 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.8 
 
 		 538 aa  114  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  26.35 
 
 		 537 aa  114  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.25 
 
 		 545 aa  114  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.82 
 
 		 534 aa  112  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.78 
 
 		 539 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.78 
 
 		 539 aa  111  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  25.59 
 
 		 537 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  25.59 
 
 		 537 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  25.59 
 
 		 537 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  25.59 
 
 		 537 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  25.59 
 
 		 537 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  25.59 
 
 		 537 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  25.59 
 
 		 537 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0204  FAD dependent oxidoreductase  25.05 
 
 		 535 aa  107  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.32401 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.54 
 
 		 539 aa  107  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  27.69 
 
 		 489 aa  105  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 		 522 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  24.35 
 
 		 551 aa  104  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.22 
 
 		 525 aa  103  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.32 
 
 		 522 aa  103  7e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.32 
 
 		 522 aa  103  7e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  25.14 
 
 		 522 aa  103  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  25.45 
 
 		 528 aa  103  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.65 
 
 		 533 aa  103  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.65 
 
 		 533 aa  103  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.27 
 
 		 528 aa  103  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.39 
 
 		 533 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.49 
 
 		 539 aa  102  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.99 
 
 		 522 aa  100  5e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.7 
 
 		 522 aa  100  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.73 
 
 		 552 aa  100  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.26 
 
 		 545 aa  100  8e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.96 
 
 		 534 aa  100  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.14 
 
 		 534 aa  99.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.14 
 
 		 534 aa  99.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.03 
 
 		 544 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 		 523 aa  97.4  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.41 
 
 		 534 aa  97.1  7e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.36 
 
 		 527 aa  96.7  9e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 		 556 aa  96.7  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.04 
 
 		 523 aa  95.1  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.38 
 
 		 547 aa  94.4  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.22 
 
 		 550 aa  93.2  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.36 
 
 		 550 aa  92.8  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  22.24 
 
 		 506 aa  91.3  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.94 
 
 		 556 aa  91.3  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.28 
 
 		 524 aa  90.5  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.25 
 
 		 531 aa  90.5  7e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.99 
 
 		 522 aa  90.1  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26 
 
 		 556 aa  90.1  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0275  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 		 506 aa  89.7  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0236777 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.95 
 
 		 526 aa  89.4  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.42 
 
 		 548 aa  88.2  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.17 
 
 		 512 aa  88.2  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.33 
 
 		 512 aa  88.2  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.84 
 
 		 518 aa  87.8  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  23.97 
 
 		 494 aa  87.4  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.62 
 
 		 501 aa  87.4  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  26.38 
 
 		 522 aa  87  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0875  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.75 
 
 		 494 aa  87  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0584365  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  24.26 
 
 		 539 aa  85.9  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>