More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3727 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4516  ferric vibriobactin receptor  90.95 
 
 		 685 aa  1266    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0621  TonB-dependent receptor  68.08 
 
 		 686 aa  988    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119281  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0330  TonB-dependent receptor  83.07 
 
 		 685 aa  1175    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2167  TonB-dependent receptor  80.44 
 
 		 685 aa  1129    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00521843  hitchhiker  0.00163603 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3727  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 685 aa  1393    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.36729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3798  TonB-dependent receptor  98.83 
 
 		 685 aa  1380    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3484  TonB-dependent receptor  80.58 
 
 		 685 aa  1132    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3923  TonB-dependent receptor  98.98 
 
 		 685 aa  1380    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0343  TonB-dependent receptor plug  32.61 
 
 		 686 aa  311  2e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.926534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1803  ferric vibriobactin receptor  29.48 
 
 		 687 aa  266  1e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0977  TonB-dependent siderophore receptor  30.55 
 
 		 707 aa  251  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.138127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3007  TonB-dependent siderophore receptor  29.56 
 
 		 692 aa  236  8e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0304198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1801  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 		 694 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0471088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3345  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 		 705 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3472  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 705 aa  232  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280502  normal  0.0143409 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3671  TonB-dependent receptor  29.57 
 
 		 705 aa  229  1e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2495  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 712 aa  224  4e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.237347 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2312  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 719 aa  224  6e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00576546  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2695  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 711 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.316002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3147  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 		 711 aa  222  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.116125  hitchhiker  0.00000946048 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4087  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 		 694 aa  220  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10200  putative TonB-dependent receptor protein  28.27 
 
 		 694 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.965249 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  28.51 
 
 		 694 aa  214  5.999999999999999e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7293  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 835 aa  171  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.607537  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2744  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 686 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.339912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 		 695 aa  146  1e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 700 aa  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 690 aa  142  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 733 aa  138  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 713 aa  137  7.000000000000001e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 690 aa  137  8e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 794 aa  134  5e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 764 aa  132  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  24.87 
 
 		 729 aa  132  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4253  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 713 aa  130  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.90601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 747 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 730 aa  126  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 736 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  23.95 
 
 		 726 aa  123  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 779 aa  120  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 728 aa  120  7.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 737 aa  120  9e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 730 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 758 aa  117  8.999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 720 aa  114  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  24.22 
 
 		 767 aa  114  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  25.69 
 
 		 695 aa  114  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  23.65 
 
 		 802 aa  114  8.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2064  TonB-dependent receptor  24.16 
 
 		 697 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.969634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  21.77 
 
 		 783 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  22.75 
 
 		 851 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0939  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 763 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.549215  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 853 aa  111  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 		 710 aa  110  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  22.36 
 
 		 702 aa  109  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  23.79 
 
 		 732 aa  109  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 759 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 743 aa  109  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 757 aa  108  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4145  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 737 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072691  normal  0.786094 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00767  TonB-dependent receptor  23.04 
 
 		 772 aa  108  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  22.95 
 
 		 749 aa  108  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0779  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 757 aa  107  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.756258  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0007  TonB-dependent receptor  23.1 
 
 		 641 aa  107  7e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  23.98 
 
 		 739 aa  106  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3405  outer membrane protein  23.69 
 
 		 714 aa  105  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.411389  normal  0.175669 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  22.82 
 
 		 703 aa  105  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4276  TonB-dependent receptor  21.45 
 
 		 798 aa  103  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 729 aa  103  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 803 aa  102  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1344  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 687 aa  102  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341297  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  22.59 
 
 		 722 aa  101  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  24.23 
 
 		 715 aa  101  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0231  TonB-dependent siderophore receptor  25.95 
 
 		 771 aa  101  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4085  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 685 aa  101  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.141893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1859  TonB-dependent receptor, plug  32.93 
 
 		 776 aa  101  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 736 aa  100  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0190  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 710 aa  100  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  22.68 
 
 		 773 aa  99  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 718 aa  98.6  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 753 aa  97.8  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  22.05 
 
 		 771 aa  97.8  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3403  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 731 aa  96.7  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.181941  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  21.67 
 
 		 773 aa  95.9  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 780 aa  95.5  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0393  TonB-dependent receptor  22.65 
 
 		 670 aa  94.7  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.431607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0899  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 764 aa  94.7  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00548484  normal  0.114309 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4302  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 742 aa  94  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 		 761 aa  94  8e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  22.71 
 
 		 786 aa  92.8  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  22.14 
 
 		 748 aa  93.2  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 792 aa  92.8  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  23.44 
 
 		 728 aa  93.2  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  23.21 
 
 		 790 aa  92.8  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 784 aa  92.4  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  23.16 
 
 		 790 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  23.83 
 
 		 680 aa  91.7  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 758 aa  91.3  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 766 aa  90.5  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 758 aa  90.5  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>