More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004010 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01454  hypothetical protein  72.52 
 
 		 665 aa  1009    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004010  GGDEF domain protein  100 
 
 		 667 aa  1382    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0585  hypothetical protein  46.68 
 
 		 693 aa  620  1e-176  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0321937  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 411 aa  95.9  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  34.02 
 
 		 392 aa  96.3  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  32.82 
 
 		 431 aa  90.5  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 532 aa  90.5  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  24.6 
 
 		 941 aa  90.5  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 439 aa  89  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 387 aa  88.6  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.48 
 
 		 551 aa  87.8  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 		 955 aa  87  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4832  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.8 
 
 		 708 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  37.01 
 
 		 545 aa  85.9  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 317 aa  85.9  0.000000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0065  GGDEF family protein  33.68 
 
 		 366 aa  85.1  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00648256  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2800  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.82 
 
 		 573 aa  85.5  0.000000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 386 aa  85.5  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  37.42 
 
 		 443 aa  85.1  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  34.15 
 
 		 346 aa  85.1  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 460 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35 
 
 		 571 aa  85.1  0.000000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4959  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.8 
 
 		 708 aa  84.7  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.714982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 523 aa  84.3  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 412 aa  84.3  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2216  sensory box protein  35 
 
 		 752 aa  84.3  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.25 
 
 		 752 aa  84.3  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1061  membrane associated GGDEF protein  34.44 
 
 		 413 aa  84  0.000000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.648754  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 466 aa  84  0.000000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5435  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.76 
 
 		 675 aa  84  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.620529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0509  PAS:GGDEF  33.51 
 
 		 719 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2301  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.22 
 
 		 550 aa  83.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.465662 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  34.36 
 
 		 417 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5279  RNase II stability modulator  34.12 
 
 		 666 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164085  normal  0.0978812 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  37.34 
 
 		 424 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 536 aa  83.6  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3562  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.05 
 
 		 687 aa  83.6  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.6333  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3369  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 459 aa  83.6  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  31.93 
 
 		 410 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02934  hypothetical protein  30.92 
 
 		 486 aa  82.8  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 381 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 582 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.2 
 
 		 663 aa  83.2  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2206  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.62 
 
 		 752 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0281501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 527 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  32.81 
 
 		 411 aa  82  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 714 aa  82  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.14 
 
 		 442 aa  82  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  33.97 
 
 		 455 aa  82  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  33.99 
 
 		 448 aa  82  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.62 
 
 		 752 aa  82  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.245361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 288 aa  82  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 577 aa  81.6  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 332 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 532 aa  81.6  0.00000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.41 
 
 		 775 aa  81.6  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4523  diguanylate cyclase  38.56 
 
 		 532 aa  81.6  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.646592 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  32.98 
 
 		 719 aa  81.3  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0410  sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  33.12 
 
 		 335 aa  81.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.294866  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2064  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 335 aa  81.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.325381  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  35 
 
 		 364 aa  81.3  0.00000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  29.41 
 
 		 432 aa  81.3  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  33.33 
 
 		 413 aa  81.3  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 398 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 510 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 510 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  33.12 
 
 		 385 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 510 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 393 aa  80.9  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 398 aa  80.9  0.00000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.12 
 
 		 1438 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 544 aa  80.9  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1324  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.69 
 
 		 437 aa  80.5  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.799769  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 506 aa  80.5  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1091  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 653 aa  80.9  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00555182 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  35 
 
 		 502 aa  80.5  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  35 
 
 		 502 aa  80.5  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.42 
 
 		 535 aa  80.5  0.00000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  37.82 
 
 		 454 aa  80.5  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  31.56 
 
 		 506 aa  80.5  0.00000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.8 
 
 		 715 aa  80.5  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  35 
 
 		 502 aa  80.5  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  31.89 
 
 		 874 aa  79.7  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000284  putative two-component response regulator and GGDEF family protein YeaJ  32.24 
 
 		 453 aa  80.1  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46829  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 357 aa  80.1  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 492 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  30.27 
 
 		 394 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 555 aa  80.1  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  35.02 
 
 		 396 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 396 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06931  hypothetical protein  31.46 
 
 		 363 aa  80.5  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.38 
 
 		 749 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.37 
 
 		 668 aa  80.1  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 353 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  35.03 
 
 		 689 aa  80.1  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 278 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 523 aa  80.5  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0375  hypothetical protein  33.54 
 
 		 972 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 473 aa  79.3  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>