More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000284 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000284  putative two-component response regulator and GGDEF family protein YeaJ  100 
 
 		 453 aa  929    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46829  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1061  membrane associated GGDEF protein  32.94 
 
 		 413 aa  180  4e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.648754  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2758  GGDEF family protein  31.32 
 
 		 467 aa  150  5e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1732  diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 468 aa  141  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000238879  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1775  diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 468 aa  141  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.319637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2543  diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 473 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000111562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 491 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 490 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 357 aa  111  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 485 aa  111  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2339  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 307 aa  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 382 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 650 aa  108  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1898  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 300 aa  108  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.693267 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 485 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 486 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 486 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 486 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 486 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40.79 
 
 		 485 aa  107  6e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  34.36 
 
 		 264 aa  106  7e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1022  GGDEF domain-containing protein  34.36 
 
 		 264 aa  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.219718  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 486 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 405 aa  106  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 524 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 459 aa  105  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 357 aa  105  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1257  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  42.36 
 
 		 1203 aa  104  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.8 
 
 		 410 aa  104  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 430 aa  103  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 469 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 362 aa  103  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  36.97 
 
 		 410 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.97 
 
 		 410 aa  102  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.12 
 
 		 748 aa  102  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 258 aa  102  1e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.47 
 
 		 485 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 794 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  36.97 
 
 		 410 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 775 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 443 aa  102  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 382 aa  102  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 407 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 430 aa  102  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 263 aa  102  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 532 aa  102  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  36.81 
 
 		 529 aa  102  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 430 aa  102  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 430 aa  102  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 430 aa  102  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.02 
 
 		 772 aa  102  2e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 485 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 536 aa  101  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 347 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 366 aa  100  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  33.33 
 
 		 448 aa  100  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 571 aa  100  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 385 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  38 
 
 		 408 aa  100  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 385 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 523 aa  100  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 278 aa  100  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 385 aa  99.8  8e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  36.91 
 
 		 353 aa  99.8  9e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 380 aa  99.8  9e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  29.55 
 
 		 402 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 583 aa  99.4  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 392 aa  99.8  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2458  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 351 aa  99.4  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0038225 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  34.87 
 
 		 435 aa  99.4  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 322 aa  99.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04010  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 556 aa  99  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000479519  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 321 aa  99  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 353 aa  99.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 373 aa  99.4  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  38.37 
 
 		 318 aa  98.6  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 485 aa  98.6  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 422 aa  98.6  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 454 aa  98.6  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 469 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 527 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.9 
 
 		 416 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 628 aa  98.2  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 345 aa  98.6  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  40 
 
 		 586 aa  99  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 381 aa  98.6  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0705  diguanylate cyclase  31.38 
 
 		 311 aa  98.6  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  31.98 
 
 		 377 aa  98.2  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 343 aa  97.8  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 615 aa  98.2  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 570 aa  97.8  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 409 aa  98.2  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 202 aa  97.8  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 620 aa  97.8  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 378 aa  97.8  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  38.93 
 
 		 492 aa  97.8  3e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 401 aa  97.8  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  31.93 
 
 		 565 aa  97.8  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>