More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2543 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2758  GGDEF family protein  74.73 
 
 		 467 aa  692    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2543  diguanylate cyclase  100 
 
 		 473 aa  979    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000111562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1775  diguanylate cyclase  66.3 
 
 		 468 aa  625  1e-178  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.319637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1732  diguanylate cyclase  66.09 
 
 		 468 aa  624  1e-177  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000238879  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1061  membrane associated GGDEF protein  28.94 
 
 		 413 aa  146  7.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.648754  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000284  putative two-component response regulator and GGDEF family protein YeaJ  29.51 
 
 		 453 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46829  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 378 aa  102  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 384 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 384 aa  101  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  34.06 
 
 		 490 aa  102  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  31.4 
 
 		 430 aa  101  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  34.21 
 
 		 577 aa  100  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  30.8 
 
 		 430 aa  99  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 524 aa  98.2  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1586  diguanylate cyclase  31.85 
 
 		 491 aa  97.4  5e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 490 aa  97.1  6e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3654  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 473 aa  97.1  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271139  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 532 aa  96.7  8e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 491 aa  95.9  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.97 
 
 		 791 aa  95.9  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 568 aa  95.5  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  34.1 
 
 		 430 aa  95.1  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  34.1 
 
 		 430 aa  95.1  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  34.1 
 
 		 431 aa  95.1  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  34.1 
 
 		 431 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00420  GGDEF domain protein  34.84 
 
 		 464 aa  94.7  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  34.1 
 
 		 430 aa  95.1  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  34.1 
 
 		 431 aa  95.1  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 532 aa  94.4  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  34.1 
 
 		 431 aa  94.4  4e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 347 aa  94  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 460 aa  94  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 460 aa  94  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 460 aa  94  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  31.58 
 
 		 347 aa  94  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 460 aa  94  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 460 aa  94  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 460 aa  94  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 526 aa  92.8  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 300 aa  92.4  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 430 aa  92  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0645  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 357 aa  91.7  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.588566 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  32.42 
 
 		 349 aa  91.3  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  29.87 
 
 		 490 aa  91.3  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  31.58 
 
 		 353 aa  90.9  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  36 
 
 		 544 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1344  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 465 aa  91.3  4e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.549291  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 378 aa  91.3  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 458 aa  90.9  5e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  32.03 
 
 		 455 aa  90.5  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 490 aa  90.5  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  30.9 
 
 		 345 aa  90.1  8e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  31.19 
 
 		 327 aa  90.1  8e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 381 aa  90.1  8e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 642 aa  89.7  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  37.01 
 
 		 385 aa  89.7  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 557 aa  89.7  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1570  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 516 aa  89.7  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 472 aa  89.4  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 470 aa  89.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.96 
 
 		 482 aa  89.7  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 340 aa  89.7  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  33.73 
 
 		 320 aa  88.6  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  37.1 
 
 		 634 aa  89  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 523 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.58 
 
 		 564 aa  88.6  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0267  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.44 
 
 		 500 aa  88.2  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0141639 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  32.63 
 
 		 533 aa  88.2  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1694  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 431 aa  88.2  3e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0716  diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 619 aa  88.2  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 487 aa  88.2  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 368 aa  88.2  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 523 aa  88.2  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 388 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 431 aa  88.2  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 353 aa  88.2  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 354 aa  87.8  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 794 aa  87.8  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  28.5 
 
 		 626 aa  87.8  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  31.61 
 
 		 335 aa  87.8  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 570 aa  87.8  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 650 aa  87.8  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 571 aa  87.8  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 382 aa  87.8  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.78 
 
 		 634 aa  87.4  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  31 
 
 		 350 aa  87.4  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  34 
 
 		 526 aa  87.4  5e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  33.53 
 
 		 435 aa  87.4  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.36 
 
 		 748 aa  87.4  5e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 342 aa  87.4  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  29.21 
 
 		 443 aa  87.4  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  31.08 
 
 		 533 aa  87  6e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 632 aa  87  7e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  30.21 
 
 		 439 aa  87  7e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 350 aa  87  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.02 
 
 		 469 aa  87  7e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 361 aa  86.7  8e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0726  diguanylate cyclase  36 
 
 		 236 aa  86.7  8e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.914342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0502  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 526 aa  86.7  8e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000144422  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  37.41 
 
 		 404 aa  86.7  9e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>