More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1344 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_1344  diguanylate cyclase  100 
 
 		 465 aa  901    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.549291  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0069  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 534 aa  286  7e-76  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.222303  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0853  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 491 aa  260  4e-68  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1189  diguanylate cyclase  27.12 
 
 		 510 aa  114  4.0000000000000004e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.906384  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  26.55 
 
 		 443 aa  110  6e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  26.8 
 
 		 379 aa  99.4  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0621  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 439 aa  95.9  1e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 490 aa  95.1  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 994 aa  95.1  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0541  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 285 aa  94.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.750858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1586  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 491 aa  94.7  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0884  diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 285 aa  94.4  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.576242  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.94 
 
 		 769 aa  92  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  26.97 
 
 		 357 aa  91.3  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2355  hypothetical protein  32.3 
 
 		 293 aa  90.5  6e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2543  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 473 aa  90.5  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000111562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000284  putative two-component response regulator and GGDEF family protein YeaJ  30.06 
 
 		 453 aa  90.1  8e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46829  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1675  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.1 
 
 		 528 aa  90.1  8e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0524  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 285 aa  89.7  9e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  29.31 
 
 		 388 aa  89.7  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.23 
 
 		 809 aa  89.7  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2828  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 400 aa  89  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.238138  normal  0.24996 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3822  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 403 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0015  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.36 
 
 		 847 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2092  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.12 
 
 		 545 aa  88.2  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.403433  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0530  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 558 aa  87.4  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000155935  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  29.22 
 
 		 753 aa  87.4  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 490 aa  87.4  5e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3237  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 286 aa  87  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0493  membrane associated GGDEF protein  38.85 
 
 		 260 aa  87  6e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2374  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  26.46 
 
 		 693 aa  86.7  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185954  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04010  diguanylate cyclase  26.11 
 
 		 556 aa  87  7e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000479519  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.46 
 
 		 693 aa  87  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000343207  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1658  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  26.46 
 
 		 693 aa  86.7  7e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000881395  normal  0.485091 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 227 aa  86.7  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2173  hypothetical protein, GGDEF domain  39.2 
 
 		 377 aa  86.7  8e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0028  diguanylate cyclase  29.59 
 
 		 434 aa  86.7  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.93 
 
 		 638 aa  86.7  9e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  32.97 
 
 		 768 aa  85.9  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  32.97 
 
 		 768 aa  86.3  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4113  diguanylate cyclase  27.67 
 
 		 349 aa  85.9  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0357706 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  26.84 
 
 		 385 aa  86.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 423 aa  85.9  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1776  diguanylate cyclase with GAF sensor  36 
 
 		 547 aa  85.1  0.000000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3234  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.31 
 
 		 888 aa  85.5  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.301142  normal  0.0507788 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3223  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 343 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  28.5 
 
 		 249 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.25 
 
 		 817 aa  85.5  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  28.65 
 
 		 1121 aa  85.9  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.37 
 
 		 1338 aa  85.5  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.7 
 
 		 877 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0595  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.83 
 
 		 752 aa  84.7  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.1 
 
 		 643 aa  84.7  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  29.73 
 
 		 811 aa  84.7  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.2 
 
 		 665 aa  84.7  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.1 
 
 		 643 aa  84.7  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  27.44 
 
 		 823 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1962  diguanylate cyclase  43.52 
 
 		 429 aa  84.3  0.000000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00143037  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.01 
 
 		 416 aa  84.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1602  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.03 
 
 		 418 aa  84.3  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01755  predicted diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 496 aa  84  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1073  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 278 aa  84  0.000000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1872  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 496 aa  84  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.320559  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  27.55 
 
 		 818 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1846  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 496 aa  84  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0897436 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  25.95 
 
 		 385 aa  84  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01743  hypothetical protein  35.88 
 
 		 496 aa  84  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1856  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 496 aa  83.6  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.26898  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1405  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 496 aa  84  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.856707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.87 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 423 aa  84  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  27.85 
 
 		 342 aa  84  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.57 
 
 		 880 aa  83.6  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2010  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 496 aa  83.6  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446069  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  27.85 
 
 		 382 aa  83.6  0.000000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.66 
 
 		 577 aa  83.6  0.000000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4688  diguanylate cyclase  27.13 
 
 		 338 aa  83.6  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.104473 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2678  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.16 
 
 		 515 aa  83.6  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3611  diguanylate cyclase  27.13 
 
 		 338 aa  83.6  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0985  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.74 
 
 		 704 aa  83.6  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000494124  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1021  diguanylate cyclase  32.3 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000548579  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.57 
 
 		 860 aa  83.6  0.000000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  30.25 
 
 		 361 aa  83.2  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3340  diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 422 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5027  diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 422 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.750126  normal  0.244127 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2203  PAS:GGDEF  32.79 
 
 		 673 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.239318  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  26.55 
 
 		 1129 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  24.9 
 
 		 460 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2038  ggdef domain protein  35.11 
 
 		 198 aa  82.4  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1539  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.54 
 
 		 681 aa  82.8  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0594257 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0011  putative PAS/PAC sensor protein  29.63 
 
 		 526 aa  82.8  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.140902  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  26.57 
 
 		 433 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.99 
 
 		 979 aa  82  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2031  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.22 
 
 		 569 aa  82  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.538954  normal  0.171579 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  27.6 
 
 		 325 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 423 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2120  signaling protein  27.06 
 
 		 351 aa  82  0.00000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  25 
 
 		 466 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.85 
 
 		 771 aa  82  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>