More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II1061 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II1061  membrane associated GGDEF protein  100 
 
 		 413 aa  824    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.648754  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000284  putative two-component response regulator and GGDEF family protein YeaJ  32.94 
 
 		 453 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46829  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2543  diguanylate cyclase  29.19 
 
 		 473 aa  146  5e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000111562  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2758  GGDEF family protein  32.81 
 
 		 467 aa  139  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1775  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 468 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.319637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1732  diguanylate cyclase  30.2 
 
 		 468 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000238879  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1893  ggdef domain protein  29.18 
 
 		 497 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  27.51 
 
 		 353 aa  103  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1392  ggdef domain protein  29.41 
 
 		 497 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023922 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1409  ggdef domain-containing protein  29.18 
 
 		 497 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.280387 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2073  ggdef domain-containing protein  28.29 
 
 		 497 aa  99.8  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.986087  hitchhiker  0.000116677 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1375  ggdef domain protein  28.62 
 
 		 497 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.789677  normal  0.584294 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2581  hypothetical protein  32.58 
 
 		 371 aa  97.8  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 409 aa  97.1  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  31.58 
 
 		 973 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.34 
 
 		 958 aa  94.7  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1324  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  29.38 
 
 		 437 aa  94.7  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.799769  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.58 
 
 		 818 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2708  hypothetical protein  32.13 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  30.26 
 
 		 264 aa  94  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  30.35 
 
 		 263 aa  94  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04010  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 556 aa  93.2  8e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000479519  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.65 
 
 		 818 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  24.03 
 
 		 384 aa  92.8  9e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 536 aa  92.4  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 686 aa  91.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01755  predicted diguanylate cyclase  24.43 
 
 		 496 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.82 
 
 		 818 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01743  hypothetical protein  24.43 
 
 		 496 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1846  diguanylate cyclase  24.43 
 
 		 496 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0897436 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1872  diguanylate cyclase  24.43 
 
 		 496 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.320559  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1405  diguanylate cyclase  24.43 
 
 		 496 aa  90.5  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.856707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 516 aa  90.9  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2510  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  24.43 
 
 		 496 aa  90.5  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.291593  normal  0.751069 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3408  GGDEF family protein  34.97 
 
 		 449 aa  90.5  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1856  diguanylate cyclase  24.43 
 
 		 496 aa  90.5  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.26898  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 628 aa  90.5  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  31.35 
 
 		 490 aa  90.5  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 547 aa  90.5  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2010  diguanylate cyclase  24.43 
 
 		 496 aa  90.5  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446069  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  29.26 
 
 		 371 aa  90.1  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 357 aa  90.1  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 775 aa  90.1  6e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  29.26 
 
 		 371 aa  90.1  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  29.26 
 
 		 366 aa  90.1  7e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.52 
 
 		 570 aa  89.7  7e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0579  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 315 aa  89.7  9e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  35.4 
 
 		 668 aa  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 349 aa  89.4  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2224  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.67 
 
 		 820 aa  89.4  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.387705 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.13 
 
 		 1504 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 517 aa  89  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1022  GGDEF domain-containing protein  30.81 
 
 		 264 aa  89  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.219718  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.13 
 
 		 1505 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  29.26 
 
 		 371 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  29.26 
 
 		 371 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.14 
 
 		 578 aa  88.6  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  29.26 
 
 		 371 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2695  hypothetical protein  33.53 
 
 		 835 aa  88.2  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  29.26 
 
 		 371 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  29.26 
 
 		 371 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 411 aa  88.2  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  31.84 
 
 		 458 aa  88.6  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.8 
 
 		 860 aa  88.6  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.24 
 
 		 817 aa  88.2  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0689  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 413 aa  88.6  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.427043  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  30.26 
 
 		 370 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.13 
 
 		 1504 aa  89  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  29.51 
 
 		 392 aa  88.6  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1583  GGDEF domain-containing protein  28.83 
 
 		 472 aa  87.8  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.23 
 
 		 448 aa  88.2  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  35.57 
 
 		 308 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0069  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 534 aa  87.8  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.222303  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  29.26 
 
 		 371 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  28.99 
 
 		 818 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 568 aa  87.8  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 524 aa  87.4  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  26.5 
 
 		 385 aa  87.4  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  29.82 
 
 		 370 aa  87.8  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  29.82 
 
 		 370 aa  87.4  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.87 
 
 		 332 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 821 aa  87.8  4e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.25 
 
 		 332 aa  87  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  29.82 
 
 		 370 aa  87  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  30.82 
 
 		 568 aa  87  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  29.82 
 
 		 370 aa  87.4  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  29.28 
 
 		 490 aa  87  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3776  diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 288 aa  87  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.369059  normal  0.505117 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 636 aa  87  5e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  32.53 
 
 		 1515 aa  87  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.25 
 
 		 332 aa  87  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.52 
 
 		 820 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  28.72 
 
 		 417 aa  87  6e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  30.18 
 
 		 823 aa  87  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  34.9 
 
 		 308 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  28.72 
 
 		 417 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0688  diguanylate cyclase  29.33 
 
 		 363 aa  86.7  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106369  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 361 aa  86.7  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  26.74 
 
 		 393 aa  86.7  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 430 aa  86.3  8e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>