More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2758 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2758  GGDEF family protein  100 
 
 		 467 aa  958    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2543  diguanylate cyclase  74.73 
 
 		 473 aa  709    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000111562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1775  diguanylate cyclase  63.91 
 
 		 468 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.319637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1732  diguanylate cyclase  63.7 
 
 		 468 aa  610  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000238879  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000284  putative two-component response regulator and GGDEF family protein YeaJ  31.32 
 
 		 453 aa  150  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46829  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1061  membrane associated GGDEF protein  32.81 
 
 		 413 aa  139  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.648754  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 490 aa  108  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 491 aa  99  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 524 aa  97.8  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 568 aa  97.1  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 368 aa  97.1  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  30.34 
 
 		 490 aa  97.1  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 570 aa  96.7  8e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3654  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 473 aa  95.9  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271139  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 490 aa  95.5  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  32.56 
 
 		 430 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  32.14 
 
 		 353 aa  95.1  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 366 aa  94.7  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  29.53 
 
 		 615 aa  94.7  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  31.5 
 
 		 430 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  30.85 
 
 		 413 aa  94.4  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 384 aa  94  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 384 aa  94  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 378 aa  94  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 342 aa  93.2  8e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 505 aa  93.2  9e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  29.95 
 
 		 555 aa  93.2  9e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 490 aa  92.8  1e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  32.76 
 
 		 721 aa  92.4  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1589  diguanylate cyclase  29.28 
 
 		 538 aa  92.4  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  30.53 
 
 		 577 aa  92.4  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1586  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 491 aa  91.7  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  31.55 
 
 		 333 aa  92  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 342 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  33.91 
 
 		 422 aa  91.7  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 342 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.73 
 
 		 791 aa  92.4  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  29.02 
 
 		 349 aa  92  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 488 aa  91.7  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 642 aa  92.4  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 464 aa  92  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.22 
 
 		 564 aa  92  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  29.69 
 
 		 485 aa  91.7  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  29.9 
 
 		 371 aa  91.3  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 342 aa  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 354 aa  91.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  28.78 
 
 		 364 aa  90.9  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  33.53 
 
 		 435 aa  90.9  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 308 aa  90.9  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 308 aa  90.9  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 308 aa  90.9  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 513 aa  90.9  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1153  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 299 aa  90.5  5e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00439515  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  28.99 
 
 		 604 aa  90.5  5e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 449 aa  90.5  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 430 aa  90.5  6e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 651 aa  90.5  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 320 aa  90.1  7e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  35.29 
 
 		 568 aa  90.1  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  36.29 
 
 		 949 aa  90.1  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 388 aa  90.1  8e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 342 aa  90.1  8e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  38.13 
 
 		 404 aa  90.1  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  29.31 
 
 		 351 aa  89.7  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2984  GGDEF domain-containing protein  29.44 
 
 		 483 aa  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.301535 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 545 aa  89.7  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  32 
 
 		 533 aa  89.4  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 544 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 768 aa  89  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 632 aa  89.7  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 327 aa  89.4  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  34.5 
 
 		 451 aa  89.7  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  27.88 
 
 		 526 aa  89.4  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 304 aa  89  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 351 aa  89  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2580  GGDEF domain-containing protein  31.82 
 
 		 1774 aa  89  2e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  29.89 
 
 		 319 aa  89  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0912  hypothetical protein  31.22 
 
 		 377 aa  88.6  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  31.16 
 
 		 388 aa  88.6  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 342 aa  89  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.95 
 
 		 332 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  28.37 
 
 		 526 aa  88.2  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  33.56 
 
 		 482 aa  88.2  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  33.56 
 
 		 482 aa  88.2  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00420  GGDEF domain protein  32.93 
 
 		 464 aa  87.8  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 345 aa  87.8  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 523 aa  87.8  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  29.76 
 
 		 430 aa  87.8  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  29.76 
 
 		 431 aa  87.8  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  29.76 
 
 		 431 aa  87.8  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 532 aa  87.4  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  29.76 
 
 		 430 aa  87.8  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  30.36 
 
 		 487 aa  87.4  4e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0510  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.05 
 
 		 765 aa  87.8  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226401  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  29.76 
 
 		 431 aa  87.8  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  29.76 
 
 		 430 aa  87.8  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  34.4 
 
 		 636 aa  87.4  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  36 
 
 		 322 aa  87.8  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  29.76 
 
 		 431 aa  87.4  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 432 aa  87.4  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>