More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06931 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06931  hypothetical protein  100 
 
 
363 aa  747    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000932  GGDEF family protein  56.63 
 
 
365 aa  410  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0065  GGDEF family protein  41.19 
 
 
366 aa  265  1e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00648256  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  40.53 
 
 
555 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.18 
 
 
703 aa  113  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3334  diguanylate cyclase  41.71 
 
 
321 aa  108  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798372  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.56 
 
 
714 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0317  GGDEF family protein  42.38 
 
 
481 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.27 
 
 
784 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3585  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.25 
 
 
701 aa  107  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0257  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.22 
 
 
703 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.68 
 
 
748 aa  107  5e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2290  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.58 
 
 
975 aa  106  6e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.45 
 
 
826 aa  106  6e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.61 
 
 
1508 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.16 
 
 
780 aa  105  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.61 
 
 
1508 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.61 
 
 
1508 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.61 
 
 
1508 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.97 
 
 
685 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.47 
 
 
328 aa  104  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.647593 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1500  sensory box protein  38.41 
 
 
998 aa  105  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.41 
 
 
1018 aa  104  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.93 
 
 
614 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2929  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.07 
 
 
1009 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00494  sensory box protein  41.06 
 
 
720 aa  104  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1839  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.56 
 
 
763 aa  104  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.338108 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0693  diguanylate cyclase  42 
 
 
389 aa  103  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.21 
 
 
739 aa  103  4e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2825  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.62 
 
 
651 aa  103  6e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0147323 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.31 
 
 
1511 aa  103  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.31 
 
 
1505 aa  103  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.31 
 
 
1504 aa  103  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.18 
 
 
706 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.996105  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  37.89 
 
 
215 aa  102  1e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  39.19 
 
 
577 aa  102  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1763  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.49 
 
 
310 aa  102  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.816449  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.15 
 
 
793 aa  102  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8066  hypothetical protein  32.14 
 
 
314 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0556463  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2753  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.75 
 
 
1009 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.31 
 
 
1504 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.75 
 
 
1009 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2183  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.63 
 
 
336 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00645275 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.22 
 
 
1486 aa  102  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.87 
 
 
706 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.71 
 
 
568 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  38.31 
 
 
1515 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.07 
 
 
1015 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.595031 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  30.77 
 
 
557 aa  101  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.07 
 
 
1015 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.63 
 
 
698 aa  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.595122  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.07 
 
 
1015 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  39.86 
 
 
506 aa  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3748  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.87 
 
 
706 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.52 
 
 
706 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3580  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.13 
 
 
873 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1650  sensory box protein  39.38 
 
 
819 aa  100  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00487383  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.18 
 
 
706 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.10557 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1232  diguanylate cyclase  36.78 
 
 
726 aa  100  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17145  normal  0.473143 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.07 
 
 
1015 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03720  sensory box GGDEF domain-containing protein  36.84 
 
 
760 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164821 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.18 
 
 
706 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6140  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.56 
 
 
705 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0593107  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4136  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.18 
 
 
706 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  35.39 
 
 
604 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  39.47 
 
 
629 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2216  sensory box protein  38.04 
 
 
752 aa  100  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0376  hypothetical protein  36.84 
 
 
760 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.523743  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3954  PAS:GGDEF:hemerythrin HHE cation binding region  39.47 
 
 
667 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.567366  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.65 
 
 
749 aa  100  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0985  sensory box protein  39.35 
 
 
976 aa  100  5e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.928504  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3445  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.77 
 
 
1094 aa  100  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.56 
 
 
607 aa  100  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1918  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.73 
 
 
520 aa  100  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.23924  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2447  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.95 
 
 
409 aa  99.8  6e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4552  sensory box protein  39.87 
 
 
705 aa  99.8  6e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.66 
 
 
652 aa  99.8  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  37.27 
 
 
292 aa  99.8  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.05 
 
 
713 aa  99.8  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.66 
 
 
652 aa  99.8  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1138  GGDEF/EAL domain-containing protein  39.51 
 
 
637 aa  99.4  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  35.39 
 
 
735 aa  99.4  8e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  37.58 
 
 
673 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  29.47 
 
 
1141 aa  99.4  8e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0220  diguanylate cyclase  31.84 
 
 
495 aa  99.4  9e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.87 
 
 
706 aa  99  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2593  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.74 
 
 
1436 aa  98.6  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  35.39 
 
 
892 aa  99  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.97 
 
 
749 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.19 
 
 
1064 aa  99  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38 
 
 
917 aa  99  1e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1560  diguanylate cyclase  37.89 
 
 
288 aa  99  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3408  GGDEF family protein  37.58 
 
 
449 aa  98.6  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  35.39 
 
 
892 aa  98.2  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  35.39 
 
 
892 aa  98.2  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  35.39 
 
 
892 aa  98.2  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05220  diguanylate cyclase  35.39 
 
 
501 aa  98.2  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.141837  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  37.82 
 
 
882 aa  98.2  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.06 
 
 
876 aa  98.2  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  38.56 
 
 
601 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>