More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_01454 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01454  hypothetical protein  100 
 
 		 665 aa  1366    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004010  GGDEF domain protein  73.16 
 
 		 667 aa  993    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0585  hypothetical protein  47.7 
 
 		 693 aa  627  1e-178  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0321937  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  27 
 
 		 941 aa  97.1  9e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  32.67 
 
 		 431 aa  95.5  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 		 955 aa  94.7  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0065  GGDEF family protein  38.51 
 
 		 366 aa  93.6  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00648256  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 545 aa  93.6  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 314 aa  92.4  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 432 aa  92.4  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  32.8 
 
 		 392 aa  91.3  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05442  hypothetical protein  34.55 
 
 		 539 aa  90.9  6e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  36.36 
 
 		 448 aa  90.1  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 526 aa  87.8  5e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  31.58 
 
 		 874 aa  87.8  6e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 632 aa  87.8  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 532 aa  87.8  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5435  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.53 
 
 		 675 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.620529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  38.04 
 
 		 339 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2389  hypothetical protein  36.48 
 
 		 741 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 432 aa  86.7  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 298 aa  85.9  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1354  GGDEF family protein  37.43 
 
 		 368 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 411 aa  85.9  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  33.12 
 
 		 1477 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3182  GGDEF domain-containing protein  38.31 
 
 		 754 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 524 aa  85.5  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.26 
 
 		 775 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 325 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 550 aa  85.1  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0375  hypothetical protein  35.8 
 
 		 972 aa  84.7  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 440 aa  84.3  0.000000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.48 
 
 		 742 aa  84.3  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0024682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 386 aa  84.3  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.66 
 
 		 775 aa  84  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0881  diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 376 aa  84.3  0.000000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000228326  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 578 aa  84  0.000000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 612 aa  84  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  31.96 
 
 		 325 aa  84  0.000000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00408  sensory transduction protein kinase  37.67 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.18 
 
 		 775 aa  84  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472335  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 325 aa  84  0.000000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0250  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.42 
 
 		 972 aa  84  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.641006  normal  0.187635 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  32.47 
 
 		 325 aa  84  0.000000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 317 aa  83.6  0.00000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 392 aa  83.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3369  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 459 aa  83.6  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.81 
 
 		 749 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 332 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  33.76 
 
 		 457 aa  83.2  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1917  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.3 
 
 		 1028 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 536 aa  83.6  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 373 aa  83.6  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.17 
 
 		 308 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.26 
 
 		 800 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 562 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2164  sensory box protein  36.77 
 
 		 1431 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.357073  normal  0.611751 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 436 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 532 aa  82.4  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.42 
 
 		 972 aa  82.4  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 439 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  33.13 
 
 		 364 aa  82  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2035  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.36 
 
 		 468 aa  82  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.256574  normal  0.0433379 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  30.35 
 
 		 392 aa  82.4  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  35.03 
 
 		 457 aa  82  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.5 
 
 		 587 aa  82  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2296  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.81 
 
 		 749 aa  82  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00930711  normal  0.870348 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.81 
 
 		 749 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4570  hypothetical protein  34.81 
 
 		 749 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05845  hypothetical protein  34.72 
 
 		 638 aa  81.6  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  34.39 
 
 		 457 aa  81.6  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 420 aa  81.6  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.17 
 
 		 442 aa  81.6  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  33.97 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0619  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.76 
 
 		 574 aa  81.6  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3562  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.16 
 
 		 687 aa  81.6  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.6333  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.81 
 
 		 752 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2206  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.81 
 
 		 752 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0281501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.81 
 
 		 749 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 454 aa  81.6  0.00000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1464  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.18 
 
 		 1433 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000600207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 544 aa  81.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1744  metal-binding diguanylate cyclase domain-containing protein  36.25 
 
 		 368 aa  81.3  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  33.53 
 
 		 413 aa  81.3  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0513  GGDEF domain-containing protein  32.72 
 
 		 426 aa  81.3  0.00000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.55 
 
 		 551 aa  81.3  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 577 aa  81.3  0.00000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.1 
 
 		 1014 aa  81.3  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.553063 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 466 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 523 aa  81.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0870  GGDEF  32.52 
 
 		 397 aa  81.3  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.534122 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02934  hypothetical protein  29.61 
 
 		 486 aa  81.3  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2015  diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 249 aa  81.3  0.00000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  35.9 
 
 		 435 aa  81.3  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 506 aa  80.9  0.00000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 460 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0270  diguanylate cyclase  29.74 
 
 		 408 aa  80.9  0.00000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.4 
 
 		 571 aa  80.9  0.00000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>