99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2300 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2300  glycoside hydrolase family 28  100 
 
 		 455 aa  945    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2391  glycoside hydrolase family 28  39.14 
 
 		 470 aa  316  5e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880928  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4256  glycoside hydrolase family protein  42.86 
 
 		 475 aa  307  3e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4285  glycoside hydrolase family protein  39.81 
 
 		 543 aa  300  4e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  43.49 
 
 		 865 aa  291  2e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0953  glycoside hydrolase family protein  44.57 
 
 		 463 aa  287  2.9999999999999996e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.161663  hitchhiker  0.000000205432 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0483  glycoside hydrolase family protein  38.24 
 
 		 446 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0498  glycoside hydrolase family protein  37.68 
 
 		 446 aa  259  7e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.446578  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2818  glycoside hydrolase family 28  38.7 
 
 		 542 aa  250  4e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4088  glycoside hydrolase family protein  36.34 
 
 		 522 aa  245  9.999999999999999e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.59776  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4247  glycoside hydrolase family protein  36.98 
 
 		 448 aa  236  5.0000000000000005e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.783037  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1253  glycoside hydrolase family 28  33.03 
 
 		 544 aa  229  9e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.80507  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0610  glycoside hydrolase family 28  34.84 
 
 		 528 aa  215  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.826253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2380  Galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  35.07 
 
 		 447 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1158  glycoside hydrolase family 28  34.07 
 
 		 554 aa  210  5e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4115  glycoside hydrolase family protein  29.3 
 
 		 560 aa  204  2e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4784  glycoside hydrolase family 28  32.17 
 
 		 551 aa  201  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.821545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5903  glycoside hydrolase family 28  31.63 
 
 		 521 aa  199  7e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.672596 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29200  endopolygalacturonase  34.3 
 
 		 431 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5506  lipolytic protein G-D-S-L family  31.01 
 
 		 727 aa  195  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00398864  hitchhiker  0.00322716 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2567  glycoside hydrolase family protein  32.31 
 
 		 474 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4790  glycoside hydrolase family 28  34.58 
 
 		 541 aa  185  2.0000000000000003e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0680897  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3221  glycoside hydrolase family protein  31.77 
 
 		 665 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.301284  normal  0.0580699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4858  glycoside hydrolase family 28  32.88 
 
 		 671 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0653045  normal  0.492882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4603  glycoside hydrolase family protein  31.34 
 
 		 665 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.039982  hitchhiker  0.000685896 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4904  glycoside hydrolase family protein  31.06 
 
 		 665 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.399094 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5453  glycoside hydrolase family protein  31.34 
 
 		 664 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.34591 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0230  glycoside hydrolase family protein  30.05 
 
 		 462 aa  171  2e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2532  glycoside hydrolase family 28  34 
 
 		 459 aa  165  2.0000000000000002e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0833  polygalacturonase transmembrane protein  30.9 
 
 		 680 aa  155  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00798361 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0700  glycoside hydrolase family 28  30 
 
 		 509 aa  146  8.000000000000001e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2736  glycoside hydrolase family protein  31.65 
 
 		 518 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.835022  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3115  glycoside hydrolase family protein  29.53 
 
 		 509 aa  139  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3334  galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  28.19 
 
 		 478 aa  137  4e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473143  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46668  predicted protein  28.32 
 
 		 451 aa  135  9.999999999999999e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.000812304  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3217  glycoside hydrolase family protein  30.85 
 
 		 491 aa  133  5e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1710  glycoside hydrolase family 28  29.17 
 
 		 518 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.190203  hitchhiker  0.00186796 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6953  glycoside hydrolase family 28  28.23 
 
 		 390 aa  131  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1579  glycoside hydrolase family 28  26.82 
 
 		 492 aa  130  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0814382 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3030  glycoside hydrolase family 28  31.39 
 
 		 467 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2115  glycoside hydrolase family protein  29.95 
 
 		 460 aa  128  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1569  glycoside hydrolase family 28  28.06 
 
 		 443 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2457  glycoside hydrolase family 28  28.81 
 
 		 508 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140372  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2888  glycoside hydrolase family 28  30.79 
 
 		 530 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5374  glycoside hydrolase family 28  29.8 
 
 		 442 aa  127  6e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.558216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0972  glycoside hydrolase family 28  28.57 
 
 		 448 aa  124  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.367864  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4228  glycoside hydrolase family protein  27.09 
 
 		 442 aa  122  9e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0824  glycoside hydrolase family 28  26.81 
 
 		 444 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1529  glycoside hydrolase family 28  25.46 
 
 		 442 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.604094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3371  glycoside hydrolase family 28  26.43 
 
 		 444 aa  117  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3977  glycoside hydrolase family 28  27.74 
 
 		 543 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.722531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1092  glycoside hydrolase family 28  32.77 
 
 		 460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3223  glycoside hydrolase family 28  32.38 
 
 		 460 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.362624  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3113  glycoside hydrolase family 28  27.54 
 
 		 524 aa  114  5e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00001805  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2125  glycoside hydrolase family 28  25.33 
 
 		 437 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5359  putative polygalacturonase protein  26.51 
 
 		 454 aa  102  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.071082  normal  0.281824 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0717  glycoside hydrolase family 28  29.02 
 
 		 559 aa  94  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1884  glycoside hydrolase family protein  24.34 
 
 		 606 aa  93.6  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3114  glycoside hydrolase family protein  24.76 
 
 		 479 aa  92.8  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1581  glycoside hydrolase family 28  24.46 
 
 		 489 aa  91.7  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0871574 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5079  Parallel beta-helix repeat protein  24.58 
 
 		 454 aa  91.3  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416725  normal  0.142328 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5759  polygalacturonase  26.21 
 
 		 416 aa  91.7  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3719  exo-poly-alpha-D-galacturonosidase precursor  24.38 
 
 		 537 aa  86.3  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0153  glycoside hydrolase family 28  28.94 
 
 		 604 aa  84.7  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.90665  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0152  glycoside hydrolase family 28  27.12 
 
 		 602 aa  76.6  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.533709  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1410  Fibronectin type III domain protein  25.85 
 
 		 659 aa  74.7  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1170  glycoside hydrolase family protein  23.53 
 
 		 548 aa  73.6  0.000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2862  Fibronectin type III domain protein  24.72 
 
 		 659 aa  73.2  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.331707  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0200  glycoside hydrolase family 28  25.68 
 
 		 605 aa  73.2  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3630  glycoside hydrolase family 28  24.55 
 
 		 513 aa  70.5  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.370863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3464  Carbohydrate binding family 6  24.66 
 
 		 649 aa  68.9  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235288  hitchhiker  0.0024319 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1580  Endopygalactorunase  29.48 
 
 		 246 aa  67.4  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0687608 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7020  hypothetical protein  22.5 
 
 		 449 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.361507  normal  0.742896 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1489  Polygalacturonase/Pectinase  25 
 
 		 544 aa  63.5  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3960  polygalacturonase  24.56 
 
 		 532 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0761528  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3629  glycoside hydrolase family 28  28.65 
 
 		 488 aa  63.2  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3321  glycoside hydrolase family 28  25.55 
 
 		 402 aa  62.8  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0989  glycoside hydrolase family 28  25.63 
 
 		 402 aa  62  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6877  hypothetical protein  23.02 
 
 		 543 aa  60.8  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0249011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_16052  predicted protein  22.52 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.032394  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1396  Endopygalactorunase-like protein  40.4 
 
 		 642 aa  59.7  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.230855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0125  Endopygalactorunase-like protein  24.8 
 
 		 633 aa  58.9  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.300956  normal  0.0208856 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0172  coagulation factor 5/8 type domain protein  24.38 
 
 		 685 aa  57.4  0.0000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.238557  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1628  polygalacturonase precursor  23.44 
 
 		 544 aa  57.4  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0880  polygalacturonase precursor (pectinase) signal peptide protein  25.31 
 
 		 531 aa  57  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.609321  normal  0.0402395 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3862  hypothetical protein  40.26 
 
 		 582 aa  55.8  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00590592  normal  0.508788 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1570  glycoside hydrolase family protein  22.57 
 
 		 544 aa  56.2  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0124  Endopygalactorunase-like protein  35.58 
 
 		 641 aa  56.2  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.778802  normal  0.020189 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1922  Endopygalactorunase-like protein  34.91 
 
 		 669 aa  54.3  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.449199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00376  polygalacturonase  23.25 
 
 		 602 aa  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1711  endopygalactorunase-like protein  28.23 
 
 		 620 aa  51.2  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0127  PKD domain containing protein  33.9 
 
 		 931 aa  50.8  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00188311 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6920  glycoside hydrolase family protein  27.64 
 
 		 458 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08327  Endo-polygalacturonasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ATQ3]  26.42 
 
 		 380 aa  48.1  0.0004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.23769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4887  glycoside hydrolase family protein  27.14 
 
 		 458 aa  47  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1756  exo-poly-galacturonase signal peptide protein  23.45 
 
 		 702 aa  47.4  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0518728  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3277  glycoside hydrolase family protein  27.14 
 
 		 458 aa  47  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.113275 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06656  endopolygalacturonase (Eurofung)  29.93 
 
 		 514 aa  44.7  0.003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02590  polygalacturonase, putative  26.98 
 
 		 478 aa  43.1  0.009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>