85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2862 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1410  Fibronectin type III domain protein  93.17 
 
 		 659 aa  1279    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2862  Fibronectin type III domain protein  100 
 
 		 659 aa  1362    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.331707  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1884  glycoside hydrolase family protein  51.06 
 
 		 606 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0152  glycoside hydrolase family 28  48.68 
 
 		 602 aa  536  1e-151  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.533709  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0200  glycoside hydrolase family 28  47.02 
 
 		 605 aa  524  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1756  exo-poly-galacturonase signal peptide protein  46.9 
 
 		 702 aa  498  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0518728  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0153  glycoside hydrolase family 28  46.69 
 
 		 604 aa  497  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.90665  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1158  glycoside hydrolase family 28  26.1 
 
 		 554 aa  139  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2567  glycoside hydrolase family protein  25.88 
 
 		 474 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4088  glycoside hydrolase family protein  27.14 
 
 		 522 aa  118  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.59776  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2380  Galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  27.05 
 
 		 447 aa  118  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2736  glycoside hydrolase family protein  25.6 
 
 		 518 aa  118  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.835022  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4790  glycoside hydrolase family 28  26.08 
 
 		 541 aa  117  5e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0680897  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4784  glycoside hydrolase family 28  27.11 
 
 		 551 aa  113  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.821545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1253  glycoside hydrolase family 28  24.71 
 
 		 544 aa  108  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.80507  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0230  glycoside hydrolase family protein  23.79 
 
 		 462 aa  108  4e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0610  glycoside hydrolase family 28  25.11 
 
 		 528 aa  106  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.826253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2115  glycoside hydrolase family protein  25.42 
 
 		 460 aa  107  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1092  glycoside hydrolase family 28  26.37 
 
 		 460 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2818  glycoside hydrolase family 28  27.89 
 
 		 542 aa  101  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0953  glycoside hydrolase family protein  26.52 
 
 		 463 aa  101  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.161663  hitchhiker  0.000000205432 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3223  glycoside hydrolase family 28  25.96 
 
 		 460 aa  100  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.362624  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4115  glycoside hydrolase family protein  23.09 
 
 		 560 aa  100  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  25.65 
 
 		 865 aa  96.3  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6953  glycoside hydrolase family 28  23.46 
 
 		 390 aa  94.4  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4256  glycoside hydrolase family protein  23.03 
 
 		 475 aa  94.4  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3030  glycoside hydrolase family 28  23.8 
 
 		 467 aa  92.4  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4285  glycoside hydrolase family protein  23.31 
 
 		 543 aa  91.7  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0700  glycoside hydrolase family 28  22.47 
 
 		 509 aa  89.7  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4247  glycoside hydrolase family protein  25.74 
 
 		 448 aa  88.6  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.783037  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2457  glycoside hydrolase family 28  24.04 
 
 		 508 aa  87.4  7e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140372  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5903  glycoside hydrolase family 28  26.25 
 
 		 521 aa  86.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.672596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5506  lipolytic protein G-D-S-L family  21.68 
 
 		 727 aa  85.9  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00398864  hitchhiker  0.00322716 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2391  glycoside hydrolase family 28  24.67 
 
 		 470 aa  84.3  0.000000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880928  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0498  glycoside hydrolase family protein  22.25 
 
 		 446 aa  83.6  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.446578  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0483  glycoside hydrolase family protein  22.48 
 
 		 446 aa  82.8  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2125  glycoside hydrolase family 28  24.4 
 
 		 437 aa  80.5  0.00000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3334  galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  23.83 
 
 		 478 aa  76.6  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473143  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2300  glycoside hydrolase family 28  24.72 
 
 		 455 aa  73.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3321  glycoside hydrolase family 28  25.49 
 
 		 402 aa  70.5  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2532  glycoside hydrolase family 28  27.76 
 
 		 459 aa  70.1  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0824  glycoside hydrolase family 28  22.22 
 
 		 444 aa  70.1  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1489  Polygalacturonase/Pectinase  24.95 
 
 		 544 aa  68.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29200  endopolygalacturonase  24.57 
 
 		 431 aa  67.8  0.0000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1569  glycoside hydrolase family 28  25.94 
 
 		 443 aa  67.8  0.0000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3977  glycoside hydrolase family 28  33.58 
 
 		 543 aa  67.4  0.0000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.722531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0989  glycoside hydrolase family 28  24.26 
 
 		 402 aa  66.2  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00376  polygalacturonase  28.01 
 
 		 602 aa  65.9  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0717  glycoside hydrolase family 28  25.84 
 
 		 559 aa  66.2  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3113  glycoside hydrolase family 28  35.61 
 
 		 524 aa  66.2  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00001805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3115  glycoside hydrolase family protein  35.38 
 
 		 509 aa  66.2  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3960  polygalacturonase  24.56 
 
 		 532 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0761528  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3114  glycoside hydrolase family protein  22.5 
 
 		 479 aa  65.9  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1170  glycoside hydrolase family protein  22.79 
 
 		 548 aa  65.1  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1710  glycoside hydrolase family 28  34.85 
 
 		 518 aa  62.4  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.190203  hitchhiker  0.00186796 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1579  glycoside hydrolase family 28  23.57 
 
 		 492 aa  61.6  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0814382 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0880  polygalacturonase precursor (pectinase) signal peptide protein  31.76 
 
 		 531 aa  60.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.609321  normal  0.0402395 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5374  glycoside hydrolase family 28  22.95 
 
 		 442 aa  59.3  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.558216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3719  exo-poly-alpha-D-galacturonosidase precursor  21.92 
 
 		 537 aa  58.9  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3217  glycoside hydrolase family protein  23.48 
 
 		 491 aa  57.8  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2888  glycoside hydrolase family 28  24.16 
 
 		 530 aa  57.4  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1581  glycoside hydrolase family 28  21.74 
 
 		 489 aa  54.7  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0871574 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3629  glycoside hydrolase family 28  28.16 
 
 		 488 aa  55.1  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4228  glycoside hydrolase family protein  30.15 
 
 		 442 aa  54.7  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7020  hypothetical protein  24.64 
 
 		 449 aa  54.3  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.361507  normal  0.742896 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5664  glycoside hydrolase family protein  24.49 
 
 		 725 aa  53.9  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6029  glycoside hydrolase family protein  24.49 
 
 		 725 aa  53.9  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0491802  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3371  glycoside hydrolase family 28  20.91 
 
 		 444 aa  51.6  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0125  Endopygalactorunase-like protein  26.32 
 
 		 633 aa  51.2  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.300956  normal  0.0208856 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1570  glycoside hydrolase family protein  25 
 
 		 544 aa  50.8  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1529  glycoside hydrolase family 28  23.5 
 
 		 442 aa  50.1  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.604094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0972  glycoside hydrolase family 28  19.33 
 
 		 448 aa  49.7  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.367864  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1628  polygalacturonase precursor  24.64 
 
 		 544 aa  49.3  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5982  glycoside hydrolase family protein  28.48 
 
 		 716 aa  48.9  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.113133 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3277  glycoside hydrolase family protein  22.22 
 
 		 458 aa  46.2  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.113275 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4858  glycoside hydrolase family 28  23.27 
 
 		 671 aa  45.8  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0653045  normal  0.492882 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4887  glycoside hydrolase family protein  22.22 
 
 		 458 aa  46.2  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6920  glycoside hydrolase family protein  22.22 
 
 		 458 aa  46.2  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1396  Endopygalactorunase-like protein  33.59 
 
 		 642 aa  44.7  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.230855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1711  endopygalactorunase-like protein  34.21 
 
 		 620 aa  44.7  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1922  Endopygalactorunase-like protein  41.1 
 
 		 669 aa  44.3  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.449199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1580  Endopygalactorunase  31.25 
 
 		 246 aa  44.3  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0687608 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3754  Endopygalactorunase  25.84 
 
 		 983 aa  44.3  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4904  glycoside hydrolase family protein  24.24 
 
 		 665 aa  43.9  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.399094 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3630  glycoside hydrolase family 28  22.65 
 
 		 513 aa  43.9  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.370863  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>