74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5453 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0833  polygalacturonase transmembrane protein  68.3 
 
 		 680 aa  881    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00798361 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5453  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 		 664 aa  1352    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.34591 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4603  glycoside hydrolase family protein  93.38 
 
 		 665 aa  1209    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.039982  hitchhiker  0.000685896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4858  glycoside hydrolase family 28  71.21 
 
 		 671 aa  947    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0653045  normal  0.492882 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4904  glycoside hydrolase family protein  98.2 
 
 		 665 aa  1243    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.399094 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3221  glycoside hydrolase family protein  88.87 
 
 		 665 aa  1171    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.301284  normal  0.0580699 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4256  glycoside hydrolase family protein  31.89 
 
 		 475 aa  253  1e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2391  glycoside hydrolase family 28  35.62 
 
 		 470 aa  250  5e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880928  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0953  glycoside hydrolase family protein  38.54 
 
 		 463 aa  242  1e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.161663  hitchhiker  0.000000205432 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  31.49 
 
 		 865 aa  225  2e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0483  glycoside hydrolase family protein  35.52 
 
 		 446 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0498  glycoside hydrolase family protein  35.25 
 
 		 446 aa  215  1.9999999999999998e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.446578  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4247  glycoside hydrolase family protein  29.44 
 
 		 448 aa  190  5.999999999999999e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.783037  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4285  glycoside hydrolase family protein  28.4 
 
 		 543 aa  177  6e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2300  glycoside hydrolase family 28  31.34 
 
 		 455 aa  172  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4115  glycoside hydrolase family protein  29.08 
 
 		 560 aa  164  6e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2818  glycoside hydrolase family 28  30.11 
 
 		 542 aa  157  7e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1253  glycoside hydrolase family 28  27.55 
 
 		 544 aa  157  8e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.80507  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5903  glycoside hydrolase family 28  29.22 
 
 		 521 aa  154  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.672596 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1158  glycoside hydrolase family 28  26.6 
 
 		 554 aa  154  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4784  glycoside hydrolase family 28  29.7 
 
 		 551 aa  151  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.821545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4088  glycoside hydrolase family protein  28.92 
 
 		 522 aa  149  2.0000000000000003e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.59776  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0610  glycoside hydrolase family 28  28.54 
 
 		 528 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.826253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2567  glycoside hydrolase family protein  27.61 
 
 		 474 aa  138  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2532  glycoside hydrolase family 28  28.32 
 
 		 459 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5506  lipolytic protein G-D-S-L family  35.06 
 
 		 727 aa  114  8.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00398864  hitchhiker  0.00322716 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4790  glycoside hydrolase family 28  26.83 
 
 		 541 aa  109  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0680897  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0230  glycoside hydrolase family protein  25 
 
 		 462 aa  109  2e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2380  Galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  33.73 
 
 		 447 aa  107  5e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29200  endopolygalacturonase  32.34 
 
 		 431 aa  105  3e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46668  predicted protein  35.36 
 
 		 451 aa  101  4e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.000812304  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0700  glycoside hydrolase family 28  33.72 
 
 		 509 aa  101  5e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2736  glycoside hydrolase family protein  35.5 
 
 		 518 aa  99  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.835022  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2457  glycoside hydrolase family 28  25.48 
 
 		 508 aa  97.8  6e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140372  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3217  glycoside hydrolase family protein  23.43 
 
 		 491 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6953  glycoside hydrolase family 28  29.76 
 
 		 390 aa  80.5  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5759  polygalacturonase  31.11 
 
 		 416 aa  72.8  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3114  glycoside hydrolase family protein  30.83 
 
 		 479 aa  72.4  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2888  glycoside hydrolase family 28  23.42 
 
 		 530 aa  70.5  0.00000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1579  glycoside hydrolase family 28  24.24 
 
 		 492 aa  69.3  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0814382 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5359  putative polygalacturonase protein  28.77 
 
 		 454 aa  67.8  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.071082  normal  0.281824 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2125  glycoside hydrolase family 28  22.51 
 
 		 437 aa  67  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5079  Parallel beta-helix repeat protein  29.11 
 
 		 454 aa  66.2  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416725  normal  0.142328 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3960  polygalacturonase  24.78 
 
 		 532 aa  65.9  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0761528  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3334  galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  27.22 
 
 		 478 aa  65.5  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473143  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4228  glycoside hydrolase family protein  32.23 
 
 		 442 aa  65.1  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0972  glycoside hydrolase family 28  24.31 
 
 		 448 aa  65.1  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.367864  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3113  glycoside hydrolase family 28  26.98 
 
 		 524 aa  63.9  0.000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00001805  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0200  glycoside hydrolase family 28  23.1 
 
 		 605 aa  63.2  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5374  glycoside hydrolase family 28  31.43 
 
 		 442 aa  63.5  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.558216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1529  glycoside hydrolase family 28  31.4 
 
 		 442 aa  63.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.604094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3371  glycoside hydrolase family 28  23.31 
 
 		 444 aa  62.8  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0153  glycoside hydrolase family 28  23.82 
 
 		 604 aa  61.6  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.90665  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7020  hypothetical protein  30.06 
 
 		 449 aa  60.5  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.361507  normal  0.742896 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1489  Polygalacturonase/Pectinase  32.48 
 
 		 544 aa  60.1  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3977  glycoside hydrolase family 28  25.71 
 
 		 543 aa  59.3  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.722531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3630  glycoside hydrolase family 28  28.93 
 
 		 513 aa  59.3  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.370863  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1569  glycoside hydrolase family 28  23.86 
 
 		 443 aa  57.8  0.0000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0880  polygalacturonase precursor (pectinase) signal peptide protein  31.62 
 
 		 531 aa  56.6  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.609321  normal  0.0402395 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0824  glycoside hydrolase family 28  21.8 
 
 		 444 aa  55.5  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1710  glycoside hydrolase family 28  28.57 
 
 		 518 aa  54.7  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.190203  hitchhiker  0.00186796 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3629  glycoside hydrolase family 28  27.56 
 
 		 488 aa  54.3  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0717  glycoside hydrolase family 28  33.33 
 
 		 559 aa  53.1  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3030  glycoside hydrolase family 28  32.26 
 
 		 467 aa  52.8  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00376  polygalacturonase  22.84 
 
 		 602 aa  52  0.00004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3223  glycoside hydrolase family 28  33.06 
 
 		 460 aa  51.6  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.362624  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3115  glycoside hydrolase family protein  20.78 
 
 		 509 aa  51.2  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1884  glycoside hydrolase family protein  21.34 
 
 		 606 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1092  glycoside hydrolase family 28  32.26 
 
 		 460 aa  50.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0152  glycoside hydrolase family 28  26.98 
 
 		 602 aa  49.7  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.533709  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2115  glycoside hydrolase family protein  29.37 
 
 		 460 aa  48.1  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1756  exo-poly-galacturonase signal peptide protein  21.33 
 
 		 702 aa  46.2  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0518728  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0125  Endopygalactorunase-like protein  27.73 
 
 		 633 aa  45.4  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.300956  normal  0.0208856 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0989  glycoside hydrolase family 28  29.6 
 
 		 402 aa  44.7  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>