81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4858 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0833  polygalacturonase transmembrane protein  72.95 
 
 		 680 aa  986    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00798361 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4858  glycoside hydrolase family 28  100 
 
 		 671 aa  1353    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0653045  normal  0.492882 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5453  glycoside hydrolase family protein  71.21 
 
 		 664 aa  932    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.34591 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4603  glycoside hydrolase family protein  73.48 
 
 		 665 aa  935    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.039982  hitchhiker  0.000685896 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3221  glycoside hydrolase family protein  72.95 
 
 		 665 aa  956    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.301284  normal  0.0580699 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4904  glycoside hydrolase family protein  73.41 
 
 		 665 aa  928    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.399094 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2391  glycoside hydrolase family 28  36.33 
 
 		 470 aa  265  3e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880928  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0953  glycoside hydrolase family protein  40.86 
 
 		 463 aa  253  8.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.161663  hitchhiker  0.000000205432 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4256  glycoside hydrolase family protein  39.39 
 
 		 475 aa  252  1e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  30.98 
 
 		 865 aa  233  7.000000000000001e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0483  glycoside hydrolase family protein  34.93 
 
 		 446 aa  219  1e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0498  glycoside hydrolase family protein  34.67 
 
 		 446 aa  216  8e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.446578  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4247  glycoside hydrolase family protein  30.85 
 
 		 448 aa  201  3.9999999999999996e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.783037  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4285  glycoside hydrolase family protein  29.39 
 
 		 543 aa  187  6e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2300  glycoside hydrolase family 28  32.88 
 
 		 455 aa  179  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4115  glycoside hydrolase family protein  29.14 
 
 		 560 aa  171  3e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1158  glycoside hydrolase family 28  29.06 
 
 		 554 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2818  glycoside hydrolase family 28  31.64 
 
 		 542 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1253  glycoside hydrolase family 28  30.29 
 
 		 544 aa  162  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.80507  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4784  glycoside hydrolase family 28  31.08 
 
 		 551 aa  154  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.821545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4088  glycoside hydrolase family protein  26.63 
 
 		 522 aa  154  7e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.59776  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2567  glycoside hydrolase family protein  28.18 
 
 		 474 aa  134  5e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5506  lipolytic protein G-D-S-L family  30.89 
 
 		 727 aa  132  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00398864  hitchhiker  0.00322716 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5903  glycoside hydrolase family 28  27.57 
 
 		 521 aa  127  7e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.672596 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0610  glycoside hydrolase family 28  34.72 
 
 		 528 aa  124  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.826253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2532  glycoside hydrolase family 28  32.88 
 
 		 459 aa  116  1.0000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2380  Galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  35.5 
 
 		 447 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29200  endopolygalacturonase  32.93 
 
 		 431 aa  110  7.000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46668  predicted protein  35.59 
 
 		 451 aa  108  3e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.000812304  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2736  glycoside hydrolase family protein  37.87 
 
 		 518 aa  107  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.835022  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0230  glycoside hydrolase family protein  26.16 
 
 		 462 aa  107  6e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0700  glycoside hydrolase family 28  36.99 
 
 		 509 aa  107  6e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4790  glycoside hydrolase family 28  25.95 
 
 		 541 aa  105  3e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0680897  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2457  glycoside hydrolase family 28  26.24 
 
 		 508 aa  101  3e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140372  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3217  glycoside hydrolase family protein  27.09 
 
 		 491 aa  90.5  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1579  glycoside hydrolase family 28  25.22 
 
 		 492 aa  81.6  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0814382 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6953  glycoside hydrolase family 28  31.94 
 
 		 390 aa  80.9  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3113  glycoside hydrolase family 28  33.33 
 
 		 524 aa  80.5  0.00000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00001805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5359  putative polygalacturonase protein  26.91 
 
 		 454 aa  79  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.071082  normal  0.281824 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3114  glycoside hydrolase family protein  31.85 
 
 		 479 aa  76.6  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2125  glycoside hydrolase family 28  23.94 
 
 		 437 aa  75.1  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3334  galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  28.99 
 
 		 478 aa  72.4  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473143  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0972  glycoside hydrolase family 28  25.71 
 
 		 448 aa  68.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.367864  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3371  glycoside hydrolase family 28  25.19 
 
 		 444 aa  68.2  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3223  glycoside hydrolase family 28  27.16 
 
 		 460 aa  67.4  0.0000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.362624  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1092  glycoside hydrolase family 28  27.13 
 
 		 460 aa  67  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0200  glycoside hydrolase family 28  25.29 
 
 		 605 aa  66.6  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5759  polygalacturonase  27.41 
 
 		 416 aa  66.2  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4228  glycoside hydrolase family protein  32.61 
 
 		 442 aa  65.9  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5374  glycoside hydrolase family 28  32.61 
 
 		 442 aa  65.1  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.558216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2888  glycoside hydrolase family 28  27.91 
 
 		 530 aa  65.1  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5079  Parallel beta-helix repeat protein  27.74 
 
 		 454 aa  64.7  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416725  normal  0.142328 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1529  glycoside hydrolase family 28  31.88 
 
 		 442 aa  64.3  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.604094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3630  glycoside hydrolase family 28  30.82 
 
 		 513 aa  63.5  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.370863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7020  hypothetical protein  30.86 
 
 		 449 aa  63.9  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.361507  normal  0.742896 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3030  glycoside hydrolase family 28  29.12 
 
 		 467 aa  62.4  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3629  glycoside hydrolase family 28  32.05 
 
 		 488 aa  62.4  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0152  glycoside hydrolase family 28  25 
 
 		 602 aa  61.6  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.533709  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1569  glycoside hydrolase family 28  28.72 
 
 		 443 aa  61.6  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3960  polygalacturonase  26.17 
 
 		 532 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0761528  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1489  Polygalacturonase/Pectinase  33.33 
 
 		 544 aa  60.1  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3115  glycoside hydrolase family protein  28.24 
 
 		 509 aa  59.3  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0153  glycoside hydrolase family 28  31.78 
 
 		 604 aa  58.9  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.90665  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0880  polygalacturonase precursor (pectinase) signal peptide protein  35.59 
 
 		 531 aa  58.9  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.609321  normal  0.0402395 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3977  glycoside hydrolase family 28  27.34 
 
 		 543 aa  57  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.722531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0717  glycoside hydrolase family 28  34.75 
 
 		 559 aa  57  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2115  glycoside hydrolase family protein  29.59 
 
 		 460 aa  57  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0824  glycoside hydrolase family 28  23.13 
 
 		 444 aa  55.1  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1884  glycoside hydrolase family protein  21.2 
 
 		 606 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1710  glycoside hydrolase family 28  26.24 
 
 		 518 aa  52  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.190203  hitchhiker  0.00186796 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1756  exo-poly-galacturonase signal peptide protein  23.48 
 
 		 702 aa  52  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0518728  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1581  glycoside hydrolase family 28  27.69 
 
 		 489 aa  49.3  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0871574 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1410  Fibronectin type III domain protein  24 
 
 		 659 aa  48.9  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1711  endopygalactorunase-like protein  22.68 
 
 		 620 aa  48.1  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1628  polygalacturonase precursor  29.31 
 
 		 544 aa  47.8  0.0006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1570  glycoside hydrolase family protein  29.31 
 
 		 544 aa  47.4  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00376  polygalacturonase  30.08 
 
 		 602 aa  47.4  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2862  Fibronectin type III domain protein  23.27 
 
 		 659 aa  45.8  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.331707  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0989  glycoside hydrolase family 28  31.2 
 
 		 402 aa  46.2  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1170  glycoside hydrolase family protein  22.74 
 
 		 548 aa  45.8  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1922  Endopygalactorunase-like protein  46.67 
 
 		 669 aa  44.3  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.449199  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>