90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3960 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3960  polygalacturonase  100 
 
 		 532 aa  1082    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0761528  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0880  polygalacturonase precursor (pectinase) signal peptide protein  56.62 
 
 		 531 aa  551  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.609321  normal  0.0402395 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1570  glycoside hydrolase family protein  56.06 
 
 		 544 aa  542  1e-153  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1628  polygalacturonase precursor  55.86 
 
 		 544 aa  537  1e-151  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1489  Polygalacturonase/Pectinase  51.28 
 
 		 544 aa  520  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00376  polygalacturonase  49.61 
 
 		 602 aa  493  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7020  hypothetical protein  35.78 
 
 		 449 aa  248  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.361507  normal  0.742896 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0989  glycoside hydrolase family 28  38.57 
 
 		 402 aa  248  3e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3321  glycoside hydrolase family 28  38.81 
 
 		 402 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3630  glycoside hydrolase family 28  33.7 
 
 		 513 aa  231  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.370863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3629  glycoside hydrolase family 28  33.61 
 
 		 488 aa  214  3.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5664  glycoside hydrolase family protein  29.97 
 
 		 725 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6029  glycoside hydrolase family protein  29.97 
 
 		 725 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0491802  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5982  glycoside hydrolase family protein  30.21 
 
 		 716 aa  209  8e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.113133 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2115  glycoside hydrolase family protein  29.62 
 
 		 460 aa  129  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3030  glycoside hydrolase family 28  29.67 
 
 		 467 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1092  glycoside hydrolase family 28  28.7 
 
 		 460 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3223  glycoside hydrolase family 28  28.4 
 
 		 460 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.362624  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2818  glycoside hydrolase family 28  29.91 
 
 		 542 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6953  glycoside hydrolase family 28  30.35 
 
 		 390 aa  112  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2125  glycoside hydrolase family 28  29.95 
 
 		 437 aa  111  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2380  Galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  28.02 
 
 		 447 aa  109  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3334  galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  27.19 
 
 		 478 aa  106  9e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473143  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4088  glycoside hydrolase family protein  27.19 
 
 		 522 aa  105  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.59776  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4256  glycoside hydrolase family protein  24.5 
 
 		 475 aa  92.8  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2736  glycoside hydrolase family protein  27.43 
 
 		 518 aa  90.5  7e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.835022  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0700  glycoside hydrolase family 28  25.15 
 
 		 509 aa  89.7  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4247  glycoside hydrolase family protein  25 
 
 		 448 aa  89.4  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.783037  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0230  glycoside hydrolase family protein  26.61 
 
 		 462 aa  88.2  4e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4790  glycoside hydrolase family 28  24.93 
 
 		 541 aa  87  8e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0680897  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29200  endopolygalacturonase  26.86 
 
 		 431 aa  87  8e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2532  glycoside hydrolase family 28  27.95 
 
 		 459 aa  83.6  0.000000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2391  glycoside hydrolase family 28  24.4 
 
 		 470 aa  82  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880928  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0953  glycoside hydrolase family protein  25 
 
 		 463 aa  81.6  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.161663  hitchhiker  0.000000205432 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  25.43 
 
 		 865 aa  82  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2457  glycoside hydrolase family 28  25.22 
 
 		 508 aa  81.6  0.00000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140372  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0200  glycoside hydrolase family 28  25.91 
 
 		 605 aa  80.5  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1158  glycoside hydrolase family 28  24.79 
 
 		 554 aa  79.7  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0152  glycoside hydrolase family 28  26.15 
 
 		 602 aa  77.8  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.533709  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0610  glycoside hydrolase family 28  27.38 
 
 		 528 aa  75.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.826253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0153  glycoside hydrolase family 28  27.01 
 
 		 604 aa  71.2  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.90665  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1884  glycoside hydrolase family protein  26.97 
 
 		 606 aa  68.6  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185674  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03389  xylogalacturonan hydrolase (Eurofung)  24.94 
 
 		 399 aa  68.2  0.0000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.176918  normal  0.718699 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1410  Fibronectin type III domain protein  24.49 
 
 		 659 aa  68.2  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2888  glycoside hydrolase family 28  25.08 
 
 		 530 aa  67.4  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4115  glycoside hydrolase family protein  23.93 
 
 		 560 aa  65.5  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2862  Fibronectin type III domain protein  24.56 
 
 		 659 aa  65.5  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.331707  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4285  glycoside hydrolase family protein  28.24 
 
 		 543 aa  65.1  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5453  glycoside hydrolase family protein  24.64 
 
 		 664 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.34591 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4784  glycoside hydrolase family 28  22.9 
 
 		 551 aa  64.3  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.821545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6920  glycoside hydrolase family protein  25.13 
 
 		 458 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2567  glycoside hydrolase family protein  20.98 
 
 		 474 aa  63.5  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2300  glycoside hydrolase family 28  24.56 
 
 		 455 aa  63.5  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4904  glycoside hydrolase family protein  24.17 
 
 		 665 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.399094 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4887  glycoside hydrolase family protein  24.87 
 
 		 458 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3277  glycoside hydrolase family protein  24.87 
 
 		 458 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.113275 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4603  glycoside hydrolase family protein  24.56 
 
 		 665 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.039982  hitchhiker  0.000685896 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1253  glycoside hydrolase family 28  23.32 
 
 		 544 aa  62  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.80507  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0824  glycoside hydrolase family 28  22.82 
 
 		 444 aa  61.6  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0498  glycoside hydrolase family protein  22.78 
 
 		 446 aa  60.5  0.00000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.446578  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4858  glycoside hydrolase family 28  26.17 
 
 		 671 aa  60.5  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0653045  normal  0.492882 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0483  glycoside hydrolase family protein  22.78 
 
 		 446 aa  60.1  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3113  glycoside hydrolase family 28  23.33 
 
 		 524 aa  59.3  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00001805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1579  glycoside hydrolase family 28  23.57 
 
 		 492 aa  57.8  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0814382 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3115  glycoside hydrolase family protein  24.01 
 
 		 509 aa  57  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3221  glycoside hydrolase family protein  24.54 
 
 		 665 aa  57  0.0000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.301284  normal  0.0580699 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3114  glycoside hydrolase family protein  24.59 
 
 		 479 aa  56.6  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5903  glycoside hydrolase family 28  25 
 
 		 521 aa  56.6  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.672596 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3217  glycoside hydrolase family protein  22.89 
 
 		 491 aa  55.8  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3977  glycoside hydrolase family 28  22.35 
 
 		 543 aa  55.5  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.722531  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08327  Endo-polygalacturonasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ATQ3]  25.83 
 
 		 380 aa  55.1  0.000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.23769  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0972  glycoside hydrolase family 28  19.08 
 
 		 448 aa  55.5  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.367864  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1529  glycoside hydrolase family 28  22.87 
 
 		 442 aa  53.9  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.604094  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04372  Endo-polygalacturonase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFT2]  24.57 
 
 		 361 aa  53.5  0.000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.217421 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46668  predicted protein  25.11 
 
 		 451 aa  51.6  0.00003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.000812304  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5374  glycoside hydrolase family 28  22.39 
 
 		 442 aa  52  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.558216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1580  Endopygalactorunase  31.37 
 
 		 246 aa  51.2  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0687608 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0833  polygalacturonase transmembrane protein  23.92 
 
 		 680 aa  51.2  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00798361 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1756  exo-poly-galacturonase signal peptide protein  24.93 
 
 		 702 aa  48.9  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0518728  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1569  glycoside hydrolase family 28  22.08 
 
 		 443 aa  48.5  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06656  endopolygalacturonase (Eurofung)  25.58 
 
 		 514 aa  48.1  0.0003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1581  glycoside hydrolase family 28  22.13 
 
 		 489 aa  48.1  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0871574 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4228  glycoside hydrolase family protein  23.34 
 
 		 442 aa  47.8  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0717  glycoside hydrolase family 28  30.57 
 
 		 559 aa  45.4  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04250  endopolygalacturonase  31.46 
 
 		 135 aa  44.7  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08891  Exopolygalacturonase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q873X6]  22.31 
 
 		 440 aa  44.7  0.004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.47713 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6877  hypothetical protein  25.87 
 
 		 543 aa  44.3  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0249011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5506  lipolytic protein G-D-S-L family  23.32 
 
 		 727 aa  44.3  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00398864  hitchhiker  0.00322716 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46492  predicted protein  22.48 
 
 		 563 aa  44.3  0.006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.481419  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1710  glycoside hydrolase family 28  28.12 
 
 		 518 aa  43.5  0.008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.190203  hitchhiker  0.00186796 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>