55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_6029 on replicon NC_008544
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010087  Bmul_5982  glycoside hydrolase family protein  89.17 
 
 
716 aa  1212    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.113133 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6029  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 
725 aa  1457    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0491802  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5664  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 
725 aa  1457    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0880  polygalacturonase precursor (pectinase) signal peptide protein  34.01 
 
 
531 aa  239  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.609321  normal  0.0402395 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1489  Polygalacturonase/Pectinase  30.95 
 
 
544 aa  228  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3960  polygalacturonase  29.82 
 
 
532 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0761528  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00376  polygalacturonase  30.91 
 
 
602 aa  193  9e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3321  glycoside hydrolase family 28  29.22 
 
 
402 aa  156  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0989  glycoside hydrolase family 28  29.36 
 
 
402 aa  155  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7020  hypothetical protein  28.04 
 
 
449 aa  152  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.361507  normal  0.742896 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1570  glycoside hydrolase family protein  30.54 
 
 
544 aa  149  2.0000000000000003e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1628  polygalacturonase precursor  30.85 
 
 
544 aa  149  2.0000000000000003e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3629  glycoside hydrolase family 28  27.64 
 
 
488 aa  147  5e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3630  glycoside hydrolase family 28  26.01 
 
 
513 aa  129  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.370863  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6122  hypothetical protein  68.82 
 
 
99 aa  117  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110426  normal  0.0223914 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3334  galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  25.36 
 
 
478 aa  94  8e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473143  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4784  glycoside hydrolase family 28  24.63 
 
 
551 aa  94  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.821545  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2115  glycoside hydrolase family protein  25.19 
 
 
460 aa  92  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1158  glycoside hydrolase family 28  25.6 
 
 
554 aa  90.9  7e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3223  glycoside hydrolase family 28  27.97 
 
 
460 aa  85.9  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.362624  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1092  glycoside hydrolase family 28  27.97 
 
 
460 aa  85.1  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2457  glycoside hydrolase family 28  24.74 
 
 
508 aa  84  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140372  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0230  glycoside hydrolase family protein  22.68 
 
 
462 aa  80.5  0.0000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4115  glycoside hydrolase family protein  23.66 
 
 
560 aa  77  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3030  glycoside hydrolase family 28  26.15 
 
 
467 aa  76.3  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1253  glycoside hydrolase family 28  23.5 
 
 
544 aa  75.1  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.80507  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5903  glycoside hydrolase family 28  28.4 
 
 
521 aa  72  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.672596 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0953  glycoside hydrolase family protein  33.73 
 
 
463 aa  68.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.161663  hitchhiker  0.000000205432 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2818  glycoside hydrolase family 28  23.3 
 
 
542 aa  68.6  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29200  endopolygalacturonase  24.89 
 
 
431 aa  66.2  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0610  glycoside hydrolase family 28  27.11 
 
 
528 aa  65.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.826253  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2532  glycoside hydrolase family 28  21.48 
 
 
459 aa  65.5  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0700  glycoside hydrolase family 28  21.61 
 
 
509 aa  63.5  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2380  Galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  24.24 
 
 
447 aa  63.2  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2125  glycoside hydrolase family 28  32.69 
 
 
437 aa  62.8  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2567  glycoside hydrolase family protein  21.8 
 
 
474 aa  62  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6953  glycoside hydrolase family 28  25.43 
 
 
390 aa  62  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4088  glycoside hydrolase family protein  22.22 
 
 
522 aa  60.1  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.59776  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5506  lipolytic protein G-D-S-L family  28.3 
 
 
727 aa  60.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00398864  hitchhiker  0.00322716 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4285  glycoside hydrolase family protein  30.06 
 
 
543 aa  59.3  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2862  Fibronectin type III domain protein  23.95 
 
 
659 aa  56.6  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.331707  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1410  Fibronectin type III domain protein  23.96 
 
 
659 aa  55.8  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4790  glycoside hydrolase family 28  25.68 
 
 
541 aa  55.8  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0680897  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2736  glycoside hydrolase family protein  24.36 
 
 
518 aa  53.9  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.835022  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4256  glycoside hydrolase family protein  25.96 
 
 
475 aa  53.5  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0200  glycoside hydrolase family 28  24.08 
 
 
605 aa  48.5  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04250  endopolygalacturonase  31.62 
 
 
135 aa  48.5  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  21.19 
 
 
865 aa  48.1  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2391  glycoside hydrolase family 28  19.71 
 
 
470 aa  48.1  0.0006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880928  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1884  glycoside hydrolase family protein  27.67 
 
 
606 aa  47.4  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185674  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0152  glycoside hydrolase family 28  26.27 
 
 
602 aa  45.4  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.533709  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0498  glycoside hydrolase family protein  27.18 
 
 
446 aa  45.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.446578  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1756  exo-poly-galacturonase signal peptide protein  25.22 
 
 
702 aa  44.7  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0518728  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0483  glycoside hydrolase family protein  27.18 
 
 
446 aa  44.7  0.006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46668  predicted protein  22.86 
 
 
451 aa  44.3  0.007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.000812304  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>