81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1489 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1489  Polygalacturonase/Pectinase  100 
 
 		 544 aa  1106    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3960  polygalacturonase  51.28 
 
 		 532 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0761528  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0880  polygalacturonase precursor (pectinase) signal peptide protein  52.9 
 
 		 531 aa  491  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.609321  normal  0.0402395 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1570  glycoside hydrolase family protein  52.24 
 
 		 544 aa  483  1e-135  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1628  polygalacturonase precursor  51.85 
 
 		 544 aa  480  1e-134  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00376  polygalacturonase  49.43 
 
 		 602 aa  464  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7020  hypothetical protein  38.84 
 
 		 449 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.361507  normal  0.742896 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0989  glycoside hydrolase family 28  40.68 
 
 		 402 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3321  glycoside hydrolase family 28  38.89 
 
 		 402 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5982  glycoside hydrolase family protein  30.85 
 
 		 716 aa  229  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.113133 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5664  glycoside hydrolase family protein  30.95 
 
 		 725 aa  227  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6029  glycoside hydrolase family protein  30.95 
 
 		 725 aa  227  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0491802  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3630  glycoside hydrolase family 28  34.45 
 
 		 513 aa  221  3e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.370863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3629  glycoside hydrolase family 28  34.76 
 
 		 488 aa  217  5e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2115  glycoside hydrolase family protein  31.66 
 
 		 460 aa  133  6.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3030  glycoside hydrolase family 28  29.56 
 
 		 467 aa  127  6e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3223  glycoside hydrolase family 28  28.11 
 
 		 460 aa  123  8e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.362624  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1092  glycoside hydrolase family 28  28.11 
 
 		 460 aa  121  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6953  glycoside hydrolase family 28  29.95 
 
 		 390 aa  120  7.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3334  galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  29.46 
 
 		 478 aa  117  5e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473143  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1989  endo-polygalacturonase precursor protein  94.83 
 
 		 60 aa  112  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2125  glycoside hydrolase family 28  29.04 
 
 		 437 aa  107  5e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0230  glycoside hydrolase family protein  27.97 
 
 		 462 aa  103  8e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2380  Galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  27.09 
 
 		 447 aa  102  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2818  glycoside hydrolase family 28  26.74 
 
 		 542 aa  96.3  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4088  glycoside hydrolase family protein  23.95 
 
 		 522 aa  95.9  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.59776  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4256  glycoside hydrolase family protein  26.99 
 
 		 475 aa  89  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29200  endopolygalacturonase  27.27 
 
 		 431 aa  88.2  4e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2736  glycoside hydrolase family protein  24.75 
 
 		 518 aa  87.4  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.835022  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4247  glycoside hydrolase family protein  25.46 
 
 		 448 aa  86.3  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.783037  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0953  glycoside hydrolase family protein  24.31 
 
 		 463 aa  80.5  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.161663  hitchhiker  0.000000205432 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1253  glycoside hydrolase family 28  26.08 
 
 		 544 aa  79.7  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.80507  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4784  glycoside hydrolase family 28  25.98 
 
 		 551 aa  78.6  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.821545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4115  glycoside hydrolase family protein  25.74 
 
 		 560 aa  78.6  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4790  glycoside hydrolase family 28  24.42 
 
 		 541 aa  77.8  0.0000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0680897  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1158  glycoside hydrolase family 28  26.8 
 
 		 554 aa  77.4  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2532  glycoside hydrolase family 28  27.08 
 
 		 459 aa  76.6  0.0000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0700  glycoside hydrolase family 28  25 
 
 		 509 aa  77  0.0000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  27.73 
 
 		 865 aa  76.3  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1884  glycoside hydrolase family protein  27.56 
 
 		 606 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4285  glycoside hydrolase family protein  24.29 
 
 		 543 aa  76.3  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0153  glycoside hydrolase family 28  29.74 
 
 		 604 aa  75.9  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.90665  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0610  glycoside hydrolase family 28  25 
 
 		 528 aa  72.8  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.826253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0498  glycoside hydrolase family protein  24.54 
 
 		 446 aa  72.4  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.446578  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0483  glycoside hydrolase family protein  25 
 
 		 446 aa  72.4  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2391  glycoside hydrolase family 28  26.22 
 
 		 470 aa  70.9  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880928  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2862  Fibronectin type III domain protein  24.95 
 
 		 659 aa  68.9  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.331707  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2567  glycoside hydrolase family protein  23.2 
 
 		 474 aa  68.6  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1410  Fibronectin type III domain protein  25.34 
 
 		 659 aa  68.2  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2457  glycoside hydrolase family 28  23.83 
 
 		 508 aa  66.2  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140372  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6920  glycoside hydrolase family protein  25.45 
 
 		 458 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0152  glycoside hydrolase family 28  25.54 
 
 		 602 aa  65.5  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.533709  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4887  glycoside hydrolase family protein  25.19 
 
 		 458 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3277  glycoside hydrolase family protein  25.19 
 
 		 458 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.113275 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0824  glycoside hydrolase family 28  24.21 
 
 		 444 aa  65.5  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2300  glycoside hydrolase family 28  25 
 
 		 455 aa  63.5  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1710  glycoside hydrolase family 28  24.16 
 
 		 518 aa  63.9  0.000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.190203  hitchhiker  0.00186796 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0200  glycoside hydrolase family 28  26.27 
 
 		 605 aa  63.5  0.000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46668  predicted protein  23.78 
 
 		 451 aa  62.4  0.00000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.000812304  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08327  Endo-polygalacturonasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ATQ3]  30.25 
 
 		 380 aa  62  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.23769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5903  glycoside hydrolase family 28  34.51 
 
 		 521 aa  60.8  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.672596 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4904  glycoside hydrolase family protein  32.48 
 
 		 665 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.399094 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3221  glycoside hydrolase family protein  27.89 
 
 		 665 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.301284  normal  0.0580699 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4603  glycoside hydrolase family protein  32.48 
 
 		 665 aa  60.8  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.039982  hitchhiker  0.000685896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4858  glycoside hydrolase family 28  33.33 
 
 		 671 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0653045  normal  0.492882 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06656  endopolygalacturonase (Eurofung)  28.4 
 
 		 514 aa  59.7  0.0000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5453  glycoside hydrolase family protein  32.48 
 
 		 664 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.34591 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0833  polygalacturonase transmembrane protein  34.19 
 
 		 680 aa  57.4  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00798361 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2888  glycoside hydrolase family 28  23.18 
 
 		 530 aa  57  0.0000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3114  glycoside hydrolase family protein  25 
 
 		 479 aa  53.9  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1756  exo-poly-galacturonase signal peptide protein  33.9 
 
 		 702 aa  53.5  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0518728  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0972  glycoside hydrolase family 28  22.16 
 
 		 448 aa  53.5  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.367864  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03389  xylogalacturonan hydrolase (Eurofung)  26.09 
 
 		 399 aa  53.1  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.176918  normal  0.718699 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04372  Endo-polygalacturonase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFT2]  27.59 
 
 		 361 aa  51.6  0.00003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.217421 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08891  Exopolygalacturonase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q873X6]  27.71 
 
 		 440 aa  50.4  0.00008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.47713 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3115  glycoside hydrolase family protein  28.57 
 
 		 509 aa  50.4  0.00009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08761  Exo-polygalacturonasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ASG9]  28.24 
 
 		 434 aa  50.4  0.00009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.987401 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1569  glycoside hydrolase family 28  23.64 
 
 		 443 aa  48.5  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5506  lipolytic protein G-D-S-L family  24.08 
 
 		 727 aa  47  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00398864  hitchhiker  0.00322716 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1529  glycoside hydrolase family 28  24.21 
 
 		 442 aa  46.6  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.604094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0717  glycoside hydrolase family 28  33.87 
 
 		 559 aa  45.4  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>