74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4904 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0833  polygalacturonase transmembrane protein  68.84 
 
 		 680 aa  889    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00798361 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5453  glycoside hydrolase family protein  98.2 
 
 		 664 aa  1285    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.34591 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4603  glycoside hydrolase family protein  93.68 
 
 		 665 aa  1216    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.039982  hitchhiker  0.000685896 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3221  glycoside hydrolase family protein  89.66 
 
 		 665 aa  1178    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.301284  normal  0.0580699 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4904  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 		 665 aa  1356    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.399094 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4858  glycoside hydrolase family 28  69.94 
 
 		 671 aa  956    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0653045  normal  0.492882 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4256  glycoside hydrolase family protein  34.11 
 
 		 475 aa  253  1e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2391  glycoside hydrolase family 28  36.74 
 
 		 470 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880928  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0953  glycoside hydrolase family protein  38.27 
 
 		 463 aa  240  5e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.161663  hitchhiker  0.000000205432 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  31.49 
 
 		 865 aa  224  6e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0483  glycoside hydrolase family protein  36.07 
 
 		 446 aa  222  1.9999999999999999e-56  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0498  glycoside hydrolase family protein  35.52 
 
 		 446 aa  219  1e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.446578  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4247  glycoside hydrolase family protein  29.68 
 
 		 448 aa  193  9e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.783037  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4285  glycoside hydrolase family protein  27.6 
 
 		 543 aa  179  2e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2300  glycoside hydrolase family 28  31.06 
 
 		 455 aa  173  7.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4115  glycoside hydrolase family protein  29.08 
 
 		 560 aa  166  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2818  glycoside hydrolase family 28  29.84 
 
 		 542 aa  155  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5903  glycoside hydrolase family 28  29.22 
 
 		 521 aa  155  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.672596 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1158  glycoside hydrolase family 28  26.76 
 
 		 554 aa  154  7e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1253  glycoside hydrolase family 28  27.82 
 
 		 544 aa  154  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.80507  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4784  glycoside hydrolase family 28  28.17 
 
 		 551 aa  150  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.821545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4088  glycoside hydrolase family protein  25.68 
 
 		 522 aa  150  8e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.59776  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0610  glycoside hydrolase family 28  28.77 
 
 		 528 aa  144  8e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.826253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2567  glycoside hydrolase family protein  27.36 
 
 		 474 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2532  glycoside hydrolase family 28  28.02 
 
 		 459 aa  113  1.0000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4790  glycoside hydrolase family 28  27.1 
 
 		 541 aa  110  6e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0680897  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5506  lipolytic protein G-D-S-L family  34.48 
 
 		 727 aa  109  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00398864  hitchhiker  0.00322716 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0230  glycoside hydrolase family protein  25 
 
 		 462 aa  108  3e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2380  Galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  33.73 
 
 		 447 aa  107  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29200  endopolygalacturonase  32.34 
 
 		 431 aa  105  2e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46668  predicted protein  35.36 
 
 		 451 aa  102  3e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.000812304  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2457  glycoside hydrolase family 28  25.76 
 
 		 508 aa  100  7e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140372  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0700  glycoside hydrolase family 28  33.14 
 
 		 509 aa  99  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2736  glycoside hydrolase family protein  34.91 
 
 		 518 aa  96.3  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.835022  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6953  glycoside hydrolase family 28  29.76 
 
 		 390 aa  80.5  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3217  glycoside hydrolase family protein  23.69 
 
 		 491 aa  80.5  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3114  glycoside hydrolase family protein  30.83 
 
 		 479 aa  73.2  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2125  glycoside hydrolase family 28  22.08 
 
 		 437 aa  73.2  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5759  polygalacturonase  31.11 
 
 		 416 aa  72  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0200  glycoside hydrolase family 28  22.72 
 
 		 605 aa  70.5  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1579  glycoside hydrolase family 28  24.55 
 
 		 492 aa  70.5  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0814382 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2888  glycoside hydrolase family 28  23.81 
 
 		 530 aa  68.9  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5359  putative polygalacturonase protein  25.94 
 
 		 454 aa  67.4  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.071082  normal  0.281824 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7020  hypothetical protein  31.29 
 
 		 449 aa  67  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.361507  normal  0.742896 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3334  galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  27.22 
 
 		 478 aa  67  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473143  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3113  glycoside hydrolase family 28  26.98 
 
 		 524 aa  65.5  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00001805  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5079  Parallel beta-helix repeat protein  29.38 
 
 		 454 aa  65.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416725  normal  0.142328 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0972  glycoside hydrolase family 28  24.31 
 
 		 448 aa  64.7  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.367864  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3960  polygalacturonase  24.3 
 
 		 532 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0761528  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0153  glycoside hydrolase family 28  24.01 
 
 		 604 aa  63.9  0.000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.90665  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3371  glycoside hydrolase family 28  23.31 
 
 		 444 aa  62.4  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4228  glycoside hydrolase family protein  31.4 
 
 		 442 aa  62.8  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5374  glycoside hydrolase family 28  30.71 
 
 		 442 aa  61.2  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.558216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1489  Polygalacturonase/Pectinase  32.48 
 
 		 544 aa  60.8  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3630  glycoside hydrolase family 28  28.93 
 
 		 513 aa  60.8  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.370863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1529  glycoside hydrolase family 28  30.58 
 
 		 442 aa  60.5  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.604094  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0880  polygalacturonase precursor (pectinase) signal peptide protein  31.62 
 
 		 531 aa  58.5  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.609321  normal  0.0402395 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0824  glycoside hydrolase family 28  22.56 
 
 		 444 aa  58.2  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1569  glycoside hydrolase family 28  23.35 
 
 		 443 aa  56.6  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1710  glycoside hydrolase family 28  27.46 
 
 		 518 aa  55.8  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.190203  hitchhiker  0.00186796 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3977  glycoside hydrolase family 28  25 
 
 		 543 aa  55.8  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.722531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3629  glycoside hydrolase family 28  27.56 
 
 		 488 aa  55.8  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0717  glycoside hydrolase family 28  33.33 
 
 		 559 aa  55.1  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3030  glycoside hydrolase family 28  23.67 
 
 		 467 aa  53.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0152  glycoside hydrolase family 28  23.14 
 
 		 602 aa  52.4  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.533709  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00376  polygalacturonase  22.62 
 
 		 602 aa  52.4  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3115  glycoside hydrolase family protein  24.06 
 
 		 509 aa  51.2  0.00006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3223  glycoside hydrolase family 28  21.47 
 
 		 460 aa  50.1  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.362624  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1092  glycoside hydrolase family 28  21.17 
 
 		 460 aa  49.3  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2115  glycoside hydrolase family protein  25.6 
 
 		 460 aa  47.4  0.0008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0989  glycoside hydrolase family 28  29.6 
 
 		 402 aa  46.6  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1756  exo-poly-galacturonase signal peptide protein  22.39 
 
 		 702 aa  46.6  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0518728  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1581  glycoside hydrolase family 28  26.92 
 
 		 489 aa  44.3  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0871574 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1884  glycoside hydrolase family protein  24.41 
 
 		 606 aa  44.7  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185674  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>