85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1529 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_5374  glycoside hydrolase family 28  70.16 
 
 		 442 aa  672    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.558216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1529  glycoside hydrolase family 28  100 
 
 		 442 aa  919    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.604094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4228  glycoside hydrolase family protein  65.23 
 
 		 442 aa  616  1e-175  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29200  endopolygalacturonase  34.63 
 
 		 431 aa  164  4.0000000000000004e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2380  Galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  31.62 
 
 		 447 aa  152  8e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2818  glycoside hydrolase family 28  29.15 
 
 		 542 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2736  glycoside hydrolase family protein  30.16 
 
 		 518 aa  132  9e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.835022  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2532  glycoside hydrolase family 28  32.74 
 
 		 459 aa  130  5.0000000000000004e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6953  glycoside hydrolase family 28  34.6 
 
 		 390 aa  126  8.000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4088  glycoside hydrolase family protein  26.67 
 
 		 522 aa  125  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.59776  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4790  glycoside hydrolase family 28  28.03 
 
 		 541 aa  124  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0680897  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1710  glycoside hydrolase family 28  30 
 
 		 518 aa  120  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.190203  hitchhiker  0.00186796 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0700  glycoside hydrolase family 28  29.35 
 
 		 509 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2300  glycoside hydrolase family 28  25.46 
 
 		 455 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  26.89 
 
 		 865 aa  116  6e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3114  glycoside hydrolase family protein  27.14 
 
 		 479 aa  116  6.9999999999999995e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4256  glycoside hydrolase family protein  25.23 
 
 		 475 aa  116  6.9999999999999995e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1253  glycoside hydrolase family 28  26.84 
 
 		 544 aa  116  8.999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.80507  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3217  glycoside hydrolase family protein  31.03 
 
 		 491 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3977  glycoside hydrolase family 28  30.03 
 
 		 543 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.722531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2391  glycoside hydrolase family 28  26.11 
 
 		 470 aa  114  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880928  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0610  glycoside hydrolase family 28  25.36 
 
 		 528 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.826253  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0972  glycoside hydrolase family 28  28.11 
 
 		 448 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.367864  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4247  glycoside hydrolase family protein  26.84 
 
 		 448 aa  110  5e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.783037  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5903  glycoside hydrolase family 28  27.71 
 
 		 521 aa  109  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.672596 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3113  glycoside hydrolase family 28  29.1 
 
 		 524 aa  109  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00001805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2888  glycoside hydrolase family 28  32.89 
 
 		 530 aa  106  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3223  glycoside hydrolase family 28  25.53 
 
 		 460 aa  105  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.362624  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2115  glycoside hydrolase family protein  28.26 
 
 		 460 aa  105  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3334  galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  27.15 
 
 		 478 aa  104  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473143  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1092  glycoside hydrolase family 28  25.53 
 
 		 460 aa  104  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0953  glycoside hydrolase family protein  25.07 
 
 		 463 aa  102  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.161663  hitchhiker  0.000000205432 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3115  glycoside hydrolase family protein  26.27 
 
 		 509 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2567  glycoside hydrolase family protein  27.12 
 
 		 474 aa  99.8  8e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4784  glycoside hydrolase family 28  26.06 
 
 		 551 aa  99.4  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.821545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0483  glycoside hydrolase family protein  26.6 
 
 		 446 aa  98.6  2e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1569  glycoside hydrolase family 28  27.89 
 
 		 443 aa  99  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0498  glycoside hydrolase family protein  26.28 
 
 		 446 aa  97.4  5e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.446578  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0717  glycoside hydrolase family 28  27.72 
 
 		 559 aa  97.1  6e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0824  glycoside hydrolase family 28  27.08 
 
 		 444 aa  96.7  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46668  predicted protein  29.52 
 
 		 451 aa  96.3  1e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.000812304  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3030  glycoside hydrolase family 28  26.83 
 
 		 467 aa  95.1  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0230  glycoside hydrolase family protein  22.52 
 
 		 462 aa  94.4  4e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5359  putative polygalacturonase protein  25.56 
 
 		 454 aa  93.2  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.071082  normal  0.281824 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5759  polygalacturonase  26.54 
 
 		 416 aa  92.4  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1158  glycoside hydrolase family 28  24.18 
 
 		 554 aa  92.4  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1579  glycoside hydrolase family 28  23.97 
 
 		 492 aa  90.9  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0814382 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5079  Parallel beta-helix repeat protein  25.19 
 
 		 454 aa  90.9  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416725  normal  0.142328 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4285  glycoside hydrolase family protein  26.32 
 
 		 543 aa  90.5  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3371  glycoside hydrolase family 28  26.13 
 
 		 444 aa  86.7  8e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4115  glycoside hydrolase family protein  26.73 
 
 		 560 aa  85.5  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1581  glycoside hydrolase family 28  26.99 
 
 		 489 aa  83.6  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0871574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5506  lipolytic protein G-D-S-L family  22.73 
 
 		 727 aa  81.3  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00398864  hitchhiker  0.00322716 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7020  hypothetical protein  28.71 
 
 		 449 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.361507  normal  0.742896 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2125  glycoside hydrolase family 28  26.32 
 
 		 437 aa  79.7  0.00000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6877  hypothetical protein  25.12 
 
 		 543 aa  75.9  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0249011  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0153  glycoside hydrolase family 28  25.84 
 
 		 604 aa  72.8  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.90665  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3629  glycoside hydrolase family 28  27.14 
 
 		 488 aa  70.9  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0152  glycoside hydrolase family 28  26.76 
 
 		 602 aa  70.1  0.00000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.533709  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3321  glycoside hydrolase family 28  26.79 
 
 		 402 aa  66.2  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4858  glycoside hydrolase family 28  31.88 
 
 		 671 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0653045  normal  0.492882 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0200  glycoside hydrolase family 28  23.91 
 
 		 605 aa  63.2  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5453  glycoside hydrolase family protein  31.4 
 
 		 664 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.34591 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3221  glycoside hydrolase family protein  29.75 
 
 		 665 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.301284  normal  0.0580699 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4904  glycoside hydrolase family protein  30.58 
 
 		 665 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.399094 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0833  polygalacturonase transmembrane protein  29.71 
 
 		 680 aa  60.1  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00798361 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3630  glycoside hydrolase family 28  23.78 
 
 		 513 aa  60.1  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.370863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1884  glycoside hydrolase family protein  37.4 
 
 		 606 aa  60.1  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2457  glycoside hydrolase family 28  26.44 
 
 		 508 aa  59.7  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140372  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4603  glycoside hydrolase family protein  30.58 
 
 		 665 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.039982  hitchhiker  0.000685896 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0989  glycoside hydrolase family 28  25.27 
 
 		 402 aa  56.2  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3960  polygalacturonase  22.87 
 
 		 532 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0761528  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_16052  predicted protein  27.78 
 
 		 271 aa  52  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.032394  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1756  exo-poly-galacturonase signal peptide protein  29.27 
 
 		 702 aa  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0518728  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1410  Fibronectin type III domain protein  23.78 
 
 		 659 aa  50.1  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2862  Fibronectin type III domain protein  23.5 
 
 		 659 aa  50.1  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.331707  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03389  xylogalacturonan hydrolase (Eurofung)  26.47 
 
 		 399 aa  47.8  0.0004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.176918  normal  0.718699 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1580  Endopygalactorunase  26.01 
 
 		 246 aa  46.2  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0687608 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1489  Polygalacturonase/Pectinase  24.21 
 
 		 544 aa  46.6  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00376  polygalacturonase  25.68 
 
 		 602 aa  45.8  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6920  glycoside hydrolase family protein  28 
 
 		 458 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3277  glycoside hydrolase family protein  28 
 
 		 458 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.113275 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4887  glycoside hydrolase family protein  28 
 
 		 458 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3719  exo-poly-alpha-D-galacturonosidase precursor  23.77 
 
 		 537 aa  45.1  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46492  predicted protein  23.83 
 
 		 563 aa  43.1  0.009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.481419  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>