77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_6920 on replicon NC_008545
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008061  Bcen_4887  glycoside hydrolase family protein  99.34 
 
 
458 aa  900    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3277  glycoside hydrolase family protein  99.34 
 
 
458 aa  900    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.113275 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6920  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 
458 aa  906    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3223  glycoside hydrolase family 28  28.11 
 
 
460 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.362624  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1092  glycoside hydrolase family 28  28.25 
 
 
460 aa  117  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3030  glycoside hydrolase family 28  29.16 
 
 
467 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2115  glycoside hydrolase family protein  27.33 
 
 
460 aa  113  7.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6953  glycoside hydrolase family 28  29.68 
 
 
390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2125  glycoside hydrolase family 28  27.29 
 
 
437 aa  110  7.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3334  galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  28.89 
 
 
478 aa  105  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473143  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3321  glycoside hydrolase family 28  30.3 
 
 
402 aa  103  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4790  glycoside hydrolase family 28  28.85 
 
 
541 aa  101  3e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0680897  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0989  glycoside hydrolase family 28  30.91 
 
 
402 aa  101  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4088  glycoside hydrolase family protein  25.84 
 
 
522 aa  97.1  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.59776  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2380  Galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  25.59 
 
 
447 aa  94.7  3e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0700  glycoside hydrolase family 28  27.65 
 
 
509 aa  86.3  9e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0230  glycoside hydrolase family protein  24.09 
 
 
462 aa  86.3  0.000000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0953  glycoside hydrolase family protein  25.3 
 
 
463 aa  83.2  0.000000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.161663  hitchhiker  0.000000205432 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29200  endopolygalacturonase  26.89 
 
 
431 aa  82.8  0.00000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7020  hypothetical protein  32.54 
 
 
449 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.361507  normal  0.742896 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3630  glycoside hydrolase family 28  26.37 
 
 
513 aa  80.9  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.370863  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1489  Polygalacturonase/Pectinase  25.45 
 
 
544 aa  80.5  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  25.13 
 
 
865 aa  79.7  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3960  polygalacturonase  25.13 
 
 
532 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0761528  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4256  glycoside hydrolase family protein  26.34 
 
 
475 aa  77.4  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2736  glycoside hydrolase family protein  27.24 
 
 
518 aa  76.6  0.0000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.835022  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2818  glycoside hydrolase family 28  24.02 
 
 
542 aa  75.5  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4784  glycoside hydrolase family 28  23.64 
 
 
551 aa  75.5  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.821545  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0880  polygalacturonase precursor (pectinase) signal peptide protein  29.33 
 
 
531 aa  74.3  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.609321  normal  0.0402395 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4247  glycoside hydrolase family protein  25.69 
 
 
448 aa  73.2  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.783037  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3629  glycoside hydrolase family 28  26.79 
 
 
488 aa  72.8  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2391  glycoside hydrolase family 28  23.12 
 
 
470 aa  69.7  0.00000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880928  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1628  polygalacturonase precursor  28.48 
 
 
544 aa  68.6  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1570  glycoside hydrolase family protein  28.48 
 
 
544 aa  68.9  0.0000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4285  glycoside hydrolase family protein  24.91 
 
 
543 aa  68.2  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2532  glycoside hydrolase family 28  31.94 
 
 
459 aa  64.7  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2567  glycoside hydrolase family protein  25.62 
 
 
474 aa  64.3  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2457  glycoside hydrolase family 28  25.07 
 
 
508 aa  64.7  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140372  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0498  glycoside hydrolase family protein  24.31 
 
 
446 aa  64.3  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.446578  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00376  polygalacturonase  25.63 
 
 
602 aa  60.8  0.00000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0610  glycoside hydrolase family 28  26.42 
 
 
528 aa  60.8  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.826253  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1158  glycoside hydrolase family 28  23.64 
 
 
554 aa  60.8  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0483  glycoside hydrolase family protein  24.34 
 
 
446 aa  60.5  0.00000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1253  glycoside hydrolase family 28  23.45 
 
 
544 aa  59.3  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.80507  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3115  glycoside hydrolase family protein  22.5 
 
 
509 aa  59.7  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5664  glycoside hydrolase family protein  25.96 
 
 
725 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4115  glycoside hydrolase family protein  22.8 
 
 
560 aa  58.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6029  glycoside hydrolase family protein  25.96 
 
 
725 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0491802  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5506  lipolytic protein G-D-S-L family  34.15 
 
 
727 aa  58.2  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00398864  hitchhiker  0.00322716 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06656  endopolygalacturonase (Eurofung)  29.32 
 
 
514 aa  57  0.0000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1410  Fibronectin type III domain protein  22.67 
 
 
659 aa  57  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3113  glycoside hydrolase family 28  24.09 
 
 
524 aa  57  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00001805  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2862  Fibronectin type III domain protein  23 
 
 
659 aa  55.5  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.331707  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5374  glycoside hydrolase family 28  25.09 
 
 
442 aa  54.7  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.558216  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4228  glycoside hydrolase family protein  24.3 
 
 
442 aa  53.5  0.000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09045  Exo-polygalacturonasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ARN5]  24.66 
 
 
449 aa  52.8  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.787834  normal  0.693442 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5982  glycoside hydrolase family protein  24.18 
 
 
716 aa  52.4  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.113133 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2300  glycoside hydrolase family 28  26.58 
 
 
455 aa  51.2  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2888  glycoside hydrolase family 28  23.08 
 
 
530 aa  51.6  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022046  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5903  glycoside hydrolase family 28  22.83 
 
 
521 aa  51.6  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.672596 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5359  putative polygalacturonase protein  25.85 
 
 
454 aa  50.4  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.071082  normal  0.281824 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0153  glycoside hydrolase family 28  24.73 
 
 
604 aa  50.1  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.90665  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC02590  polygalacturonase, putative  25 
 
 
478 aa  49.7  0.0001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5079  Parallel beta-helix repeat protein  22.55 
 
 
454 aa  49.7  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416725  normal  0.142328 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1884  glycoside hydrolase family protein  24.43 
 
 
606 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185674  normal 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_16052  predicted protein  25.13 
 
 
271 aa  48.9  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.032394  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3977  glycoside hydrolase family 28  21.74 
 
 
543 aa  47.8  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.722531  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0152  glycoside hydrolase family 28  23.33 
 
 
602 aa  47.4  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.533709  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03389  xylogalacturonan hydrolase (Eurofung)  24.34 
 
 
399 aa  47  0.0007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.176918  normal  0.718699 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0717  glycoside hydrolase family 28  24.91 
 
 
559 aa  46.2  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0824  glycoside hydrolase family 28  22.31 
 
 
444 aa  46.2  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46668  predicted protein  24.91 
 
 
451 aa  45.8  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.000812304  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46492  predicted protein  26.21 
 
 
563 aa  45.4  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.481419  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1529  glycoside hydrolase family 28  28 
 
 
442 aa  45.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.604094  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1579  glycoside hydrolase family 28  21.95 
 
 
492 aa  45.4  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0814382 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08761  Exo-polygalacturonasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ASG9]  22.8 
 
 
434 aa  45.1  0.003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.987401 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0200  glycoside hydrolase family 28  24.17 
 
 
605 aa  43.1  0.01  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>