75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5759 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5759  polygalacturonase  100 
 
 		 416 aa  835    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5079  Parallel beta-helix repeat protein  65.22 
 
 		 454 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416725  normal  0.142328 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5359  putative polygalacturonase protein  65.22 
 
 		 454 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.071082  normal  0.281824 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0972  glycoside hydrolase family 28  38.07 
 
 		 448 aa  286  5e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.367864  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0824  glycoside hydrolase family 28  36.01 
 
 		 444 aa  279  7e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3371  glycoside hydrolase family 28  35.73 
 
 		 444 aa  269  8e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3114  glycoside hydrolase family protein  29.14 
 
 		 479 aa  181  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3217  glycoside hydrolase family protein  27.16 
 
 		 491 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29200  endopolygalacturonase  38.43 
 
 		 431 aa  151  2e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3977  glycoside hydrolase family 28  29.39 
 
 		 543 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.722531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2532  glycoside hydrolase family 28  39.11 
 
 		 459 aa  133  5e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2380  Galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  30.88 
 
 		 447 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4790  glycoside hydrolase family 28  29.13 
 
 		 541 aa  124  3e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0680897  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4088  glycoside hydrolase family protein  28.33 
 
 		 522 aa  120  3.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.59776  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_16052  predicted protein  30.33 
 
 		 271 aa  120  3.9999999999999996e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.032394  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2818  glycoside hydrolase family 28  24.4 
 
 		 542 aa  116  8.999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3113  glycoside hydrolase family 28  28.83 
 
 		 524 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00001805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3115  glycoside hydrolase family protein  28.57 
 
 		 509 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1569  glycoside hydrolase family 28  24.64 
 
 		 443 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0610  glycoside hydrolase family 28  25.86 
 
 		 528 aa  113  7.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.826253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4285  glycoside hydrolase family protein  31.18 
 
 		 543 aa  112  9e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  29.89 
 
 		 865 aa  109  9.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1158  glycoside hydrolase family 28  27.08 
 
 		 554 aa  107  5e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2391  glycoside hydrolase family 28  28.25 
 
 		 470 aa  106  6e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880928  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1710  glycoside hydrolase family 28  25.91 
 
 		 518 aa  106  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.190203  hitchhiker  0.00186796 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1253  glycoside hydrolase family 28  27.37 
 
 		 544 aa  106  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.80507  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1581  glycoside hydrolase family 28  24.6 
 
 		 489 aa  104  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0871574 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4784  glycoside hydrolase family 28  26.8 
 
 		 551 aa  103  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.821545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5374  glycoside hydrolase family 28  28.06 
 
 		 442 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.558216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0700  glycoside hydrolase family 28  26.06 
 
 		 509 aa  102  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1579  glycoside hydrolase family 28  28.03 
 
 		 492 aa  99.8  7e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0814382 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0498  glycoside hydrolase family protein  29.83 
 
 		 446 aa  98.6  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.446578  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2888  glycoside hydrolase family 28  25.16 
 
 		 530 aa  98.2  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0483  glycoside hydrolase family protein  29.15 
 
 		 446 aa  98.6  2e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5903  glycoside hydrolase family 28  26.81 
 
 		 521 aa  98.6  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.672596 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2125  glycoside hydrolase family 28  25.47 
 
 		 437 aa  96.3  8e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2736  glycoside hydrolase family protein  28.07 
 
 		 518 aa  94.7  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.835022  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0953  glycoside hydrolase family protein  26.62 
 
 		 463 aa  94.7  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.161663  hitchhiker  0.000000205432 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6953  glycoside hydrolase family 28  26.51 
 
 		 390 aa  94  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4228  glycoside hydrolase family protein  26.44 
 
 		 442 aa  93.6  6e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5506  lipolytic protein G-D-S-L family  28.94 
 
 		 727 aa  93.2  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00398864  hitchhiker  0.00322716 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2567  glycoside hydrolase family protein  24 
 
 		 474 aa  92.4  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1529  glycoside hydrolase family 28  26.54 
 
 		 442 aa  92.4  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.604094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2300  glycoside hydrolase family 28  26.21 
 
 		 455 aa  91.7  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4115  glycoside hydrolase family protein  23.97 
 
 		 560 aa  85.9  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3334  galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  24.91 
 
 		 478 aa  84.3  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473143  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46668  predicted protein  32.43 
 
 		 451 aa  84.3  0.000000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.000812304  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6877  hypothetical protein  26.22 
 
 		 543 aa  81.3  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0249011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3221  glycoside hydrolase family protein  31.74 
 
 		 665 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.301284  normal  0.0580699 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2457  glycoside hydrolase family 28  26.23 
 
 		 508 aa  78.2  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140372  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0717  glycoside hydrolase family 28  25.82 
 
 		 559 aa  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3030  glycoside hydrolase family 28  27.6 
 
 		 467 aa  78.2  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4247  glycoside hydrolase family protein  23.68 
 
 		 448 aa  76.3  0.0000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.783037  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4256  glycoside hydrolase family protein  23.81 
 
 		 475 aa  75.5  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0230  glycoside hydrolase family protein  27.95 
 
 		 462 aa  73.9  0.000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1580  Endopygalactorunase  27.32 
 
 		 246 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0687608 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5453  glycoside hydrolase family protein  31.11 
 
 		 664 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.34591 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4904  glycoside hydrolase family protein  31.11 
 
 		 665 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.399094 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3223  glycoside hydrolase family 28  24.44 
 
 		 460 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.362624  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1170  glycoside hydrolase family protein  24.52 
 
 		 548 aa  72  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1092  glycoside hydrolase family 28  24.44 
 
 		 460 aa  71.6  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4603  glycoside hydrolase family protein  29.94 
 
 		 665 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.039982  hitchhiker  0.000685896 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2115  glycoside hydrolase family protein  24.81 
 
 		 460 aa  69.7  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0833  polygalacturonase transmembrane protein  31.45 
 
 		 680 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00798361 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4858  glycoside hydrolase family 28  27.41 
 
 		 671 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0653045  normal  0.492882 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3464  Carbohydrate binding family 6  25 
 
 		 649 aa  65.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235288  hitchhiker  0.0024319 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3719  exo-poly-alpha-D-galacturonosidase precursor  22.51 
 
 		 537 aa  63.2  0.000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0989  glycoside hydrolase family 28  22.77 
 
 		 402 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3321  glycoside hydrolase family 28  22.77 
 
 		 402 aa  61.6  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7020  hypothetical protein  26.24 
 
 		 449 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.361507  normal  0.742896 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3630  glycoside hydrolase family 28  28.66 
 
 		 513 aa  56.6  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.370863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1711  endopygalactorunase-like protein  21.12 
 
 		 620 aa  51.2  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0124  Endopygalactorunase-like protein  24.72 
 
 		 641 aa  49.3  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.778802  normal  0.020189 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3629  glycoside hydrolase family 28  23.16 
 
 		 488 aa  45.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08891  Exopolygalacturonase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q873X6]  30 
 
 		 440 aa  45.1  0.002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.47713 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>