102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2125 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2125  glycoside hydrolase family 28  100 
 
 		 437 aa  889    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3030  glycoside hydrolase family 28  33.72 
 
 		 467 aa  190  4e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1092  glycoside hydrolase family 28  31.5 
 
 		 460 aa  189  9e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2115  glycoside hydrolase family protein  32.54 
 
 		 460 aa  188  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4088  glycoside hydrolase family protein  32.56 
 
 		 522 aa  187  3e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.59776  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3223  glycoside hydrolase family 28  31.08 
 
 		 460 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.362624  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29200  endopolygalacturonase  32.8 
 
 		 431 aa  183  6e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4790  glycoside hydrolase family 28  32.91 
 
 		 541 aa  181  2e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0680897  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2380  Galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  31.65 
 
 		 447 aa  177  2e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2818  glycoside hydrolase family 28  30.77 
 
 		 542 aa  177  4e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0989  glycoside hydrolase family 28  34.42 
 
 		 402 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0230  glycoside hydrolase family protein  31.83 
 
 		 462 aa  167  2.9999999999999998e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6953  glycoside hydrolase family 28  31.66 
 
 		 390 aa  165  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3321  glycoside hydrolase family 28  34.3 
 
 		 402 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0700  glycoside hydrolase family 28  32.05 
 
 		 509 aa  162  1e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1253  glycoside hydrolase family 28  27.21 
 
 		 544 aa  161  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.80507  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3334  galacturan 1,4-alpha-galacturonidase  29.54 
 
 		 478 aa  155  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473143  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2736  glycoside hydrolase family protein  29.05 
 
 		 518 aa  154  4e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.835022  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2567  glycoside hydrolase family protein  29.12 
 
 		 474 aa  153  5e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1158  glycoside hydrolase family 28  27.93 
 
 		 554 aa  153  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4115  glycoside hydrolase family protein  27.55 
 
 		 560 aa  152  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2532  glycoside hydrolase family 28  30.54 
 
 		 459 aa  151  2e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5506  lipolytic protein G-D-S-L family  25.99 
 
 		 727 aa  150  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00398864  hitchhiker  0.00322716 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4285  glycoside hydrolase family protein  29.1 
 
 		 543 aa  149  1.0000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0610  glycoside hydrolase family 28  29.52 
 
 		 528 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.826253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4784  glycoside hydrolase family 28  25.79 
 
 		 551 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.821545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2457  glycoside hydrolase family 28  28.65 
 
 		 508 aa  142  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140372  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4270  glycosy hydrolase family protein  30.29 
 
 		 865 aa  138  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0354367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4247  glycoside hydrolase family protein  27.42 
 
 		 448 aa  132  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.783037  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2391  glycoside hydrolase family 28  27.62 
 
 		 470 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880928  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0953  glycoside hydrolase family protein  28.13 
 
 		 463 aa  121  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.161663  hitchhiker  0.000000205432 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4256  glycoside hydrolase family protein  26.37 
 
 		 475 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46668  predicted protein  26.68 
 
 		 451 aa  115  2.0000000000000002e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.000812304  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5903  glycoside hydrolase family 28  27.66 
 
 		 521 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.672596 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7020  hypothetical protein  27.88 
 
 		 449 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.361507  normal  0.742896 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3115  glycoside hydrolase family protein  27.81 
 
 		 509 aa  113  6e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1569  glycoside hydrolase family 28  27.32 
 
 		 443 aa  113  6e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3960  polygalacturonase  29.95 
 
 		 532 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0761528  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0498  glycoside hydrolase family protein  25.32 
 
 		 446 aa  110  5e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.446578  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3977  glycoside hydrolase family 28  27.55 
 
 		 543 aa  107  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.722531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1489  Polygalacturonase/Pectinase  29.04 
 
 		 544 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0483  glycoside hydrolase family protein  25.19 
 
 		 446 aa  106  7e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1710  glycoside hydrolase family 28  28.62 
 
 		 518 aa  106  7e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.190203  hitchhiker  0.00186796 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0824  glycoside hydrolase family 28  23.97 
 
 		 444 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3113  glycoside hydrolase family 28  28.72 
 
 		 524 aa  104  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00001805  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0972  glycoside hydrolase family 28  24.8 
 
 		 448 aa  103  6e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.367864  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2300  glycoside hydrolase family 28  25.33 
 
 		 455 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2888  glycoside hydrolase family 28  26.67 
 
 		 530 aa  102  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5079  Parallel beta-helix repeat protein  28.1 
 
 		 454 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416725  normal  0.142328 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1579  glycoside hydrolase family 28  26.21 
 
 		 492 aa  97.8  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0814382 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5759  polygalacturonase  25.47 
 
 		 416 aa  96.3  9e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0152  glycoside hydrolase family 28  27.37 
 
 		 602 aa  96.3  9e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.533709  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4887  glycoside hydrolase family protein  26.4 
 
 		 458 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3277  glycoside hydrolase family protein  26.4 
 
 		 458 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.113275 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5359  putative polygalacturonase protein  25.87 
 
 		 454 aa  96.3  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.071082  normal  0.281824 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3114  glycoside hydrolase family protein  23.96 
 
 		 479 aa  95.1  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6920  glycoside hydrolase family protein  26.45 
 
 		 458 aa  94.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0200  glycoside hydrolase family 28  27.27 
 
 		 605 aa  93.6  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0153  glycoside hydrolase family 28  27.47 
 
 		 604 aa  93.6  6e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.90665  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0880  polygalacturonase precursor (pectinase) signal peptide protein  28 
 
 		 531 aa  92.4  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.609321  normal  0.0402395 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1581  glycoside hydrolase family 28  28.19 
 
 		 489 aa  90.5  5e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0871574 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3217  glycoside hydrolase family protein  26.34 
 
 		 491 aa  88.2  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3371  glycoside hydrolase family 28  23.2 
 
 		 444 aa  88.6  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3629  glycoside hydrolase family 28  27 
 
 		 488 aa  85.1  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3630  glycoside hydrolase family 28  26.33 
 
 		 513 aa  85.1  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.370863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1410  Fibronectin type III domain protein  24.15 
 
 		 659 aa  85.5  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1884  glycoside hydrolase family protein  25.45 
 
 		 606 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00376  polygalacturonase  25.79 
 
 		 602 aa  82.8  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1580  Endopygalactorunase  29.87 
 
 		 246 aa  81.6  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0687608 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10274  exo-polygalacturonase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G06410)  28.5 
 
 		 424 aa  80.9  0.00000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4228  glycoside hydrolase family protein  23.9 
 
 		 442 aa  80.5  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2862  Fibronectin type III domain protein  24.4 
 
 		 659 aa  80.5  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.331707  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1529  glycoside hydrolase family 28  26.32 
 
 		 442 aa  79.7  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.604094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1570  glycoside hydrolase family protein  24.58 
 
 		 544 aa  79  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1628  polygalacturonase precursor  24.3 
 
 		 544 aa  76.3  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0717  glycoside hydrolase family 28  28.7 
 
 		 559 aa  75.5  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4858  glycoside hydrolase family 28  23.94 
 
 		 671 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0653045  normal  0.492882 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5374  glycoside hydrolase family 28  26.26 
 
 		 442 aa  74.3  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.558216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4904  glycoside hydrolase family protein  22.08 
 
 		 665 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.399094 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3719  exo-poly-alpha-D-galacturonosidase precursor  30.2 
 
 		 537 aa  70.5  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5453  glycoside hydrolase family protein  22.51 
 
 		 664 aa  67  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.34591 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4603  glycoside hydrolase family protein  22.75 
 
 		 665 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.039982  hitchhiker  0.000685896 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08891  Exopolygalacturonase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q873X6]  23.87 
 
 		 440 aa  65.5  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.47713 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1756  exo-poly-galacturonase signal peptide protein  22.44 
 
 		 702 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0518728  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6877  hypothetical protein  29.6 
 
 		 543 aa  64.7  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0249011  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0833  polygalacturonase transmembrane protein  24.4 
 
 		 680 aa  63.9  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00798361 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5982  glycoside hydrolase family protein  29.7 
 
 		 716 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.113133 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5664  glycoside hydrolase family protein  32.69 
 
 		 725 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6029  glycoside hydrolase family protein  32.69 
 
 		 725 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0491802  normal  0.885513 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06656  endopolygalacturonase (Eurofung)  25.41 
 
 		 514 aa  61.2  0.00000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_16052  predicted protein  26.25 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.032394  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04372  Endo-polygalacturonase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFT2]  26.5 
 
 		 361 aa  60.5  0.00000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.217421 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08327  Endo-polygalacturonasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ATQ3]  26.01 
 
 		 380 aa  60.1  0.00000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.23769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3221  glycoside hydrolase family protein  23.96 
 
 		 665 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.301284  normal  0.0580699 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3464  Carbohydrate binding family 6  26.4 
 
 		 649 aa  58.9  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235288  hitchhiker  0.0024319 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1922  Endopygalactorunase-like protein  24.88 
 
 		 669 aa  55.5  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.449199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46492  predicted protein  24.78 
 
 		 563 aa  51.2  0.00004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.481419  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1711  endopygalactorunase-like protein  25.27 
 
 		 620 aa  50.8  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08761  Exo-polygalacturonasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ASG9]  25 
 
 		 434 aa  46.6  0.0009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.987401 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03389  xylogalacturonan hydrolase (Eurofung)  23.3 
 
 		 399 aa  44.7  0.004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.176918  normal  0.718699 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>