More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_2538 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 182 aa  345  3e-94  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  58.9 
 
 		 181 aa  170  1e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  57.58 
 
 		 188 aa  154  6e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  55.83 
 
 		 214 aa  145  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  49.7 
 
 		 172 aa  133  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  44.83 
 
 		 184 aa  131  5e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  48.8 
 
 		 171 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  48.24 
 
 		 174 aa  126  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  48.19 
 
 		 167 aa  125  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  47.88 
 
 		 170 aa  123  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  45.88 
 
 		 194 aa  123  1e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  49.09 
 
 		 170 aa  122  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  43.64 
 
 		 187 aa  122  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  44.24 
 
 		 169 aa  121  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  42.59 
 
 		 181 aa  120  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  46.67 
 
 		 171 aa  117  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  43.82 
 
 		 180 aa  115  3.9999999999999997e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  41.81 
 
 		 180 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  45.68 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  45.35 
 
 		 184 aa  107  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  41.67 
 
 		 172 aa  102  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  48.37 
 
 		 177 aa  102  4e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  44.44 
 
 		 174 aa  101  5e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  40.12 
 
 		 197 aa  101  7e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  39.66 
 
 		 179 aa  100  9e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  42.86 
 
 		 200 aa  99.8  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  39.05 
 
 		 173 aa  97.4  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  39.64 
 
 		 173 aa  95.9  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  36.49 
 
 		 225 aa  95.5  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  39.64 
 
 		 173 aa  95.9  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  41.82 
 
 		 176 aa  95.5  3e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  39.64 
 
 		 173 aa  95.9  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 		 198 aa  93.2  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  38.69 
 
 		 176 aa  89.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  37.28 
 
 		 172 aa  88.2  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  34.97 
 
 		 199 aa  87.8  8e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 171 aa  85.1  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 		 187 aa  84.7  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  36.76 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  35.8 
 
 		 167 aa  81.6  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  32.34 
 
 		 174 aa  80.9  0.000000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  34.25 
 
 		 169 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 		 176 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  38.46 
 
 		 172 aa  80.1  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  34.73 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  33.7 
 
 		 169 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  38.15 
 
 		 176 aa  78.6  0.00000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 189 aa  77.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  34.66 
 
 		 166 aa  77  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  31.46 
 
 		 179 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  40.12 
 
 		 185 aa  77  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  33.93 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  33.7 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 		 188 aa  77.4  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 		 176 aa  77  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  24.43 
 
 		 179 aa  76.3  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  36.67 
 
 		 166 aa  76.6  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  35.84 
 
 		 169 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  33.75 
 
 		 189 aa  75.1  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  33.71 
 
 		 191 aa  75.1  0.0000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  33.75 
 
 		 189 aa  75.1  0.0000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  33.89 
 
 		 206 aa  74.7  0.0000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  23.43 
 
 		 179 aa  74.3  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  37.25 
 
 		 163 aa  73.6  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 		 189 aa  73.2  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  32.35 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  34.44 
 
 		 177 aa  72.8  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  28.49 
 
 		 176 aa  71.6  0.000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  22.99 
 
 		 179 aa  70.9  0.000000000009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  33.7 
 
 		 182 aa  70.9  0.000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  33.12 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  34.57 
 
 		 199 aa  70.1  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  37.72 
 
 		 157 aa  69.3  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  23.3 
 
 		 179 aa  69.3  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 		 184 aa  69.3  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  34.92 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  34.92 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 		 181 aa  68.6  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  35.5 
 
 		 184 aa  68.2  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  25.88 
 
 		 167 aa  68.2  0.00000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 		 182 aa  68.2  0.00000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 		 186 aa  68.2  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  36.42 
 
 		 201 aa  68.2  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  33.93 
 
 		 184 aa  67.8  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  31.58 
 
 		 200 aa  67.8  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  35.03 
 
 		 204 aa  67.8  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  26.35 
 
 		 166 aa  67.8  0.00000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  30.73 
 
 		 180 aa  67.4  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  31.06 
 
 		 212 aa  67  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  28.66 
 
 		 169 aa  67  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  35.75 
 
 		 231 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  27.17 
 
 		 176 aa  67  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  31.61 
 
 		 168 aa  66.2  0.0000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  32.8 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  31.36 
 
 		 169 aa  66.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  30.3 
 
 		 185 aa  66.6  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  30.19 
 
 		 172 aa  66.2  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>