More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1420 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 188 aa  370  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  47.98 
 
 		 198 aa  157  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  46.51 
 
 		 199 aa  155  3e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  47.93 
 
 		 182 aa  150  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  49.7 
 
 		 173 aa  149  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  48.81 
 
 		 173 aa  148  4e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  44.38 
 
 		 201 aa  147  7e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  46.71 
 
 		 176 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  47.65 
 
 		 176 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  46.71 
 
 		 176 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  45.18 
 
 		 166 aa  134  8e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  44.31 
 
 		 169 aa  128  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  43.71 
 
 		 169 aa  128  6e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  42.6 
 
 		 187 aa  127  6e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  46.95 
 
 		 200 aa  127  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  42.68 
 
 		 169 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  45.24 
 
 		 223 aa  124  7e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  39.18 
 
 		 171 aa  124  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  45.24 
 
 		 223 aa  123  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  42.07 
 
 		 212 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  42.33 
 
 		 167 aa  124  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  41.76 
 
 		 189 aa  122  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  45.16 
 
 		 173 aa  121  5e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  42.62 
 
 		 224 aa  121  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 		 168 aa  121  7e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  38.73 
 
 		 189 aa  121  7e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  40.49 
 
 		 189 aa  120  9e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  40.49 
 
 		 189 aa  120  9e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  44.51 
 
 		 204 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  40 
 
 		 189 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  37.16 
 
 		 221 aa  118  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  40.35 
 
 		 206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  41.62 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  39.51 
 
 		 185 aa  113  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  41.34 
 
 		 185 aa  112  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  42.77 
 
 		 176 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  30.23 
 
 		 173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 		 175 aa  108  5e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  38.01 
 
 		 191 aa  104  6e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  35.03 
 
 		 194 aa  91.7  6e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  34.36 
 
 		 168 aa  89  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  40.52 
 
 		 166 aa  89  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0648  16S rRNA processing protein RimM  31.58 
 
 		 181 aa  87.4  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.144328  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  36.05 
 
 		 181 aa  86.7  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  38.71 
 
 		 163 aa  86.3  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  34.48 
 
 		 189 aa  85.1  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  37.95 
 
 		 157 aa  85.1  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 		 191 aa  84.3  8e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 		 178 aa  84  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 		 178 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  36.65 
 
 		 188 aa  83.2  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  34.29 
 
 		 179 aa  83.2  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 		 178 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  31.79 
 
 		 178 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 		 170 aa  82  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  37.43 
 
 		 172 aa  81.6  0.000000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  36.31 
 
 		 170 aa  81.3  0.000000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 		 178 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  35.09 
 
 		 172 aa  79.3  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  36.69 
 
 		 169 aa  79.3  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  34.52 
 
 		 171 aa  79  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 184 aa  79  0.00000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  37.57 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  25.28 
 
 		 179 aa  77.4  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 167 aa  77.4  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 176 aa  77  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  32.58 
 
 		 176 aa  76.3  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  36.31 
 
 		 180 aa  76.6  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  29.67 
 
 		 213 aa  76.6  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 		 178 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 		 190 aa  75.9  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 		 175 aa  75.9  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  35.47 
 
 		 172 aa  75.9  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  32.32 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  35.2 
 
 		 180 aa  75.1  0.0000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  27.84 
 
 		 179 aa  75.1  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 		 182 aa  75.1  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  35.33 
 
 		 199 aa  74.7  0.0000000000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  27.17 
 
 		 179 aa  74.7  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  32.02 
 
 		 180 aa  74.3  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 		 170 aa  73.9  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  33.93 
 
 		 169 aa  74.3  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  29.94 
 
 		 178 aa  73.9  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 		 164 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  32.3 
 
 		 160 aa  73.9  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  32.08 
 
 		 181 aa  74.3  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 		 170 aa  74.3  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  31.4 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 183 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 		 184 aa  73.6  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 183 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 		 175 aa  72.8  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 183 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  31.93 
 
 		 176 aa  73.2  0.000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>