More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0182 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
169 aa  332  2e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  88.17 
 
 
169 aa  291  3e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  87.57 
 
 
169 aa  290  7e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  74.1 
 
 
167 aa  253  6e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  67.26 
 
 
187 aa  231  4.0000000000000004e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  69.7 
 
 
166 aa  223  7e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  64.63 
 
 
171 aa  215  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  51.53 
 
 
176 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  50.92 
 
 
198 aa  158  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  50.62 
 
 
173 aa  157  9e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  50.31 
 
 
176 aa  156  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  51.5 
 
 
201 aa  155  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  49.7 
 
 
176 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  51.85 
 
 
173 aa  155  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  50 
 
 
182 aa  153  9e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  47.85 
 
 
199 aa  137  4.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  43.56 
 
 
185 aa  135  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  45 
 
 
200 aa  130  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  44.91 
 
 
189 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  47.59 
 
 
204 aa  128  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  43.71 
 
 
189 aa  127  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  42.68 
 
 
188 aa  127  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  46.06 
 
 
176 aa  124  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 
173 aa  124  6e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 
224 aa  124  9e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  35.76 
 
 
168 aa  121  4e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  44.94 
 
 
212 aa  121  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  44.31 
 
 
223 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  44.31 
 
 
223 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  39.38 
 
 
189 aa  119  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  43.71 
 
 
221 aa  118  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  46.5 
 
 
173 aa  117  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  40.37 
 
 
185 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  38.32 
 
 
189 aa  113  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  38.32 
 
 
189 aa  113  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 
175 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  42.51 
 
 
231 aa  110  8.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  38.99 
 
 
191 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  41.42 
 
 
188 aa  102  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  41.25 
 
 
206 aa  100  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 
172 aa  95.5  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  41.29 
 
 
163 aa  94.4  6e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
173 aa  89.4  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  37.06 
 
 
174 aa  88.6  4e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  32.5 
 
 
174 aa  88.2  5e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  30.86 
 
 
176 aa  87.4  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  30.18 
 
 
176 aa  87  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  39.76 
 
 
170 aa  87  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  39.76 
 
 
170 aa  85.5  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  32.16 
 
 
172 aa  85.5  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  31.71 
 
 
176 aa  85.5  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 
176 aa  85.5  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  29.81 
 
 
175 aa  84.7  6e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  36.97 
 
 
157 aa  84.3  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  35.15 
 
 
170 aa  84.3  7e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  38.18 
 
 
167 aa  84.3  7e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  30.11 
 
 
175 aa  83.2  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  38.55 
 
 
169 aa  82.8  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
176 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  38.1 
 
 
166 aa  82  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 
176 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  35.71 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  31.58 
 
 
172 aa  80.9  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 
173 aa  80.5  0.000000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  33.96 
 
 
189 aa  80.5  0.000000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 
173 aa  80.5  0.000000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 
173 aa  80.5  0.000000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  27.38 
 
 
184 aa  80.1  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  80.1  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  30.3 
 
 
178 aa  80.5  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  32.5 
 
 
175 aa  79.7  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  27.33 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  27.81 
 
 
176 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  29.24 
 
 
176 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
171 aa  80.1  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 
191 aa  79.7  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  33.97 
 
 
160 aa  79.3  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  35.93 
 
 
172 aa  79  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
176 aa  79  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  29.27 
 
 
176 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  31.71 
 
 
175 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  24.18 
 
 
179 aa  78.6  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  37.79 
 
 
172 aa  78.2  0.00000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 
179 aa  78.2  0.00000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  37.28 
 
 
171 aa  78.2  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  34.34 
 
 
176 aa  78.2  0.00000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  24.04 
 
 
179 aa  77.8  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
182 aa  77.4  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  32.39 
 
 
170 aa  77.4  0.00000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  24.04 
 
 
179 aa  77.4  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
189 aa  77.4  0.00000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  27.06 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  35.03 
 
 
180 aa  76.6  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  32.94 
 
 
169 aa  77  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 
183 aa  76.6  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  31.71 
 
 
175 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  29.27 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  31.9 
 
 
170 aa  76.3  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  35.84 
 
 
182 aa  76.3  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>