More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2609 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 171 aa  342  1e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  66.27 
 
 		 166 aa  223  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  64.63 
 
 		 169 aa  215  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  63.52 
 
 		 167 aa  214  4e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  59.52 
 
 		 187 aa  207  8e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  61.59 
 
 		 169 aa  204  6e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  61.59 
 
 		 169 aa  203  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  46.63 
 
 		 198 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  45.68 
 
 		 182 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  46.95 
 
 		 200 aa  142  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  44.79 
 
 		 176 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  45 
 
 		 176 aa  141  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  42.11 
 
 		 185 aa  140  7e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  41.36 
 
 		 173 aa  137  4.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  42.07 
 
 		 176 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  41.36 
 
 		 173 aa  131  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  44.85 
 
 		 201 aa  129  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  40 
 
 		 199 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  43.83 
 
 		 185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  39.18 
 
 		 188 aa  124  8.000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  43.86 
 
 		 231 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  43.2 
 
 		 224 aa  118  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  42.42 
 
 		 189 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  42.26 
 
 		 204 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  42.42 
 
 		 189 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  42.42 
 
 		 221 aa  114  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  41.42 
 
 		 223 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  41.42 
 
 		 223 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  40.96 
 
 		 176 aa  112  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 		 173 aa  107  7.000000000000001e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  40.85 
 
 		 212 aa  107  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  41.67 
 
 		 173 aa  105  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  38.18 
 
 		 191 aa  102  2e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  41.22 
 
 		 163 aa  102  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  37.58 
 
 		 189 aa  99.4  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  37.58 
 
 		 189 aa  99.4  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 175 aa  98.2  5e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  35.58 
 
 		 189 aa  96.7  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 168 aa  96.7  1e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  40.12 
 
 		 206 aa  95.1  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  36.54 
 
 		 166 aa  92  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  36.25 
 
 		 172 aa  90.5  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  34.57 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  35.22 
 
 		 160 aa  88.2  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 		 175 aa  87.8  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  30.19 
 
 		 174 aa  87.8  7e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  31.79 
 
 		 175 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  32.95 
 
 		 182 aa  85.1  4e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 		 176 aa  84.7  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  30.63 
 
 		 179 aa  84.7  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  38.18 
 
 		 188 aa  85.1  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 		 176 aa  84.3  7e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0885  16S rRNA processing protein RimM  38.18 
 
 		 170 aa  84  8e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  35.15 
 
 		 167 aa  82.8  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  31.71 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 		 178 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  35.62 
 
 		 167 aa  82  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  29.05 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  35.8 
 
 		 157 aa  81.6  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  32.54 
 
 		 170 aa  81.3  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 		 170 aa  80.9  0.000000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  34.88 
 
 		 174 aa  80.9  0.000000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  30.67 
 
 		 189 aa  79.7  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  31.93 
 
 		 170 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  31.1 
 
 		 176 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  32.3 
 
 		 175 aa  79  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  31.06 
 
 		 178 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  31.06 
 
 		 178 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 		 170 aa  77.4  0.00000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  29.52 
 
 		 176 aa  77  0.0000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  33.91 
 
 		 178 aa  76.6  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  30.23 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  29.27 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  32.84 
 
 		 176 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  29.65 
 
 		 175 aa  75.9  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  31.06 
 
 		 178 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  31.06 
 
 		 178 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  29.27 
 
 		 168 aa  75.1  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 		 176 aa  75.1  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 172 aa  74.7  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  35.2 
 
 		 233 aa  74.3  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 172 aa  73.9  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  22.99 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 		 179 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  22.99 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  27.81 
 
 		 169 aa  72.8  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  31.03 
 
 		 180 aa  72.8  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  28.66 
 
 		 172 aa  73.2  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  28.66 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  28.66 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  28.81 
 
 		 191 aa  72.8  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 		 182 aa  72.4  0.000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 		 182 aa  72.4  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  28.82 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 		 183 aa  72  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>