More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0223 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 176 aa  348  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  77.78 
 
 		 176 aa  271  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  75.14 
 
 		 176 aa  269  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  75.74 
 
 		 182 aa  264  5e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  74.71 
 
 		 198 aa  260  8e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  71.76 
 
 		 173 aa  252  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  70.06 
 
 		 173 aa  244  3e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  52.15 
 
 		 185 aa  164  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  50.91 
 
 		 169 aa  159  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  50.3 
 
 		 169 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  47.13 
 
 		 187 aa  155  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  50.6 
 
 		 167 aa  155  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  49.7 
 
 		 169 aa  155  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  49.38 
 
 		 199 aa  151  5.9999999999999996e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  47.53 
 
 		 189 aa  142  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  45.22 
 
 		 212 aa  141  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  46.34 
 
 		 201 aa  140  6e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  47.65 
 
 		 188 aa  140  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  46.91 
 
 		 189 aa  139  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  46.91 
 
 		 189 aa  139  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  46.84 
 
 		 221 aa  136  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  42.07 
 
 		 171 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 		 224 aa  130  9e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  43.53 
 
 		 189 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  43.21 
 
 		 166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  44.3 
 
 		 189 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  44.91 
 
 		 223 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  44.58 
 
 		 204 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  44.91 
 
 		 223 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  43.11 
 
 		 231 aa  124  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  43.33 
 
 		 200 aa  124  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  45.45 
 
 		 176 aa  122  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  47.27 
 
 		 173 aa  121  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  43.67 
 
 		 206 aa  118  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  38.18 
 
 		 185 aa  117  7e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  35.23 
 
 		 175 aa  114  6.9999999999999995e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 		 173 aa  107  7.000000000000001e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 		 168 aa  107  9.000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  38.22 
 
 		 191 aa  107  1e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  41.77 
 
 		 163 aa  106  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  37.14 
 
 		 188 aa  105  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  42.6 
 
 		 169 aa  103  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  36.48 
 
 		 172 aa  100  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  40.96 
 
 		 172 aa  99.8  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  38.85 
 
 		 166 aa  99.8  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  35.22 
 
 		 189 aa  98.6  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  40.67 
 
 		 157 aa  95.1  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 		 178 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  32.75 
 
 		 179 aa  94.7  6e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  37.04 
 
 		 170 aa  94.4  7e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  36.9 
 
 		 178 aa  93.6  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  37.04 
 
 		 169 aa  94  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  35.84 
 
 		 175 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  35.84 
 
 		 175 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 179 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  38.27 
 
 		 171 aa  92.8  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  34.57 
 
 		 168 aa  93.2  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 		 182 aa  92  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  34.25 
 
 		 221 aa  91.7  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 		 173 aa  91.7  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 		 183 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 		 183 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0124  putative 16S rRNA processing protein RimM  33.13 
 
 		 163 aa  90.5  1e-17  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.87226  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 		 183 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 		 183 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  35.84 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 		 183 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 		 182 aa  90.1  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  35.84 
 
 		 180 aa  89.4  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  32.72 
 
 		 171 aa  90.1  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  29.19 
 
 		 176 aa  89.4  3e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  34.09 
 
 		 191 aa  89.4  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 160 aa  89  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 		 182 aa  88.2  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 183 aa  87.8  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 183 aa  87.8  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 		 182 aa  87.8  6e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  32.6 
 
 		 220 aa  88.2  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 182 aa  88.2  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  28.4 
 
 		 182 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  28.4 
 
 		 182 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 		 182 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 		 182 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 		 182 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  28.4 
 
 		 182 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 		 178 aa  87.4  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 		 178 aa  87.4  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 		 178 aa  87  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  38.01 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  35.4 
 
 		 167 aa  87.4  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 169 aa  86.3  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  35.8 
 
 		 199 aa  86.3  2e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  30.81 
 
 		 181 aa  86.3  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  36.63 
 
 		 174 aa  85.1  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 		 178 aa  85.1  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  33.94 
 
 		 169 aa  85.1  5e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  33.54 
 
 		 179 aa  85.1  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 		 182 aa  84.3  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  30.9 
 
 		 187 aa  84.3  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  28.82 
 
 		 182 aa  84.3  9e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>