More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_4889 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 200 aa  398  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  46.96 
 
 		 198 aa  145  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  46.95 
 
 		 171 aa  142  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  44.64 
 
 		 199 aa  142  5e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  46.06 
 
 		 169 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  45.45 
 
 		 169 aa  137  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  47.2 
 
 		 173 aa  136  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  50.31 
 
 		 166 aa  136  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  47.62 
 
 		 173 aa  135  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  44.19 
 
 		 182 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  43.55 
 
 		 185 aa  134  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  45 
 
 		 169 aa  130  9e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  44.38 
 
 		 167 aa  129  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  44.79 
 
 		 187 aa  128  6e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  46.95 
 
 		 188 aa  127  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  42.94 
 
 		 176 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  42.39 
 
 		 201 aa  125  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  43.33 
 
 		 176 aa  124  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  41.81 
 
 		 176 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  44.13 
 
 		 204 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  44.71 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  39.79 
 
 		 224 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  39.38 
 
 		 212 aa  115  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  41.85 
 
 		 223 aa  114  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  41.3 
 
 		 223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  40.32 
 
 		 185 aa  111  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  38.34 
 
 		 221 aa  106  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  41.98 
 
 		 176 aa  105  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  37.13 
 
 		 189 aa  105  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  37.13 
 
 		 189 aa  105  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 		 168 aa  104  1e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  41.4 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  35.2 
 
 		 191 aa  103  2e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  37.72 
 
 		 189 aa  102  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  39.66 
 
 		 189 aa  101  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  40.23 
 
 		 189 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  40.72 
 
 		 188 aa  97.1  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  36.2 
 
 		 189 aa  95.9  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 		 175 aa  95.5  4e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 		 173 aa  93.2  2e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  41.61 
 
 		 166 aa  93.2  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  34.52 
 
 		 172 aa  91.3  8e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  41.03 
 
 		 163 aa  90.9  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  36 
 
 		 191 aa  89.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 187 aa  88.6  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  33.94 
 
 		 174 aa  87.8  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  40.34 
 
 		 209 aa  87  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  40.34 
 
 		 190 aa  87  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 		 213 aa  83.6  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  36.72 
 
 		 170 aa  82.8  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  36.92 
 
 		 170 aa  81.6  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  31.43 
 
 		 179 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  31.79 
 
 		 189 aa  81.3  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  36.92 
 
 		 170 aa  80.9  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  36.02 
 
 		 206 aa  80.9  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  31.74 
 
 		 179 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  37.84 
 
 		 157 aa  80.1  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  30.85 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 178 aa  79.7  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 		 176 aa  79  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 		 180 aa  79  0.00000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  37.8 
 
 		 167 aa  78.6  0.00000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 		 178 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 		 178 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 		 178 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  32.32 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  32.92 
 
 		 175 aa  76.6  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  32.1 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  26.74 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  34.33 
 
 		 172 aa  75.9  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  34.36 
 
 		 177 aa  75.1  0.0000000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 184 aa  75.1  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  31.49 
 
 		 199 aa  75.1  0.0000000000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  37.95 
 
 		 172 aa  74.7  0.0000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  38.74 
 
 		 184 aa  74.7  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  30.34 
 
 		 183 aa  74.3  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  37.35 
 
 		 173 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  37.35 
 
 		 173 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  37.35 
 
 		 173 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  29.45 
 
 		 176 aa  73.6  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  28.75 
 
 		 169 aa  73.2  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  29.45 
 
 		 176 aa  73.6  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  32.94 
 
 		 184 aa  73.6  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  29.38 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  32.39 
 
 		 248 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 221 aa  72.8  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4184  16S rRNA-processing protein RimM  32.19 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.42162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 244 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  29.94 
 
 		 171 aa  72.8  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  28.14 
 
 		 177 aa  72.8  0.000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1029  16S rRNA-processing protein RimM  32.19 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  34.1 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  33.56 
 
 		 231 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 		 177 aa  72.4  0.000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  32.94 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1070  16S rRNA-processing protein RimM  32.19 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0584634  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>