More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2512 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 185 aa  357  6e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  53.59 
 
 		 198 aa  175  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  52.15 
 
 		 176 aa  164  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  48.78 
 
 		 173 aa  159  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  49.39 
 
 		 182 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  49.69 
 
 		 176 aa  157  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  51.88 
 
 		 176 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  50 
 
 		 173 aa  152  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  50.3 
 
 		 199 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  50.29 
 
 		 173 aa  131  3.9999999999999996e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  43.75 
 
 		 212 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  43.64 
 
 		 231 aa  128  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  44.17 
 
 		 204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  46.99 
 
 		 201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  43.83 
 
 		 171 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  42.68 
 
 		 167 aa  120  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  42.33 
 
 		 187 aa  119  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  45.34 
 
 		 221 aa  118  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  41.72 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  41.72 
 
 		 223 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  44.44 
 
 		 189 aa  115  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  40.37 
 
 		 189 aa  115  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  40.37 
 
 		 169 aa  115  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  44.44 
 
 		 189 aa  115  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  44.81 
 
 		 189 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  39.11 
 
 		 169 aa  115  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  39.11 
 
 		 169 aa  115  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  39.51 
 
 		 188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  39.88 
 
 		 176 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  38.51 
 
 		 189 aa  111  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  40.32 
 
 		 200 aa  111  7.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  39.88 
 
 		 224 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  39.02 
 
 		 166 aa  107  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  39.39 
 
 		 206 aa  106  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  35.58 
 
 		 175 aa  104  7e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  32.52 
 
 		 168 aa  103  1e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  36.88 
 
 		 191 aa  102  2e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  30.25 
 
 		 173 aa  102  4e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  42.94 
 
 		 163 aa  100  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  37.42 
 
 		 185 aa  97.1  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  40.62 
 
 		 189 aa  96.3  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  31.71 
 
 		 182 aa  94.7  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  29.52 
 
 		 176 aa  92.4  3e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  39.25 
 
 		 169 aa  92  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  29.75 
 
 		 179 aa  91.7  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  35.14 
 
 		 182 aa  91.7  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  42.17 
 
 		 157 aa  91.3  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  29.75 
 
 		 179 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  37.72 
 
 		 188 aa  89.7  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 		 182 aa  89.4  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  35.26 
 
 		 166 aa  90.1  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  31.71 
 
 		 182 aa  89.7  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  32.32 
 
 		 177 aa  88.6  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  30.43 
 
 		 177 aa  88.2  6e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  35.48 
 
 		 178 aa  88.2  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 		 183 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 		 183 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  30.72 
 
 		 182 aa  87.8  8e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  30.72 
 
 		 182 aa  87.8  8e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 		 182 aa  87.8  8e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 		 182 aa  87.8  8e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 		 170 aa  87.8  8e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  30.72 
 
 		 182 aa  87.8  8e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 		 182 aa  87.8  8e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  40.35 
 
 		 184 aa  87.8  8e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  30.43 
 
 		 177 aa  87.4  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  31.1 
 
 		 182 aa  87  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  29.27 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  29.27 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 		 187 aa  86.7  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  30.49 
 
 		 182 aa  86.3  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  41.09 
 
 		 170 aa  86.3  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  39.77 
 
 		 172 aa  85.9  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  29.34 
 
 		 183 aa  85.5  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  29.34 
 
 		 183 aa  85.5  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  29.34 
 
 		 183 aa  85.5  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  29.34 
 
 		 183 aa  85.5  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  29.34 
 
 		 183 aa  85.5  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  38.55 
 
 		 167 aa  85.1  5e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  36.26 
 
 		 169 aa  84.3  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  32.14 
 
 		 175 aa  84.3  9e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  30.67 
 
 		 171 aa  84  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  37.69 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  33.9 
 
 		 221 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 		 191 aa  83.2  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  31.45 
 
 		 160 aa  83.2  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  35.12 
 
 		 172 aa  83.2  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  33.12 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  27.71 
 
 		 184 aa  83.2  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  30.57 
 
 		 178 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  31.71 
 
 		 175 aa  82.8  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  28.05 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 		 170 aa  82.8  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  28.48 
 
 		 176 aa  82  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  29.27 
 
 		 176 aa  82  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 		 178 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  34.32 
 
 		 170 aa  81.6  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  30.91 
 
 		 168 aa  81.3  0.000000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  30.49 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>