More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1406 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
166 aa  332  1e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  60.25 
 
 
163 aa  185  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  50.92 
 
 
157 aa  146  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  46 
 
 
212 aa  111  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  43.95 
 
 
173 aa  108  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  42.68 
 
 
198 aa  107  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  43.04 
 
 
173 aa  105  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  43.05 
 
 
185 aa  105  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  38.85 
 
 
176 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  40.54 
 
 
201 aa  99  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  38.22 
 
 
176 aa  97.8  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  39.46 
 
 
182 aa  97.1  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  39.07 
 
 
189 aa  95.9  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 
189 aa  94.4  6e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 
189 aa  94.4  6e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  37.58 
 
 
176 aa  94  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  41.61 
 
 
200 aa  93.2  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  40.27 
 
 
221 aa  92.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  35.76 
 
 
191 aa  92  3e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  36.54 
 
 
171 aa  92  4e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  42.18 
 
 
169 aa  91.7  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  41.5 
 
 
169 aa  91.7  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 
187 aa  90.1  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  35.26 
 
 
185 aa  90.1  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  38.56 
 
 
166 aa  89.7  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  38.36 
 
 
167 aa  89.4  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  40.52 
 
 
188 aa  89  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  37.75 
 
 
189 aa  87  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  37.09 
 
 
189 aa  84.7  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  34.67 
 
 
199 aa  84.3  7e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  38.1 
 
 
169 aa  82  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  29.61 
 
 
173 aa  80.9  0.000000000000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  35.86 
 
 
170 aa  77.4  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  32.68 
 
 
168 aa  77.4  0.00000000000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  36.67 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  30.63 
 
 
169 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  36.25 
 
 
206 aa  76.6  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  29.03 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  37.25 
 
 
167 aa  73.2  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  36.94 
 
 
231 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 
172 aa  70.1  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  31.76 
 
 
170 aa  70.5  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  32.17 
 
 
171 aa  70.1  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  35.82 
 
 
180 aa  70.1  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  28.86 
 
 
168 aa  69.7  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1390  16S rRNA processing protein RimM  36.73 
 
 
163 aa  68.9  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0279558  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  31.91 
 
 
160 aa  68.6  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  37.33 
 
 
204 aa  68.6  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  36.6 
 
 
172 aa  68.6  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  35.92 
 
 
170 aa  68.2  0.00000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2051  16S rRNA processing protein RimM  27.14 
 
 
167 aa  68.2  0.00000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1485  16S rRNA-processing protein RimM  32.39 
 
 
178 aa  68.2  0.00000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0783305  normal  0.767745 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0885  16S rRNA processing protein RimM  36.57 
 
 
170 aa  67.8  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230501  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 
176 aa  67.8  0.00000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 
176 aa  67.8  0.00000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  32.52 
 
 
170 aa  67  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0197  16S rRNA processing protein RimM  26.67 
 
 
175 aa  67.4  0.0000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  29.33 
 
 
173 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  33.11 
 
 
173 aa  66.2  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  34.72 
 
 
171 aa  66.2  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  29.38 
 
 
166 aa  65.5  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  32.08 
 
 
176 aa  65.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  29.14 
 
 
184 aa  65.5  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 
223 aa  65.1  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  32.67 
 
 
188 aa  65.1  0.0000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 
223 aa  65.1  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  28.95 
 
 
175 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  27.27 
 
 
176 aa  64.7  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  30.43 
 
 
179 aa  64.3  0.0000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  29.77 
 
 
182 aa  63.9  0.0000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  28.95 
 
 
175 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  31.9 
 
 
170 aa  63.9  0.0000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  29.53 
 
 
178 aa  63.9  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  29.01 
 
 
182 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  29.01 
 
 
182 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  29.01 
 
 
183 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  27.1 
 
 
176 aa  63.5  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  31.06 
 
 
175 aa  63.5  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  29.01 
 
 
182 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  29.01 
 
 
182 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  29.01 
 
 
182 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  29.01 
 
 
182 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  27.1 
 
 
176 aa  63.5  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  29.01 
 
 
183 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  37.32 
 
 
176 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  30.67 
 
 
178 aa  63.2  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  30.83 
 
 
172 aa  62.8  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  28.97 
 
 
220 aa  62.8  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  28.21 
 
 
169 aa  62.8  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  30.26 
 
 
182 aa  63.2  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  31.3 
 
 
189 aa  62.4  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  29.77 
 
 
183 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  24.84 
 
 
176 aa  62.4  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  29.77 
 
 
183 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  29.77 
 
 
183 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  29.61 
 
 
182 aa  62.4  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  29.77 
 
 
183 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0682  16S rRNA-processing protein RimM  31.65 
 
 
194 aa  62.4  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 
173 aa  62.4  0.000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>